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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23798 | |||||||||
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タイトル | Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4B06 binding the lateral patch of H1 HA | |||||||||
マップデータ | Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4B06 binding the lateral patch of H1 HA | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Han J / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021 タイトル: First exposure to the pandemic H1N1 virus induced broadly neutralizing antibodies targeting hemagglutinin head epitopes. 著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Lei Li / Alec W Freyn / Sean T H Liu / Olivia Stovicek / Christopher T Stamper / Haley L Dugan / Micah E Tepora / Henry A Utset / Dalia J Bitar / Natalie J ...著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Lei Li / Alec W Freyn / Sean T H Liu / Olivia Stovicek / Christopher T Stamper / Haley L Dugan / Micah E Tepora / Henry A Utset / Dalia J Bitar / Natalie J Hamel / Siriruk Changrob / Nai-Ying Zheng / Min Huang / Florian Krammer / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Andrew B Ward / Patrick C Wilson / 要旨: Broadly neutralizing antibodies are critical for protection against both drifted and shifted influenza viruses. Here, we reveal that first exposure to the 2009 pandemic H1N1 influenza virus recalls ...Broadly neutralizing antibodies are critical for protection against both drifted and shifted influenza viruses. Here, we reveal that first exposure to the 2009 pandemic H1N1 influenza virus recalls memory B cells that are specific to the conserved receptor-binding site (RBS) or lateral patch epitopes of the hemagglutinin (HA) head domain. Monoclonal antibodies (mAbs) generated against these epitopes are broadly neutralizing against H1N1 viruses spanning 40 years of viral evolution and provide potent protection in vivo. Lateral patch-targeting antibodies demonstrated near universal binding to H1 viruses, and RBS-binding antibodies commonly cross-reacted with H3N2 viruses and influenza B viruses. Lateral patch-targeting mAbs were restricted to expressing the variable heavy-chain gene VH3-23 with or without the variable kappa-chain gene VK1-33 and often had a Y-x-R motif within the heavy-chain complementarity determining region 3 to make key contacts with HA. Moreover, lateral patch antibodies that used both VH3-23 and VK1-33 maintained neutralizing capability with recent pH1N1 strains that acquired mutations near the lateral patch. RBS-binding mAbs used a diverse repertoire but targeted the RBS epitope similarly and made extensive contacts with the major antigenic site Sb. Together, our data indicate that RBS- and lateral patch-targeting clones are abundant within the human memory B cell pool, and universal vaccine strategies should aim to drive antibodies against both conserved head and stalk epitopes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23798.map.gz | 11.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23798-v30.xml emd-23798.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23798.png | 31.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23798 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23798_validation.pdf.gz | 298.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23798_full_validation.pdf.gz | 298.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23798_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23798_validation.cif.gz | 6.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23798 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4B06 binding the lateral patch of H1 HA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4B06 binding the late...
全体 | 名称: Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4B06 binding the lateral patch of H1 HA (A/California/4/2009 E47K) |
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要素 |
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-超分子 #1: Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4B06 binding the late...
超分子 | 名称: Negative stain map of monoclonal Fab 047-09 4B06 binding the lateral patch of H1 HA (A/California/4/2009 E47K) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 1705 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |