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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24250 | |||||||||
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タイトル | State 1 of TcdB and FZD2 at pH5 | |||||||||
マップデータ | State 1 of TcdB and FZD2 at pH5 | |||||||||
試料 |
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キーワード | TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 muscular septum morphogenesis / : / cochlea morphogenesis / hard palate development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / inner ear receptor cell development / Wnt-protein binding ...muscular septum morphogenesis / : / cochlea morphogenesis / hard palate development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / membranous septum morphogenesis / inner ear receptor cell development / Wnt-protein binding / glucosyltransferase activity / endothelial cell differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / outflow tract morphogenesis / canonical Wnt signaling pathway / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / neuron differentiation / Wnt signaling pathway / sensory perception of smell / cell-cell signaling / Ca2+ pathway / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / focal adhesion / lipid binding / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang M / Zhang J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Basis for Receptor Recognition of Clostridium difficile Toxin B and its Dissociation upon Acidification 著者: Jiang M / Zhang J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24250.map.gz | 266.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24250-v30.xml emd-24250.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24250.png | 66.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24250.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24250 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24250 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_24250_validation.pdf.gz | 319.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_24250_full_validation.pdf.gz | 318.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_24250_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_24250_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24250 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-24250 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24250.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 299.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | State 1 of TcdB and FZD2 at pH5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : State 1 of TcdB and FZD2 at pH5
全体 | 名称: State 1 of TcdB and FZD2 at pH5 |
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要素 |
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-超分子 #1: State 1 of TcdB and FZD2 at pH5
超分子 | 名称: State 1 of TcdB and FZD2 at pH5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 250 KDa |
-超分子 #2: Ternary structure of frizzled-2 CRD domain
超分子 | 名称: Ternary structure of frizzled-2 CRD domain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Ternary structure of Clostridium difficile TcdB
超分子 | 名称: Ternary structure of Clostridium difficile TcdB / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
-分子 #1: Frizzled-2
分子 | 名称: Frizzled-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.834912 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DHGFCQPISI PLCTDIAYNQ TIMPNLLGHT NQEDAGLEVH QFYPLVKVQC SPELRFFLCS MYAPVCTVLE QAIPPCRSIC ERARQGCEA LMNKFGFQWP ERLRCEHFPR HGAEQICVGQ NH UniProtKB: Frizzled-2 |
-分子 #2: Toxin B
分子 | 名称: Toxin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 269.938438 KDa |
組換発現 | 生物種: Bacillus megaterium NBRC 15308 = ATCC 14581 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSLVNRKQLE KMANVRFRTQ EDEYVAILDA LEEYHNMSEN TVVEKYLKLK DINSLTDIYI DTYKKSGRNK ALKKFKEYLV TEVLELKNN NLTPVEKNLH FVWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYNVNV FYDSNAFLIN TLKKTVVESA INDTLESFRE N LNDPRFDY ...文字列: MSLVNRKQLE KMANVRFRTQ EDEYVAILDA LEEYHNMSEN TVVEKYLKLK DINSLTDIYI DTYKKSGRNK ALKKFKEYLV TEVLELKNN NLTPVEKNLH FVWIGGQIND TAINYINQWK DVNSDYNVNV FYDSNAFLIN TLKKTVVESA INDTLESFRE N LNDPRFDY NKFFRKRMEI IYDKQKNFIN YYKAQREENP ELIIDDIVKT YLSNEYSKEI DELNTYIEES LNKITQNSGN DV RNFEEFK NGESFNLYEQ ELVERWNLAA ASDILRISAL KEIGGMYLDV DMLPGIQPDL FESIEKPSSV TVDFWEMTKL EAI MKYKEY IPEYTSEHFD MLDEEVQSSF ESVLASKSDK SEIFSSLGDM EASPLEVKIA FNSKGIINQG LISVKDSYCS NLIV KQIEN RYKILNNSLN PAISEDNDFN TTTNTFIDSI MAEANADNGR FMMELGKYLR VGFFPDVKTT INLSGPEAYA AAYQD LLMF KEGSMNIHLI EADLRNFEIS KTNISQSTEQ EMASLWSFDD ARAKAQFEEY KRNYFEGSLG EDDNLDFSQN IVVDKE YLL EKISSLARSS ERGYIHYIVQ LQGDKISYEA ACNLFAKTPY DSVLFQKNIE DSEIAYYYNP GDGEIQEIDK YKIPSII SD RPKIKLTFIG HGKDEFNTDI FAGFDVDSLS TEIEAAIDLA KEDISPKSIE INLLGCNMFS YSINVEETYP GKLLLKVK D KISELMPSIS QDSIIVSANQ YEVRINSEGR RELLDHSGEW INKEESIIKD ISSKEYISFN PKENKITVKS KNLPELSTL LQEIRNNSNS SDIELEEKVM LTECEINVIS NIDTQIVEER IEEAKNLTSD SINYIKDEFK LIESISDALC DLKQQNELED SHFISFEDI SETDEGFSIR FINKETGESI FVETEKTIFS EYANHITEEI SKIKGTIFDT VNGKLVKKVN LDTTHEVNTL N AAFFIQSL IEYNSSKESL SNLSVAMKVQ VYAQLFSTGL NTITDAAKVV ELVSTALDET IDLLPTLSEG LPIIATIIDG VS LGAAIKE LSETSDPLLR QEIEAKIGIM AVNLTTATTA IITSSLGIAS GFSILLVPLA GISAGIPSLV NNELVLRDKA TKV VDYFKH VSLVETEGVF TLLDDKIMMP QDDLVISEID FNNNSIVLGK CEIWRMEGGS GHTVTDDIDH FFSAPSITYR EPHL SIYDV LEVQKEELDL SKDLMVLPNA PNRVFAWETG WTPGLRSLEN DGTKLLDRIR DNYEGEFYWR YFAFIADALI TTLKP RYED TNIRINLDSN TRSFIVPIIT TEYIREKLSY SFYGSGGTYA LSLSQYNMGI NIELSESDVW IIDVDNVVRD VTIESD KIK KGDLIEGILS TLSIEENKII LNSHEINFSG EVNGSNGFVS LTFSILEGIN AIIEVDLLSK SYKLLISGEL KILMLNS NH IQQKIDYIGF NSELQKNIPY SFVDSEGKEN GFINGSTKEG LFVSELPDVV LISKVYMDDS KPSFGYYSNN LKDVKVIT K DNVNILTGYY LKDDIKISLS LTLQDEKTIK LNSVHLDESG VAEILKFMNR KGNTNTSDSL MSFLESMNIK SIFVNFLQS NIKFILDANF IISGTTSIGQ FEFICDENDN IQPYFIKFNT LETNYTLYVG NRQNMIVEPN YDLDDSGDIS STVINFSQKY LYGIDSCVN KVVISPNIYT DEINITPVYE TNNTYPEVIV LDANYINEKI NVNINDLSIR YVWSNDGNDF ILMSTSEENK V SQVKIRFV NVFKDKTLAN KLSFNFSDKQ DVPVSEIILS FTPSYYEDGL IGYDLGLVSL YNEKFYINNF GMMVSGLIYI ND SLYYFKP PVNNLITGFV TVGDDKYYFN PINGGAASIG ETIIDDKNYY FNQSGVLQTG VFSTEDGFKY FAPANTLDEN LEG EAIDFT GKLIIDENIY YFDDNYRGAV EWKELDGEMH YFSPETGKAF KGLNQIGDYK YYFNSDGVMQ KGFVSINDNK HYFD DSGVM KVGYTEIDGK HFYFAENGEM QIGVFNTEDG FKYFAHHNED LGNEEGEEIS YSGILNFNNK IYYFDDSFTA VVGWK DLED GSKYYFDEDT AEAYIGLSLI NDGQYYFNDD GIMQVGFVTI NDKVFYFSDS GIIESGVQNI DDNYFYIDDN GIVQIG VFD TSDGYKYFAP ANTVNDNIYG QAVEYSGLVR VGEDVYYFGE TYTIETGWIY DMENESDKYY FNPETKKACK GINLIDD IK YYFDEKGIMR TGLISFENNN YYFNENGEMQ FGYINIEDKM FYFGEDGVMQ IGVFNTPDGF KYFAHQNTLD ENFEGESI N YTGWLDLDEK RYYFTDEYIA ATGSVIIDGE EYYFDPDTAQ LVISE UniProtKB: Toxin B |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: model prediction |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 101248 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |