PDB-236d: CRYSTAL STRUCTURE OF FOUR MORPHOLINO-DOXORUBICIN ANTICANCER DRUGS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 236d

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF FOUR MORPHOLINO-DOXORUBICIN ANTICANCER DRUGS COMPLEXED WITH D(CGTACG) AND D(CGATCG): IMPLICATIONS IN DRUG-DNA CROSSLINK

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

キーワード

DNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG

機能・相同性

Chem-CMD / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gao, Y.-G. / Wang, A.H.-J.

引用

ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1995
タイトル: Crystal structures of four morpholino-doxorubicin anticancer drugs complexed with d(CGTACG) and d(CGATCG): implications in drug-DNA crosslink.
著者: Gao, Y.G. / Wang, A.H.

履歴

登録	1995年6月22日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1996年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	236d.cif.gz	15.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb236d.ent.gz	8.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	236d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	236d_validation.pdf.gz	420.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	236d_full_validation.pdf.gz	428.4 KB	表示
XML形式データ	236d_validation.xml.gz	2.9 KB	表示
CIF形式データ	236d_validation.cif.gz	3.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/36/236d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/36/236d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	215dC 234dC 235dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	482d-1 215d-1 2des-d 151d-1 1d58-1 1p20-1 1qda-1 1d54-1 1jo2-1 2d34-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

2.45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
4.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.186, 28.186, 53.352
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPAPTPCPG)-3') 分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-CMD / 3'-DESAMINO-3'-(3-CYANO-4-MORPHOLINYL)-DOXORUBICIN 分子量: 638.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₄N₂O₁₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	BACL2	1	1
4	NA CACODYLATE	1	1
5	SPERMINE	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

結晶化

*PLUS

pH: 6

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	1.2 mM	DNA hexamer	1	drop	single strand
2	4 mM		1	drop		BaCl2
3	30 mM	sodium cacodylate	1	drop
4	2.5 mM	spermine	1	drop
5	1.2 mM	drug	1	drop
6	5 %(v/v)	MPD	1	drop
7	40 %		1	reservoir	30ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 1.7 Å
反射	PLUS 最高解像度: 1.7 Å / Num. obs*: 1652

-
解析

ソフトウェア

名称: NUCLSQ / 分類: 精密化

精密化

最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 2 /

	R_factor	反射数
obs	0.219	1652

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	120	46	61	227

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / σ(F): 2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

タイプ: n_bond_d / Dev ideal: 0.016

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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