+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6rcv | ||||||
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Title | PfRH5 bound to monoclonal antibodies R5.011 and R5.016 | ||||||
Components |
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Keywords | CELL ADHESION / Plasmodium falciparum Erythrocyte invasion Potentiating antibody Neutralising antibody Human monoclonal antibody | ||||||
Function / homology | Function and homology information rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / bicellular tight junction / host cell membrane / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding ...rhoptry lumen / rhoptry / symbiont entry into host / bicellular tight junction / host cell membrane / apical part of cell / heparin binding / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell surface receptor binding / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.582 Å | ||||||
Authors | Alanine, D.W.G. / Draper, S.J. / Higgins, M.K. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Cell / Year: 2019 Title: Human Antibodies that Slow Erythrocyte Invasion Potentiate Malaria-Neutralizing Antibodies. Authors: Alanine, D.G.W. / Quinkert, D. / Kumarasingha, R. / Mehmood, S. / Donnellan, F.R. / Minkah, N.K. / Dadonaite, B. / Diouf, A. / Galaway, F. / Silk, S.E. / Jamwal, A. / Marshall, J.M. / Miura, ...Authors: Alanine, D.G.W. / Quinkert, D. / Kumarasingha, R. / Mehmood, S. / Donnellan, F.R. / Minkah, N.K. / Dadonaite, B. / Diouf, A. / Galaway, F. / Silk, S.E. / Jamwal, A. / Marshall, J.M. / Miura, K. / Foquet, L. / Elias, S.C. / Labbe, G.M. / Douglas, A.D. / Jin, J. / Payne, R.O. / Illingworth, J.J. / Pattinson, D.J. / Pulido, D. / Williams, B.G. / de Jongh, W.A. / Wright, G.J. / Kappe, S.H.I. / Robinson, C.V. / Long, C.A. / Crabb, B.S. / Gilson, P.R. / Higgins, M.K. / Draper, S.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6rcv.cif.gz | 941.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6rcv.ent.gz | 798.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6rcv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6rcv_validation.pdf.gz | 520.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6rcv_full_validation.pdf.gz | 576.9 KB | Display | |
Data in XML | 6rcv_validation.xml.gz | 80.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6rcv_validation.cif.gz | 108.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/6rcv | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 59993.844 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: PF3D7_0424100 / Production host: Drosophila melanogaster (fruit fly) / References: UniProt: Q8IFM5 #2: Antibody | Mass: 23065.367 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #3: Antibody | Mass: 25685.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #4: Antibody | Mass: 23953.613 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #5: Antibody | Mass: 50902.977 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 10% PEG 20000, 20% PEG 550MME, 0.02 M amino acids, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9763 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9763 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.58→49.16 Å / Num. obs: 41777 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 6.7 % / Net I/σ(I): 4.7 |
Reflection shell | Resolution: 3.58→3.73 Å / Num. unique obs: 4579 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.582→49.156 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 37.46
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.582→49.156 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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