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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23862 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | SidJ / SdeA / CaM / complex / Intermediate / Acyl / Adenylate / Legionella / Ubiquitination / TRANSFERASE / HYDROLASE-LIGASE complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 合成酵素 / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane ...合成酵素 / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / protein deubiquitination / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / adenylate cyclase activator activity / protein phosphatase activator activity / ligase activity / : / adenylate cyclase binding / catalytic complex / regulation of cardiac muscle contraction / detection of calcium ion / calcium channel inhibitor activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated potassium channel complex / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / cysteine-type peptidase activity / : / titin binding / positive regulation of protein autophosphorylation / regulation of calcium-mediated signaling / sperm midpiece / calcium channel complex / substantia nigra development / nucleotidyltransferase activity / sarcomere / regulation of heart rate / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of cytokinesis / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / spindle microtubule / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / spindle pole / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / host cell / myelin sheath / transferase activity / vesicle / transmembrane transporter binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / protein ubiquitination / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleotide binding / centrosome / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / proteolysis / extracellular region / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Legionella pneumophila (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Osinski A / Black MH | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021 タイトル: Structural and mechanistic basis for protein glutamylation by the kinase fold. 著者: Adam Osinski / Miles H Black / Krzysztof Pawłowski / Zhe Chen / Yang Li / Vincent S Tagliabracci / 要旨: The kinase domain transfers phosphate from ATP to substrates. However, the Legionella effector SidJ adopts a kinase fold, yet catalyzes calmodulin (CaM)-dependent glutamylation to inactivate the SidE ...The kinase domain transfers phosphate from ATP to substrates. However, the Legionella effector SidJ adopts a kinase fold, yet catalyzes calmodulin (CaM)-dependent glutamylation to inactivate the SidE ubiquitin ligases. The structural and mechanistic basis in which the kinase domain catalyzes protein glutamylation is unknown. Here we present cryo-EM reconstructions of SidJ:CaM:SidE reaction intermediate complexes. We show that the kinase-like active site of SidJ adenylates an active-site Glu in SidE, resulting in the formation of a stable reaction intermediate complex. An insertion in the catalytic loop of the kinase domain positions the donor Glu near the acyl-adenylate for peptide bond formation. Our structural analysis led us to discover that the SidJ paralog SdjA is a glutamylase that differentially regulates the SidE ligases during Legionella infection. Our results uncover the structural and mechanistic basis in which the kinase fold catalyzes non-ribosomal amino acid ligations and reveal an unappreciated level of SidE-family regulation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23862.map.gz | 228.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23862-v30.xml emd-23862.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23862.png | 85.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-23862.cif.gz | 6.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23862 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23862 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23862_validation.pdf.gz | 614.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23862_full_validation.pdf.gz | 614.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23862_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23862_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23862 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23862 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex
+超分子 #1: Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex
+超分子 #2: SidJ-SdeA
+超分子 #3: Calmodulin
+分子 #1: Calmodulin-dependent glutamylase SidJ
+分子 #2: Calmodulin-2
+分子 #3: Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA
+分子 #4: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
+分子 #5: MAGNESIUM ION
+分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #7: CALCIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 詳細: 25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 310154 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |