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- EMDB-24414: Structure of the S. cerevisiae P4B ATPase lipid flippase in the E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24414
タイトルStructure of the S. cerevisiae P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state
マップデータCryo-EM 3D map of S. cerevisiae P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state
試料
  • 複合体: P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state
    • タンパク質・ペプチド: Probable phospholipid-transporting ATPase NEO1
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードP4B ATPase lipid flippase / TRANSLOCASE
機能・相同性
機能・相同性情報


lysophosphatidylserine flippase activity / trans-Golgi network membrane organization / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylserine flippase activity / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / vacuole organization / P-type phospholipid transporter / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum ...lysophosphatidylserine flippase activity / trans-Golgi network membrane organization / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylserine flippase activity / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / vacuole organization / P-type phospholipid transporter / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / phospholipid translocation / trans-Golgi network / endocytosis / protein transport / late endosome / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / Golgi apparatus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N ...P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase NEO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Bai L / Jain BK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)CA231466 to H.L. and GM107978 to T.R.G. 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the P4B ATPase lipid flippase activity.
著者: Lin Bai / Bhawik K Jain / Qinglong You / H Diessel Duan / Mehmet Takar / Todd R Graham / Huilin Li /
要旨: P4 ATPases are lipid flippases that are phylogenetically grouped into P4A, P4B and P4C clades. The P4A ATPases are heterodimers composed of a catalytic α-subunit and accessory β-subunit, and the ...P4 ATPases are lipid flippases that are phylogenetically grouped into P4A, P4B and P4C clades. The P4A ATPases are heterodimers composed of a catalytic α-subunit and accessory β-subunit, and the structures of several heterodimeric flippases have been reported. The S. cerevisiae Neo1 and its orthologs represent the P4B ATPases, which function as monomeric flippases without a β-subunit. It has been unclear whether monomeric flippases retain the architecture and transport mechanism of the dimeric flippases. Here we report the structure of a P4B ATPase, Neo1, in its E1-ATP, E2P-transition, and E2P states. The structure reveals a conserved architecture as well as highly similar functional intermediate states relative to dimeric flippases. Consistently, structure-guided mutagenesis of residues in the proposed substrate translocation path disrupted Neo1's ability to establish membrane asymmetry. These observations indicate that evolutionarily distant P4 ATPases use a structurally conserved mechanism for substrate transport.
履歴
登録2021年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月29日-
マップ公開2021年9月29日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7rd7
  • 表面レベル: 0.0136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24414.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24414.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM 3D map of S. cerevisiae P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.28 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.28 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 231.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0136 / ムービー #1: 0.0136
最小 - 最大-0.07126497 - 0.11298694
平均 (標準偏差)-0.00002559014 (±0.0027841984)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 231.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8260.8260.826
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.280231.280231.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0710.113-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state

全体名称: P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state
要素
  • 複合体: P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state
    • タンパク質・ペプチド: Probable phospholipid-transporting ATPase NEO1
  • リガンド: TETRAFLUOROALUMINATE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state

超分子名称: P4B ATPase lipid flippase in the E2P-transition state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Probable phospholipid-transporting ATPase NEO1

分子名称: Probable phospholipid-transporting ATPase NEO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 130.363492 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MPNPPSFKSH KQNLFNSNNN QHANSVDSFD LHLDDSFDAA LDSLQINNNP EPLSKHNTVG DRESFEMRTV DDLDNFSNHS SDSHRKSSN TDTHPLMYDN RLSQDDNFKF TNIASSPPSS SNNIFSKALS YLKVSNTKNW SKFGSPIELS DQHIEREIHP D TTPVYDRN ...文字列:
MPNPPSFKSH KQNLFNSNNN QHANSVDSFD LHLDDSFDAA LDSLQINNNP EPLSKHNTVG DRESFEMRTV DDLDNFSNHS SDSHRKSSN TDTHPLMYDN RLSQDDNFKF TNIASSPPSS SNNIFSKALS YLKVSNTKNW SKFGSPIELS DQHIEREIHP D TTPVYDRN RYVSNELSNA KYNAVTFVPT LLYEQFKFFY NLYFLVVALS QAVPALRIGY LSSYIVPLAF VLTVTMAKEA ID DIQRRRR DRESNNELYH VITRNRSIPS KDLKVGDLIK VHKGDRIPAD LVLLQSSEPS GESFIKTDQL DGETDWKLRV ACP LTQNLS ENDLINRISI TASAPEKSIH KFLGKVTYKD STSNPLSVDN TLWANTVLAS SGFCIACVVY TGRDTRQAMN TTTA KVKTG LLELEINSIS KILCACVFAL SILLVAFAGF HNDDWYIDIL RYLILFSTII PVSLRVNLDL AKSVYAHQIE HDKTI PETI VRTSTIPEDL GRIEYLLSDK TGTLTQNDMQ LKKIHLGTVS YTSETLDIVS DYVQSLVSSK NDSLNNSKVA LSTTRK DMS FRVRDMILTL AICHNVTPTF EDDELTYQAA SPDEIAIVKF TESVGLSLFK RDRHSISLLH EHSGKTLNYE ILQVFPF NS DSKRMGIIVR DEQLDEYWFM QKGADTVMSK IVESNDWLEE ETGNMAREGL RTLVIGRKKL NKKIYEQFQK EYNDASLS M LNRDQQMSQV ITKYLEHDLE LLGLTGVEDK LQKDVKSSIE LLRNAGIKIW MLTGDKVETA RCVSISAKLI SRGQYVHTI TKVTRPEGAF NQLEYLKINR NACLLIDGES LGMFLKHYEQ EFFDVVVHLP TVIACRCTPQ QKADVALVIR KMTGKRVCCI GDGGNDVSM IQCADVGVGI VGKEGKQASL AADFSITQFC HLTELLLWHG RNSYKRSAKL AQFVMHRGLI IAICQAVYSI C SLFEPIAL YQGWLMVGYA TCYTMAPVFS LTLDHDIEES LTKIYPELYK ELTEGKSLSY KTFFVWVLLS LFQGSVIQLF SQ AFTSLLD TDFTRMVAIS FTALVVNELI MVALEIYTWN KTMLVTEIAT LLFYIVSVPF LGDYFDLGYM TTVNYYAGLL VIL LISIFP VWTAKAIYRR LHPPSYAKVQ EFATP

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase NEO1

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分子 #2: TETRAFLUOROALUMINATE ION

分子名称: TETRAFLUOROALUMINATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ALF
分子量理論値: 102.975 Da
Chemical component information

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1673321
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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