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万見
- EMDB-23959: Native RhopH complex of the malaria parasite Plasmodium falciparum -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23959
タイトルNative RhopH complex of the malaria parasite Plasmodium falciparum
マップデータCryoEM density map of RhopH complex.
試料
  • 複合体: High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex)
    • タンパク質・ペプチド: Cytoadherence linked asexual protein 3.1
    • タンパク質・ペプチド: High molecular weight rhoptry protein 2
    • タンパク質・ペプチド: High molecular weight rhoptry protein 3
機能・相同性Cytoadherence-linked asexual protein / Cytoadherence-linked asexual protein / adhesion of symbiont to microvasculature / High molecular weight rhoptry protein 2 / Cytoadherence linked asexual protein 3.1 / High molecular weight rhoptry protein 3
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Ho CM / Jih J / Lai M / Li XR / Goldberg DE / Beck JR / Zhou ZH
資金援助 米国, 10件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)K99/R00 HL133453 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI007323 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10RR23057 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM116792 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Native structure of the RhopH complex, a key determinant of malaria parasite nutrient acquisition.
著者: Chi-Min Ho / Jonathan Jih / Mason Lai / Xiaorun Li / Daniel E Goldberg / Josh R Beck / Z Hong Zhou /
要旨: The RhopH complex is implicated in malaria parasites' ability to invade and create new permeability pathways in host erythrocytes, but its mechanisms remain poorly understood. Here, we enrich the ...The RhopH complex is implicated in malaria parasites' ability to invade and create new permeability pathways in host erythrocytes, but its mechanisms remain poorly understood. Here, we enrich the endogenous RhopH complex in a native soluble form, comprising RhopH2, CLAG3.1, and RhopH3, directly from parasite cell lysates and determine its atomic structure using cryo-electron microscopy (cryo-EM), mass spectrometry, and the cryoID program. CLAG3.1 is positioned between RhopH2 and RhopH3, which both share substantial binding interfaces with CLAG3.1 but make minimal contacts with each other. The forces stabilizing individual subunits include 13 intramolecular disulfide bonds. Notably, CLAG3.1 residues 1210 to 1223, previously predicted to constitute a transmembrane helix, are embedded within a helical bundle formed by residues 979 to 1289 near the C terminus of CLAG3.1. Buried in the core of the RhopH complex and largely shielded from solvent, insertion of this putative transmembrane helix into the erythrocyte membrane would likely require a large conformational rearrangement. Given the unusually high disulfide content of the complex, it is possible that such a rearrangement could be initiated by the breakage of allosteric disulfide bonds, potentially triggered by interactions at the erythrocyte membrane. This first direct observation of an exported transmembrane protein-in a soluble, trafficking state and with atomic details of buried putative membrane-insertion helices-offers insights into the assembly and trafficking of RhopH and other parasite-derived complexes to the erythrocyte membrane. Our study demonstrates the potential the endogenous structural proteomics approach holds for elucidating the molecular mechanisms of hard-to-isolate complexes in their native, functional forms.
履歴
登録2021年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月15日-
マップ公開2021年9月15日-
更新2021年9月15日-
現状2021年9月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0355
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0355
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7mrw
  • 表面レベル: 0.0355
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23959.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM density map of RhopH complex.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0355 / ムービー #1: 0.0355
最小 - 最大-0.08641203 - 0.13304473
平均 (標準偏差)0.00039805658 (±0.004077589)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ7371100
NX/NY/NZ11585169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0860.1330.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex)

全体名称: High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex)
要素
  • 複合体: High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex)
    • タンパク質・ペプチド: Cytoadherence linked asexual protein 3.1
    • タンパク質・ペプチド: High molecular weight rhoptry protein 2
    • タンパク質・ペプチド: High molecular weight rhoptry protein 3

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超分子 #1: High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex)

超分子名称: High molecular mass rhoptry protein complex (RhopH complex)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
株: NF54

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分子 #1: Cytoadherence linked asexual protein 3.1

分子名称: Cytoadherence linked asexual protein 3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: CLAG3.1, subunit of the soluble form of the RhopH complex
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
株: isolate NF54
分子量理論値: 167.444219 KDa
配列文字列: MVSFFKTPIF ILIIFLYLNE KVICSINENQ NENDTISQNV NQHENINQNV NDNDNIEQLK SMIGNDELHK NLTILEKLIL ESLEKDKLK YPLLKQGTEQ LIDISKFNKK NITDADDETY IIPTVQSTFH DIVKYEHLIK EQSIEIYNSD ISDKIKKKIF I VRTLKTIK ...文字列:
MVSFFKTPIF ILIIFLYLNE KVICSINENQ NENDTISQNV NQHENINQNV NDNDNIEQLK SMIGNDELHK NLTILEKLIL ESLEKDKLK YPLLKQGTEQ LIDISKFNKK NITDADDETY IIPTVQSTFH DIVKYEHLIK EQSIEIYNSD ISDKIKKKIF I VRTLKTIK LMLIPLNSYK QNNDLKSALE ELNNVFTNKE AQEESSPIGD HGTFFRKLLT HVRTIKENED IENKGETLIL GD NKIDVMN SNDFFFTTNS NVKFMENLDD ITNQYGLGLI NHLGPHLIAL GHFTVLKLAL KNYKNYFEAK SIKFFSWQKI LEF SMSDRF KVLDMMCDHE SVYYSEKKRR KTYLKVDRSN TSMECNILEY LLHYFNKYQL EIIKTTQDTD FDLHGMMEHK YIKD YFFSF MCNDPKECII YHTNQFKKEA NEENTFPEQE EPNRQISAFN LYLNYYYFMK RYSSYGVKKT LYVHLLNLTG LLNYD TRAY VTSLYLPGYY NAVEMSFTEE KEFSKLFESL IQCIEKCHSD QARQISKDSN LLNNITKCDL CKGAFLYANM KFDEVP SML QKFYVYLTKG LKIQKVSSLI KTLDIYQDYS NYLSHDINWY TFLFLFRLTS FKEIAKKNVA EAMYLNIKDE DTFNKTV VT NYWYPSPIKK YYTLYVRKHI PNNLVDELEK LMKSGTLEKM KKSLTFLVHV NSFLQLDFFH QLNEPPLGLP RSYPLSLV L EHKFKEWMNS SPAGFYFSNY QNPYIRKDLH DKVLSQKFEP PKMNQWNKVL KSLIECAYDM YFEQRHVKNL YKYHNIYNI NNKLMLMRDS IDLYKNNFDD VLFFADIFNM RKYMTATPVY KKVKDRVYHT LHSITGNSVN FYKYGIIYGF KVNKEILKEV VDELYSIYN FNTDIFTDTS FLQTVYLLFR RIEETYRTQR RDDKISVNNV FFMNVANNYS KLNKEEREIE IHNSMASRYY A KTMFAAFQ MLFSTMLSNN VDNLDKAYGL SENIQVATST SAFLTFAYVY NGSIMDSVTN SLLPPYAKKP ITQLKYGKTF VF SNYFMLA SKMYDMLNYK NLSLLCEYQA VASANFYSAK KVGQFLGRKF LPITTYFLVM RISWTHAFTT GQHLISAFGS PSS TANGKS NASGYKSPES FFFTHGLAAE ASKYLFFYFF TNLYLDAYKS FPGGFGPAIK EQTQHVQEQT YERKPSVHSF NRNF FMELV NGFMYAFCFF AISQMYAYFE NINFYITSNF RFLDRYYGVF NKYFINYAII KLKEITSDLL IKYEREAYLS MKKYG YLGE VIAARLSPKD KIMNYVHETN EDIMSNLRRY DMENAFKNKM STYVDDFAFF DDCGKNEQFL NERCDYCPVI EEVEET QLF TTTGDKNTNK TTEIKKQTST YIDTEKMNEA DSADSDDEKD SDTPDDELMI SRFH

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分子 #2: High molecular weight rhoptry protein 2

分子名称: High molecular weight rhoptry protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: RhopH2, subunit of the soluble form of the RhopH complex
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
株: isolate NF54
分子量理論値: 162.886344 KDa
配列文字列: MIKVTIFLLL SIFSFNLYGL ELNEKVSIKY GAEQGVGSAD SNTKLCSDIL KYLYMDEYLS EGDKATFEKK CHNVIGNIRN TFSNKNTIK EGNEFLMSIL HMKSLYGNNN NNNAGSESDV TLKSLYLSLK GSQNTEGESE VPSDDEINKT IMNFVKFNKY L LDNSNDIK ...文字列:
MIKVTIFLLL SIFSFNLYGL ELNEKVSIKY GAEQGVGSAD SNTKLCSDIL KYLYMDEYLS EGDKATFEKK CHNVIGNIRN TFSNKNTIK EGNEFLMSIL HMKSLYGNNN NNNAGSESDV TLKSLYLSLK GSQNTEGESE VPSDDEINKT IMNFVKFNKY L LDNSNDIK KVHDFLVLTS QSNENLLPNK EKLFEQIVDQ IKYFDEYFFA SGGKIKVKKG YLKYNFLDIY KQPVCSAYLH LC SRYYESV SIYIRLKKVF NGIPAFLDKN CRKVKGEEFK KLMDMELKHN HIVERFDKYI ISDDLYYVNM KVFDLKNVDK IQV SKIDDI NNLNIYEHKE TMHLSAKNLS RYIDIKKELN DEKAYKQLMS AIRKYVTTLT KADSDITYFV KQLDDEEIER FLID LNFFL YNGFLRITED KHLINADDVS PSYINLYRSN NIVALYILKT QYEENKLSEY RAHKFYRRKR VSNITNDMIK KDFTQ TNAL TNLPNLDNKK TTEYYLKEYE NFVENFQPDL HDIMKLQLFF TMAFKDCNVN QNFTETSKKL WFDLLYAYDK FGWFYI HPN EVINSINKTD FVRHVLVSRN FLLKNNDQLT FLETQVAKIV EIINLSLEVD KSPDSLDFSI PMNFFNHKNG YHVMNDD KL KLLTSYEYID SIANNYFFLS EYKNDVFRTG NNFKLYFNLP NIYSLAYQLF NELAININVI TNVPLKKYLK YNASYAYF T LMNMIGKNHD IYSKGSRFVY ASYILGLVFF IESHIDIARL KPKDFFFMKQ SLPIIDHVYH KDLKTLKKNC TLLTDFMKI NKNSQNYSLT HTEEMIKILG LLTVTLWAKE GKKSVYYDDD VSLYRKLMVS CVFNGGETIQ EKLANNIEKS CDISQYGIKS KNLKDMIDI NLSIHKWNPA EIEKLAYSFV LSCKMQKLMY KPMNVEKLPL EDYYKLSLAP DMVKTYHCYK LGKQAAELLE S IILKKKFV RFRVTDAIDV YDFFYIKKVL SSRIKKEYNE FLQDKRAFEK KELETILNNS PFSEEQTMKL INSYECHWFT SY ENFRILW MHASSNLGTG TYLKNFFSEL WQNIRFLFKS KLKIRDMEYF SGDISQMNLL DYYSPMVHSE SHCQEKMQVL FIT LRDSKE ENRSEIAQKV KSAYYQCKLD YYKNHHSDFI HRIHPNDFLN NKVYVLKQPY YLMSNVPLNN PKKVSRLFVT EGTL EYLLL DKINIPECFG PCTKLHFNKV VIKESKQRIY DMTINNALVP EIQPYNRRKY MTIYINEAYI KNIVSDALTS EEIKR HDIQ KGNIKICMGK STYLTEPILT EEHFNLTHKP VYDFSSVKHN LKVFHMKNEH LVSEDPNDDC FINYPLATIN LDISDP YKE ISEDLIKNLY ILKSS

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分子 #3: High molecular weight rhoptry protein 3

分子名称: High molecular weight rhoptry protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: RhopH3, subunit of the soluble form of the RhopH complex
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum NF54 (マラリア病原虫)
株: isolate NF54
分子量理論値: 104.997406 KDa
配列文字列: MRSKHLVTLF IITFLSFSTV KVWGKDVFAG FVTKKLKTLL DCNFALYYNF KGNGPDAGSF LDFVDEPEQF YWFVEHFLSV KFRVPKHLK DKNIHNFTPC LNRSWVSEFL KEYEEPFVNP VMKFLDKEQR LFFTYNFGDV EPQGKYTYFP VKEFHKYCIL P PLIKTNIK ...文字列:
MRSKHLVTLF IITFLSFSTV KVWGKDVFAG FVTKKLKTLL DCNFALYYNF KGNGPDAGSF LDFVDEPEQF YWFVEHFLSV KFRVPKHLK DKNIHNFTPC LNRSWVSEFL KEYEEPFVNP VMKFLDKEQR LFFTYNFGDV EPQGKYTYFP VKEFHKYCIL P PLIKTNIK DGESGEFLKY QLNKEEYKVF LSSVGSQMTA IKNLYSTVED EQRKQLLKVI IENESTNDIS VQCPTYNIKL HY TKECANS NNILKCIDEF LRKTCEKKTE SKHPSADLCE HLQFLFESLK NPYLDNFKKF MTNSDFTLIK PQSVWNVPIF DIY KPKNYL DSVQNLDTEC FKKLNSKNLI FLSFHDDIPN NPYYNVELQE IVKLSTYTYS IFDKLYNFFF VFKKSGAPIS PVSV KELSH NITDFSFKED NSEIQCQNVR KSLDLEVDVE TMKGIAAEKL CKIIEKFILT KDDASKPEKS DIHRGFRILC ILIST HVEA YNIVRQLLNM ESMISLTRYT SLYIHKFFKS VTLLKGNFLY KNNKAIRYSR ACSKASLHVP SVLYRRNIYI PETFLS LYL GLSNLVSSNP SSPFFEYAII EFLVTYYNKG SEKFVLYFIS IISVLYINEY YYEQLSCFYP KEFELIKSRM IHPNIVD RI LKGIDNLMKS TRYDKMRTMY LDFESSDIFS REKVFTALYN FDSFIKTNEQ LKKKNLEEIS EIPVQLETSN DGIGYRKQ D VLYETDKPQT MDEASYEETV DEDAHHVNEK QHSAHFLDAI AEKDILEEKT KDQDLEIELY KYMGPLKEQS KSTSAASTS DEISGSEGPS TESTSTGNQG EDKTTDNTYK EMEELEEAEG TSNLKKGLEF YKSSLKLDQL DKEKPKKKKS KRKKKRDSSS DRILLEESK TFTSENEL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2900167
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 108872
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7mrw:
Native RhopH complex of the malaria parasite Plasmodium falciparum

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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