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- EMDB-23511: DNA-PKcs, Ku, DNA and LigIV N-BRCT in the NHEJ Long-range synapti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23511
タイトルDNA-PKcs, Ku, DNA and LigIV N-BRCT in the NHEJ Long-range synaptic complex
マップデータDNAPK-BRCT in the Long-range synaptic complex
試料
  • 複合体: DNAPK complex and LigIV N-BRCT in the Long-range synaptic complex of NHEJ
    • タンパク質・ペプチド: XRCC6_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: XRCC5_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (30-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNLI4_HUMAN DNA ligase 4
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者He Y / Chen S
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135651 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM008382 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129547 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01CA092584 米国
American Cancer SocietyIRG-15-173-21 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM047251 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of long-range to short-range synaptic transition in NHEJ.
著者: Siyu Chen / Linda Lee / Tasmin Naila / Susan Fishbain / Annie Wang / Alan E Tomkinson / Susan P Lees-Miller / Yuan He /
要旨: DNA double-strand breaks (DSBs) are a highly cytotoxic form of DNA damage and the incorrect repair of DSBs is linked to carcinogenesis. The conserved error-prone non-homologous end joining (NHEJ) ...DNA double-strand breaks (DSBs) are a highly cytotoxic form of DNA damage and the incorrect repair of DSBs is linked to carcinogenesis. The conserved error-prone non-homologous end joining (NHEJ) pathway has a key role in determining the effects of DSB-inducing agents that are used to treat cancer as well as the generation of the diversity in antibodies and T cell receptors. Here we applied single-particle cryo-electron microscopy to visualize two key DNA-protein complexes that are formed by human NHEJ factors. The Ku70/80 heterodimer (Ku), the catalytic subunit of the DNA-dependent protein kinase (DNA-PKcs), DNA ligase IV (LigIV), XRCC4 and XLF form a long-range synaptic complex, in which the DNA ends are held approximately 115 Å apart. Two DNA end-bound subcomplexes comprising Ku and DNA-PKcs are linked by interactions between the DNA-PKcs subunits and a scaffold comprising LigIV, XRCC4, XLF, XRCC4 and LigIV. The relative orientation of the DNA-PKcs molecules suggests a mechanism for autophosphorylation in trans, which leads to the dissociation of DNA-PKcs and the transition into the short-range synaptic complex. Within this complex, the Ku-bound DNA ends are aligned for processing and ligation by the XLF-anchored scaffold, and a single catalytic domain of LigIV is stably associated with a nick between the two Ku molecules, which suggests that the joining of both strands of a DSB involves both LigIV molecules.
履歴
登録2021年2月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月5日-
マップ公開2021年5月5日-
更新2021年5月26日-
現状2021年5月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DNAPK-BRCT in the Long-range synaptic complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 290 pix.
= 319. Å		1.1 Å/pix.
x 290 pix.
= 319. Å		1.1 Å/pix.
x 290 pix.
= 319. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.014779263 - 2.0966735
平均 (標準偏差)0.0032768296 (±0.04199135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-145-145-145
サイズ290290290
Spacing290290290
セルA=B=C: 319.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z290290290
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z319.000319.000319.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-145-145-145
NC/NR/NS290290290
D min/max/mean-0.0152.0970.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNAPK complex and LigIV N-BRCT in the Long-range synaptic complex...

全体名称: DNAPK complex and LigIV N-BRCT in the Long-range synaptic complex of NHEJ
要素
  • 複合体: DNAPK complex and LigIV N-BRCT in the Long-range synaptic complex of NHEJ
    • タンパク質・ペプチド: XRCC6_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 6
    • タンパク質・ペプチド: XRCC5_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (30-MER)
    • タンパク質・ペプチド: DNLI4_HUMAN DNA ligase 4

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超分子 #1: DNAPK complex and LigIV N-BRCT in the Long-range synaptic complex...

超分子名称: DNAPK complex and LigIV N-BRCT in the Long-range synaptic complex of NHEJ
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 / 詳細: DNAPKcs, Ku, LigIV N-BRCT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 630 KDa

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分子 #1: XRCC6_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 6

分子名称: XRCC6_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MSGWESYYKT EGDEEAEEEQ EENLEASGDY KYSGRDSLIF LVDASKAMFE SQSEDELTPF DMSIQCIQS VYISKIISSD RDLLAVVFYG TEKDKNSVNF KNIYVLQELD NPGAKRILEL D QFKGQQGQ KRFQDMMGHG SDYSLSEVLW VCANLFSDVQ FKMSHKRIML ...文字列:
MSGWESYYKT EGDEEAEEEQ EENLEASGDY KYSGRDSLIF LVDASKAMFE SQSEDELTPF DMSIQCIQS VYISKIISSD RDLLAVVFYG TEKDKNSVNF KNIYVLQELD NPGAKRILEL D QFKGQQGQ KRFQDMMGHG SDYSLSEVLW VCANLFSDVQ FKMSHKRIML FTNEDNPHGN DS AKASRAR TKAGDLRDTG IFLDLMHLKK PGGFDISLFY RDIISIAEDE DLRVHFEESS KLE DLLRKV RAKETRKRAL SRLKLKLNKD IVISVGIYNL VQKALKPPPI KLYRETNEPV KTKT RTFNT STGGLLLPSD TKRSQIYGSR QIILEKEETE ELKRFDDPGL MLMGFKPLVL LKKHH YLRP SLFVYPEESL VIGSSTLFSA LLIKCLEKEV AALCRYTPRR NIPPYFVALV PQEEEL DDQ KIQVTPPGFQ LVFLPFADDK RKMPFTEKIM ATPEQVGKMK AIVEKLRFTY RSDSFEN PV LQQHFRNLEA LALDLMEPEQ AVDLTLPKVE AMNKRLGSLV DEFKELVYPP DYNPEGKV T KRKHDNEGSG SKRPKVEYSE EELKTHISKG TLGKFTVPML KEACRAYGLK SGLKKQELL EALTKHFQD

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分子 #2: XRCC5_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 5

分子名称: XRCC5_HUMAN X-ray repair cross-complementing protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLS GGDQYQNITV HRHLMLPDFD LLEDIESKIQ PGSQQADFLD ALIVSMDVIQ H ETIGKKFE KRHIEIFTDL SSRFSKSQLD IIIHSLKKCD ISLQFFLPFS ...文字列:
MVRSGNKAAV VLCMDVGFTM SNSIPGIESP FEQAKKVITM FVQRQVFAEN KDEIALVLFG TDGTDNPLS GGDQYQNITV HRHLMLPDFD LLEDIESKIQ PGSQQADFLD ALIVSMDVIQ H ETIGKKFE KRHIEIFTDL SSRFSKSQLD IIIHSLKKCD ISLQFFLPFS LGKEDGSGDR GD GPFRLGG HGPSFPLKGI TEQQKEGLEI VKMVMISLEG EDGLDEIYSF SESLRKLCVF KKI ERHSIH WPCRLTIGSN LSIRIAAYKS ILQERVKKTW TVVDAKTLKK EDIQKETVYC LNDD DETEV LKEDIIQGFR YGSDIVPFSK VDEEQMKYKS EGKCFSVLGF CKSSQVQRRF FMGNQ VLKV FAARDDEAAA VALSSLIHAL DDLDMVAIVR YAYDKRANPQ VGVAFPHIKH NYECLV YVQ LPFMEDLRQY MFSSLKNSKK YAPTEAQLNA VDALIDSMSL AKKDEKTDTL EDLFPTT KI PNPRFQRLFQ CLLHRALHPR EPLPPIQQHI WNMLNPPAEV TTKSQIPLSK IKTLFPLI E AKKKDQVTAQ EIFQDNHEDG PTAKKLKTEQ GGAHFSVSSL AEGSVTSVGS VNPAENFRV LVKQKKASFE EASNQLINHI EQFLDTNETP YFMKSIDCIR AFREEAIKFS EEQRFNNFLK ALQEKVEIK QLNHFWEIVV QDGITLITKE EASGSSVTAE EAKKFLAPKD KPSGDTAAVF E EGGDVDDL LDMI

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分子 #3: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

分子名称: PRKDC_HUMAN DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFV RKSLNSIEFR ECREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR A AKCKIPAL DLLIKLLQTF RSSRLMDEFK IGELFSKFYG ELALKKKIPD ...文字列:
MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFV RKSLNSIEFR ECREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR A AKCKIPAL DLLIKLLQTF RSSRLMDEFK IGELFSKFYG ELALKKKIPD TVLEKVYELL GL LGEVHPS EMINNAENLF RAFLGELKTQ MTSAVREPKL PVLAGCLKGL SSLLCNFTKS MEE DPQTSR EIFNFVLKAI RPQIDLKRYA VPSAGLRLFA LHASQFSTCL LDNYVSLFEV LLKW CAHTN VELKKAALSA LESFLKQVSN MVAKNAEMHK NKLQYFMEQF YGIIRNVDSN NKELS IAIR GYGLFAGPCK VINAKDVDFM YVELIQRCKQ MFLTQTDTGD DRVYQMPSFL QSVASV LLY LDTVPEVYTP VLEHLVVMQI DSFPQYSPKM QLVCCRAIVK VFLALAAKGP VLRNCIS TV VHQGLIRICS KPVVLPKGPE SESEDHRASG EVRTGKWKVP TYKDYVDLFR HLLSSDQM M DSILADEAFF SVNSSSESLN HLLYDEFVKS VLKIVEKLDL TLEIQTVGEQ ENGDEAPGV WMIPTSDPAA NLHPAKPKDF SAFINLVEFC REILPEKQAE FFEPWVYSFS YELILQSTRL PLISGFYKL LSITVRNAKK IKYFEGVSPK SLKHSPEDPE KYSCFALFVK FGKEVAVKMK Q YKDELLAS CLTFLLSLPH NIIELDVRAY VPALQMAFKL GLSYTPLAEV GLNALEEWSI YI DRHVMQP YYKDILPCLD GYLKTSALSD ETKNNWEVSA LSRAAQKGFN KVVLKHLKKT KNL SSNEAI SLEEIRIRVV QMLGSLGGQI NKNLLTVTSS DEMMKSYVAW DREKRLSFAV PFRE MKPVI FLDVFLPRVT ELALTASDRQ TKVAACELLH SMVMFMLGKA TQMPEGGQGA PPMYQ LYKR TFPVLLRLAC DVDQVTRQLY EPLVMQLIHW FTNNKKFESQ DTVALLEAIL DGIVDP VDS TLRDFCGRCI REFLKWSIKQ ITPQQQEKSP VNTKSLFKRL YSLALHPNAF KRLGASL AF NNIYREFREE ESLVEQFVFE ALVIYMESLA LAHADEKSLG TIQQCCDAID HLCRIIEK K HVSLNKAKKR RLPRGFPPSA SLCLLDLVKW LLAHCGRPQT ECRHKSIELF YKFVPLLPG NRSPNLWLKD VLKEEGVSFL INTFEGGGCG QPSGILAQPT LLYLRGPFSL QATLCWLDLL LAALECYNT FIGERTVGAL QVLGTEAQSS LLKAVAFFLE SIAMHDIIAA EKCFGTGAAG N RTSPQEGE RYNYSKCTVV VRIMEFTTTL LNTSPEGWKL LKKDLCNTHL MRVLVQTLCE PA SIGFNIG DVQVMAHLPD VCVNLMKALK MSPYKDILET HLREKITAQS IEELCAVNLY GPD AQVDRS RLAAVVSACK QLHRAGLLHN ILPSQSTDLH HSVGTELLSL VYKGIAPGDE RQCL PSLDL SCKQLASGLL ELAFAFGGLC ERLVSLLLNP AVLSTASLGS SQGSVIHFSH GEYFY SLFS ETINTELLKN LDLAVLELMQ SSVDNTKMVS AVLNGMLDQS FRERANQKHQ GLKLAT TIL QHWKKCDSWW AKDSPLETKM AVLALLAKIL QIDSSVSFNT SHGSFPEVFT TYISLLA DT KLDLHLKGQA VTLLPFFTSL TGGSLEELRR VLEQLIVAHF PMQSREFPPG TPRFNNYV D CMKKFLDALE LSQSPMLLEL MTEVLCREQQ HVMEELFQSS FRRIARRGSC VTQVGLLES VYEMFRKDDP RLSFTRQSFV DRSLLTLLWH CSLDALREFF STIVVDAIDV LKSRFTKLNE STFDTQITK KMGYYKILDV MYSRLPKDDV HAKESKINQV FHGSCITEGN ELTKTLIKLC Y DAFTENMA GENQLLERRR LYHCAAYNCA ISVICCVFNE LKFYQGFLFS EKPEKNLLIF EN LIDLKRR YNFPVEVEVP MERKKKYIEI RKEAREAANG DSDGPSYMSS LSYLADSTLS EEM SQFDFS TGVQSYSYSS QDPRPATGRF RRREQRDPTV HDDVLELEMD ELNRHECMAP LTAL VKHMH RSLGPPQGEE DSVPRDLPSW MKFLHGKLGN PIVPLNIRLF LAKLVINTEE VFRPY AKHW LSPLLQLAAS ENNGGEGIHY MVVEIVATIL SWTGLATPTG VPKDEVLANR LLNFLM KHV FHPKRAVFRH NLEIIKTLVE CWKDCLSIPY RLIFEKFSGK DPNSKDNSVG IQLLGIV MA NDLPPYDPQC GIQSSEYFQA LVNNMSFVRY KEVYAAAAEV LGLILRYVME RKNILEES L CELVAKQLKQ HQNTMEDKFI VCLNKVTKSF PPLADRFMNA VFFLLPKFHG VLKTLCLEV VLCRVEGMTE LYFQLKSKDF VQVMRHRDDE RQKVCLDIIY KMMPKLKPVE LRELLNPVVE FVSHPSTTC REQMYNILMW IHDNYRDPES ETDNDSQEIF KLAKDVLIQG LIDENPGLQL I IRNFWSHE TRLPSNTLDR LLALNSLYSP KIEVHFLSLA TNFLLEMTSM SPDYPNPMFE HP LSECEFQ EYTIDSDWRF RSTVLTPMFV ETQASQGTLQ TRTQEGSLSA RWPVAGQIRA TQQ QHDFTL TQTADGRSSF DWLTGSSTDP LVDHTSPSSD SLLFAHKRSE RLQRAPLKSV GPDF GKKRL GLPGDEVDNK VKGAAGRTDL LRLRRRFMRD QEKLSLMYAR KGVAEQKREK EIKSE LKMK QDAQVVLYRS YRHGDLPDIQ IKHSSLITPL QAVAQRDPII AKQLFSSLFS GILKEM DKF KTLSEKNNIT QKLLQDFNRF LNTTFSFFPP FVSCIQDISC QHAALLSLDP AAVSAGC LA SLQQPVGIRL LEEALLRLLP AELPAKRVRG KARLPPDVLR WVELAKLYRS IGEYDVLR G IFTSEIGTKQ ITQSALLAEA RSDYSEAAKQ YDEALNKQDW VDGEPTEAEK DFWELASLD CYNHLAEWKS LEYCSTASID SENPPDLNKI WSEPFYQETY LPYMIRSKLK LLLQGEADQS LLTFIDKAM HGELQKAILE LHYSQELSLL YLLQDDVDRA KYYIQNGIQS FMQNYSSIDV L LHQSRLTK LQSVQALTEI QEFISFISKQ GNLSSQVPLK RLLNTWTNRY PDAKMDPMNI WD DIITNRC FFLSKIEEKL TPLPEDNSMN VDQDGDPSDR MEVQEQEEDI SSLIRSCKFS MKM KMIDSA RKQNNFSLAM KLLKELHKES KTRDDWLVSW VQSYCRLSHC RSRSQGCSEQ VLTV LKTVS LLDENNVSSY LSKNILAFRD QNILLGTTYR IIANALSSEP ACLAEIEEDK ARRIL ELSG SSSEDSEKVI AGLYQRAFQH LSEAVQAAEE EAQPPSWSCG PAAGVIDAYM TLADFC DQQ LRKEEENASV IDSAELQAYP ALVVEKMLKA LKLNSNEARL KFPRLLQIIE RYPEETL SL MTKEISSVPC WQFISWISHM VALLDKDQAV AVQHSVEEIT DNYPQAIVYP FIISSESY S FKDTSTGHKN KEFVARIKSK LDQGGVIQDF INALDQLSNP ELLFKDWSND VRAELAKTP VNKKNIEKMY ERMYAALGDP KAPGLGAFRR KFIQTFGKEF DKHFGKGGSK LLRMKLSDFN DITNMLLLK MNKDSKPPGN LKECSPWMSD FKVEFLRNEL EIPGQYDGRG KPLPEYHVRI A GFDERVTV MASLRRPKRI IIRGHDEREH PFLVKGGEDL RQDQRVEQLF QVMNGILAQD SA CSQRALQ LRTYSVVPMT SRLGLIEWLE NTVTLKDLLL NTMSQEEKAA YLSDPRAPPC EYK DWLTKM SGKHDVGAYM LMYKGANRTE TVTSFRKRES KVPADLLKRA FVRMSTSPEA FLAL RSHFA SSHALICISH WILGIGDRHL NNFMVAMETG GVIGIDFGHA FGSATQFLPV PELMP FRLT RQFINLMLPM KETGLMYSIM VHALRAFRSD PGLLTNTMDV FVKEPSFDWK NFEQKM LKK GGSWIQEINV AEKNWYPRQK ICYAKRKLAG ANPAVITCDE LLLGHEKAPA FRDYVAV AR GSKDHNIRAQ EPESGLSEET QVKCLMDQAT DPNILGRTWE GWEPWM

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分子 #6: DNLI4_HUMAN DNA ligase 4

分子名称: DNLI4_HUMAN DNA ligase 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列:
SNIFEDVEFC VMSGTDSQPK PDLENRIAEF GGYIVQNPGP DTYCVIAGSE NIRVKNIILS NKHDV VKPA WLLECFKTKS FVPWQPRFMI HMCPSTKEHF AREYDCYGDS YFIDTDLNQL KEVFSGIKNS N

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分子 #4: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)

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分子 #5: DNA (30-MER)

分子名称: DNA (30-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG) (DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称式
10.0 mMHEPES
50.0 mMKCl
10.0 mMMgCl2
2.5 %glycerol
1.0 mMDTT
0.05 %NP-40
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 200.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 17114 / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 76.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1119381
CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf (ver. 0.50), CTFFIND (ver. 4.1))
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Negative staining map reconstructed ab-initio from Cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 333166
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア: (名称: EMAN, cryoSPARC)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 330000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6erh

,

1jey

,

5luq

,

5y3r

,

6zha

)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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