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- EMDB-23424: Cryo-EM map of Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23424
タイトルCryo-EM map of Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab
マップデータCryo-EM map of Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab
試料
  • 複合体: Trimeric HIV-1 Env in complex with VRC33.01 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: 179NC75 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 179NC75 Fab Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードBG505 DS-SOSIP / Glycan276-Dependent / Glycan276 / 179NC75 Fab / HIV-1 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Manne K / Acharya P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI45687 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Structural basis of glycan276-dependent recognition by HIV-1 broadly neutralizing antibodies.
著者: Christopher A Cottrell / Kartik Manne / Rui Kong / Shuishu Wang / Tongqing Zhou / Gwo-Yu Chuang / Robert J Edwards / Rory Henderson / Katarzyna Janowska / Megan Kopp / Bob C Lin / Mark K ...著者: Christopher A Cottrell / Kartik Manne / Rui Kong / Shuishu Wang / Tongqing Zhou / Gwo-Yu Chuang / Robert J Edwards / Rory Henderson / Katarzyna Janowska / Megan Kopp / Bob C Lin / Mark K Louder / Adam S Olia / Reda Rawi / Chen-Hsiang Shen / Justin D Taft / Jonathan L Torres / Nelson R Wu / Baoshan Zhang / Nicole A Doria-Rose / Myron S Cohen / Barton F Haynes / Lawrence Shapiro / Andrew B Ward / Priyamvada Acharya / John R Mascola / Peter D Kwong /
要旨: Recognition of N-linked glycan at residue N276 (glycan276) at the periphery of the CD4-binding site (CD4bs) on the HIV-envelope trimer is a formidable challenge for many CD4bs-directed antibodies. To ...Recognition of N-linked glycan at residue N276 (glycan276) at the periphery of the CD4-binding site (CD4bs) on the HIV-envelope trimer is a formidable challenge for many CD4bs-directed antibodies. To understand how this glycan can be recognized, here we isolate two lineages of glycan276-dependent CD4bs antibodies. Antibody CH540-VRC40.01 (named for donor-lineage.clone) neutralizes 81% of a panel of 208 diverse strains, while antibody CH314-VRC33.01 neutralizes 45%. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of these two antibodies and 179NC75, a previously identified glycan276-dependent CD4bs antibody, in complex with HIV-envelope trimer reveal substantially different modes of glycan276 recognition. Despite these differences, binding of glycan276-dependent antibodies maintains a glycan276 conformation similar to that observed in the absence of glycan276-binding antibodies. By contrast, glycan276-independent CD4bs antibodies, such as VRC01, displace glycan276 upon binding. These results provide a foundation for understanding antibody recognition of glycan276 and suggest its presence may be crucial for priming immunogens seeking to initiate broad CD4bs recognition.
履歴
登録2021年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月2日-
マップ公開2021年6月2日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7llk
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7llk
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23424.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.208 Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.208 Å		1 Å/pix.
x 320 pix.
= 320.208 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.00065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.05 / ムービー #1: 0.9
最小 - 最大-0.72330743 - 2.335317
平均 (標準偏差)0.004384784 (±0.111316994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 320.2083 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.000651.000651.00065
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z320.208320.208320.208
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.7232.3350.004

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM sharpened-map of Q23.17 DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent...

ファイルemd_23424_additional_1.map
注釈Cryo-EM sharpened-map of Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM half map B Q23.17 DS-SOSIP in complex with...

ファイルemd_23424_half_map_1.map
注釈Cryo-EM half map B Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM half map A Q23.17 DS-SOSIP in complex with...

ファイルemd_23424_half_map_2.map
注釈Cryo-EM half map A Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric HIV-1 Env in complex with VRC33.01 Fab

全体名称: Trimeric HIV-1 Env in complex with VRC33.01 Fab
要素
  • 複合体: Trimeric HIV-1 Env in complex with VRC33.01 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: 179NC75 Fab Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 179NC75 Fab Light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Trimeric HIV-1 Env in complex with VRC33.01 Fab

超分子名称: Trimeric HIV-1 Env in complex with VRC33.01 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.62793 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWRDADT TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLDNVT EKFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL HCTNVTSVNT TGDREGLKNC SFNMTTELRD KRQKVYSLFY RLDIVPINEN QGSEYRLINC N TSACTQAC ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWRDADT TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLDNVT EKFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL HCTNVTSVNT TGDREGLKNC SFNMTTELRD KRQKVYSLFY RLDIVPINEN QGSEYRLINC N TSACTQAC PKVSFEPIPI HYCAPAGFAI LKCKDEGFNG TGLCKNVSTV QCTHGIKPVV STQLLLNGSL AEKNITIRSE NI TNNAKII IVQLVQPVTI KCIRPNNNTR KSIRIGPGQA FYATGDIIGD IRQAHCNVSR SRWNKTLQEV AEKLRTYFGN KTI IFANSS GGDLEITTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNSTW YVNSTWNDTD STQESNDTIT LPCRIKQIIN MWQRAGQCMY APPI PGVIK CESNITGLLL TRDGGKDNNV NETFRPGGGD MRDNWRSELY KYKVVKIEPL GVAPTRCKRR VVERRRRRR

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.211594 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASNTLTVQA RQLLSGIVQQ QNNLPRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLEVQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNKSLD EIWNNMTWLQ WDKEINNYTQ LIYRLIEESQ FQQEINEVEL LALD

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分子 #3: 179NC75 Fab Heavy chain

分子名称: 179NC75 Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.897457 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EMRLEESGGA LVKPGGSLRL SCVASGFKLS EWSLMWVRQA PGKGLQWVSS ISLNQDYISY AGSVRGRFDV FRDRTQTSLL LNMNKLKTE DTGVYFCARV HAWRYFDWVN RRSPVEKVLS IDLWGRGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG C LVKDYFPE ...文字列:
EMRLEESGGA LVKPGGSLRL SCVASGFKLS EWSLMWVRQA PGKGLQWVSS ISLNQDYISY AGSVRGRFDV FRDRTQTSLL LNMNKLKTE DTGVYFCARV HAWRYFDWVN RRSPVEKVLS IDLWGRGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG C LVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK

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分子 #4: 179NC75 Fab Light chain

分子名称: 179NC75 Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.042402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SVTSGATQPP SVSVSKGETA RITCSGVELS SQYVSWYRQR PGQSPVLVMF HNNSRASRIP ERFSASDSGD TATLTIAGAQ DVDEAEYYC QTWDSKNYVT FGGGTKLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS ...文字列:
SVTSGATQPP SVSVSKGETA RITCSGVELS SQYVSWYRQR PGQSPVLVMF HNNSRASRIP ERFSASDSGD TATLTIAGAQ DVDEAEYYC QTWDSKNYVT FGGGTKLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot for 2.5 S before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 93.15 K / 最高: 93.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vkn

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 489824
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6vkn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7llk:
Cryo-EM structure of Q23.17_DS-SOSIP in complex with Glycan276-Dependent Broadly Neutralizing Antibody 179NC75 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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