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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24266 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of AAV True Type | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Icosahedron / vector / therapeutic / beta-barrel / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein VP1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Bennett AD / McKenna R | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021 タイトル: Comparative structural, biophysical, and receptor binding study of true type and wild type AAV2. 著者: Antonette Bennett / Joshua Hull / Nelly Jolinon / Julie Tordo / Katie Moss / Enswert Binns / Mario Mietzsch / Cathleen Hagemann / R Michael Linden / Andrea Serio / Paul Chipman / Duncan Sousa ...著者: Antonette Bennett / Joshua Hull / Nelly Jolinon / Julie Tordo / Katie Moss / Enswert Binns / Mario Mietzsch / Cathleen Hagemann / R Michael Linden / Andrea Serio / Paul Chipman / Duncan Sousa / Felix Broecker / Peter Seeberger / Els Henckaerts / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna / 要旨: Adeno-associated viruses (AAV) are utilized as gene transfer vectors in the treatment of monogenic disorders. A variant, rationally engineered based on natural AAV2 isolates, designated AAV-True Type ...Adeno-associated viruses (AAV) are utilized as gene transfer vectors in the treatment of monogenic disorders. A variant, rationally engineered based on natural AAV2 isolates, designated AAV-True Type (AAV-TT), is highly neurotropic compared to wild type AAV2 in vivo, and vectors based on it, are currently being evaluated for central nervous system applications. AAV-TT differs from AAV2 by 14 amino acids, including R585S and R588T, two residues previously shown to be essential for heparan sulfate binding of AAV2. The capsid structures of AAV-TT and AAV2 visualized by cryo-electron microscopy at 3.4 and 3.0 Å resolution, respectively, highlighted structural perturbations at specific amino acid differences. Differential scanning fluorimetry (DSF) performed at different pH conditions demonstrated that the melting temperature (T) of AAV2 was consistently ∼5 °C lower than AAV-TT, but both showed maximal stability at pH 5.5, corresponding to the pH in the late endosome, proposed as required for VP1u externalization to facilitate endosomal escape. Reintroduction of arginines at positions 585 and 588 in AAV-TT caused a reduction in T, demonstrating that the lack of basic amino acids at these positions are associated with capsid stability. These results provide structural and thermal annotation of AAV2/AAV-TT residue differences, that account for divergent cell binding, transduction, antigenic reactivity, and transduction of permissive tissues between the two viruses. Specifically, these data indicate that AAV-TT may not utilize a glycan receptor mediated pathway to enter cells and may have lower antigenic properties as compared to AAV2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24266.map.gz | 302 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24266-v30.xml emd-24266.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24266.png | 56.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24266.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24266 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24266_validation.pdf.gz | 693.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24266_full_validation.pdf.gz | 693.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24266_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24266_validation.cif.gz | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24266 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.978 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus
全体 | 名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus
超分子 | 名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10804 / 生物種: Adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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分子量 | 理論値: 4 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 260.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス) |
分子量 | 理論値: 58.482258 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISSQSGASN DNHYFGYSTP WGYFDFNRFH CHFSPRDWQR LINNNWGFR PKRLSFKLFN IQVKEVTQND GTTTIANNLT STVQVFTDSE YQLPYVLGSA HQGCLPPFPA DVFMVPQYGY L TLNNGSQA ...文字列: DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VITTSTRTWA LPTYNNHLYK QISSQSGASN DNHYFGYSTP WGYFDFNRFH CHFSPRDWQR LINNNWGFR PKRLSFKLFN IQVKEVTQND GTTTIANNLT STVQVFTDSE YQLPYVLGSA HQGCLPPFPA DVFMVPQYGY L TLNNGSQA VGRSSFYCLE YFPSQMLRTG NNFTFSYTFE DVPFHSSYAH SQSLDRLMNP LIDQYLYYLS RTNTPSGTTT MS RLQFSQA GASDIRDQSR NWLPGPCYRQ QRVSKTAADN NNSDYSWTGA TKYHLNGRDS LVNPGPAMAS HKDDEEKYFP QSG VLIFGK QDSGKTNVDI EKVMITDEEE IRTTNPVATE QYGSVSTNLQ SGNTQAATSD VNTQGVLPGM VWQDRDVYLQ GPIW AKIPH TDGHFHPSPL MGGFGLKHPP PQILIKNTPV PANPSTTFSA AKFASFITQY STGQVSVEIE WELQKENSKR WNPEI QYTS NYNKSVNVDF TVDTNGVYSE PRPIGTRYLT RNL UniProtKB: Capsid protein VP1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 1444 / 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 25 |
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得られたモデル | PDB-7na6: |