+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23792 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of influenza virus H1 HA | |||||||||
マップデータ | CryoEM map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA | |||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Han J / Ward A | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021 タイトル: First exposure to the pandemic H1N1 virus induced broadly neutralizing antibodies targeting hemagglutinin head epitopes. 著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Lei Li / Alec W Freyn / Sean T H Liu / Olivia Stovicek / Christopher T Stamper / Haley L Dugan / Micah E Tepora / Henry A Utset / Dalia J Bitar / Natalie J ...著者: Jenna J Guthmiller / Julianna Han / Lei Li / Alec W Freyn / Sean T H Liu / Olivia Stovicek / Christopher T Stamper / Haley L Dugan / Micah E Tepora / Henry A Utset / Dalia J Bitar / Natalie J Hamel / Siriruk Changrob / Nai-Ying Zheng / Min Huang / Florian Krammer / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Andrew B Ward / Patrick C Wilson / 要旨: Broadly neutralizing antibodies are critical for protection against both drifted and shifted influenza viruses. Here, we reveal that first exposure to the 2009 pandemic H1N1 influenza virus recalls ...Broadly neutralizing antibodies are critical for protection against both drifted and shifted influenza viruses. Here, we reveal that first exposure to the 2009 pandemic H1N1 influenza virus recalls memory B cells that are specific to the conserved receptor-binding site (RBS) or lateral patch epitopes of the hemagglutinin (HA) head domain. Monoclonal antibodies (mAbs) generated against these epitopes are broadly neutralizing against H1N1 viruses spanning 40 years of viral evolution and provide potent protection in vivo. Lateral patch-targeting antibodies demonstrated near universal binding to H1 viruses, and RBS-binding antibodies commonly cross-reacted with H3N2 viruses and influenza B viruses. Lateral patch-targeting mAbs were restricted to expressing the variable heavy-chain gene VH3-23 with or without the variable kappa-chain gene VK1-33 and often had a Y-x-R motif within the heavy-chain complementarity determining region 3 to make key contacts with HA. Moreover, lateral patch antibodies that used both VH3-23 and VK1-33 maintained neutralizing capability with recent pH1N1 strains that acquired mutations near the lateral patch. RBS-binding mAbs used a diverse repertoire but targeted the RBS epitope similarly and made extensive contacts with the major antigenic site Sb. Together, our data indicate that RBS- and lateral patch-targeting clones are abundant within the human memory B cell pool, and universal vaccine strategies should aim to drive antibodies against both conserved head and stalk epitopes. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23792.map.gz | 118.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-23792-v30.xml emd-23792.xml | 22.3 KB 22.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23792_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23792.png | 84.2 KB | ||
マスクデータ | emd_23792_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_23792_half_map_1.map.gz emd_23792_half_map_2.map.gz | 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23792 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23792 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23792_validation.pdf.gz | 882.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_23792_full_validation.pdf.gz | 881.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23792_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23792_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23792 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23792 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CryoEM map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_23792_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half map of monoclonal Fab 045-09 2B05...
ファイル | emd_23792_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CryoEM half map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half map of monoclonal Fab 045-09 2B05...
ファイル | emd_23792_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | CryoEM half map of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the latera...
全体 | 名称: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the latera...
超分子 | 名称: CryoEM structure of monoclonal Fab 045-09 2B05 binding the lateral patch of H1 HA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|
-超分子 #2: monoclonal Fab 045-09 2B05
超分子 | 名称: monoclonal Fab 045-09 2B05 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Hemagglutinin
超分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) |
-分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 |
分子量 | 理論値: 36.729402 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ADPGDTLCIG YHANNSTDTV DTVLEKNVTV THSVNLLEDK HNGKLCKLRG VAPLHLGKCN IAGWILGNPE CESLSTASSW SYIVETPSS DNGTCYPGDF IDYEELREQL SSVSSFERFE IFPKTSSWPN HDSNKGVTAA CPHAGAKSFY KNLIWLVKKG N SYPKLSKS ...文字列: ADPGDTLCIG YHANNSTDTV DTVLEKNVTV THSVNLLEDK HNGKLCKLRG VAPLHLGKCN IAGWILGNPE CESLSTASSW SYIVETPSS DNGTCYPGDF IDYEELREQL SSVSSFERFE IFPKTSSWPN HDSNKGVTAA CPHAGAKSFY KNLIWLVKKG N SYPKLSKS YINDKGKEVL VLWGIHHPST SADQQSLYQN ADTYVFVGSS RYSKKFKPEI AIRPKVRDQE GRMNYYWTLV EP GDKITFE ATGNLVVPRY AFAMERNAGS GIIISDTPVH DCNTTCQTPK GAINTSLPFQ NIHPITIGKC PKYVKSTKLR LAT GLRNIP SIQSR |
-分子 #2: Light chain of monoclonal antibody 045-09 2B05
分子 | 名称: Light chain of monoclonal antibody 045-09 2B05 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: B cell |
分子量 | 理論値: 11.76912 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSAFVGDRVT IACQASQDIR IHLNWYQQKP GKAPKLLIYD ASNLEAGVPS RFSGSGSGTD FTFTISSLQP EDIATYYCQ HYHNLPRTFG GGTKVEIK |
-分子 #3: Heavy chain of monoclonal antibody 045-09 2B05
分子 | 名称: Heavy chain of monoclonal antibody 045-09 2B05 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: B cell |
分子量 | 理論値: 12.805238 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: VQLLESGGGL VQPGGSLSLS CAASGFTFSS FAMSWVRQAP VKGLEWVSMI SAGGGNTYYA DSVKGRFTIS RDNSKSTLYL QMSSLTAED TAVYYCAKSD SSGFQYGRRE FWGQGTLVTV S |
-分子 #4: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (strain swl A/California/04/2009 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) 株: swl A/California/04/2009 H1N1 |
分子量 | 理論値: 19.904998 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADLKS TQNAIDGITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NHLEKRIENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD YHDSNVKNLY EKVRSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCDNTCM ESVKNGTYDY P KYSEEAKL NREEID |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.75 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS + LMNG |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.27 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |