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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Map of WT cScap/Fab complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Map of WT Scap-4G10 complex complex. Low pass filtered by low resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cholesterol metabolic process / response to insulin ...Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular lipid metabolic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cholesterol metabolic process / response to insulin / ER to Golgi transport vesicle membrane / membrane => GO:0016020 / response to hypoxia / immune response / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kober DL / Radhakrishnan A / Goldstein JL / Brown MS / Clark LD / Bai X-C / Rosenbaum DM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, フランス, 11件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Scap structures highlight key role for rotation of intertwined luminal loops in cholesterol sensing. 著者: Daniel L Kober / Arun Radhakrishnan / Joseph L Goldstein / Michael S Brown / Lindsay D Clark / Xiao-Chen Bai / Daniel M Rosenbaum / 要旨: The cholesterol-sensing protein Scap induces cholesterol synthesis by transporting membrane-bound transcription factors called sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) from the endoplasmic ...The cholesterol-sensing protein Scap induces cholesterol synthesis by transporting membrane-bound transcription factors called sterol regulatory element-binding proteins (SREBPs) from the endoplasmic reticulum (ER) to the Golgi apparatus for proteolytic activation. Transport requires interaction between Scap's two ER luminal loops (L1 and L7), which flank an intramembrane sterol-sensing domain (SSD). Cholesterol inhibits Scap transport by binding to L1, which triggers Scap's binding to Insig, an ER retention protein. Here we used cryoelectron microscopy (cryo-EM) to elucidate two structures of full-length chicken Scap: (1) a wild-type free of Insigs and (2) mutant Scap bound to chicken Insig without cholesterol. Strikingly, L1 and L7 intertwine tightly to form a globular domain that acts as a luminal platform connecting the SSD to the rest of Scap. In the presence of Insig, this platform undergoes a large rotation accompanied by rearrangement of Scap's transmembrane helices. We postulate that this conformational change halts Scap transport of SREBPs and inhibits cholesterol synthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23406.map.gz | 46.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23406-v30.xml emd-23406.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_23406_fsc.xml | 9.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_23406.png | 17.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23406 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23406_validation.pdf.gz | 322.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23406_full_validation.pdf.gz | 322.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23406_validation.xml.gz | 11.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23406_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23406 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 75.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of WT Scap-4G10 complex complex. Low pass filtered by low resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of Scap with Fab fragment
全体 | 名称: Ternary complex of Scap with Fab fragment |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of Scap with Fab fragment
超分子 | 名称: Ternary complex of Scap with Fab fragment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody |
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分子量 | 理論値: 50 KDa |
-超分子 #2: Scap
超分子 | 名称: Scap / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: 4G10 Fab
超分子 | 名称: 4G10 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
分子 | 名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTLTEKLRER ISRAFYNHGL LCASYPIPII LFTGLCILAC CYPLLKLPLP GTGPVEFSTP VKDYFPPSPD VVSQQGDLSE RPDWYVGAPV AYIQQIFVKA TVSPWQKNFL AVDVFRSPLS RVFQLVEEIR NHALRDSSGV KSLEEVCLQV TDLLPGLKKL RNLLPEHGCL ...文字列: MTLTEKLRER ISRAFYNHGL LCASYPIPII LFTGLCILAC CYPLLKLPLP GTGPVEFSTP VKDYFPPSPD VVSQQGDLSE RPDWYVGAPV AYIQQIFVKA TVSPWQKNFL AVDVFRSPLS RVFQLVEEIR NHALRDSSGV KSLEEVCLQV TDLLPGLKKL RNLLPEHGCL LLSPGNFWQN DRERFNADPD IIKTIHQHEP KALQTSATLK DLLFGLPGKY SGVNLYNRKR VVSYTVTLGL QRYDSRFLSS LRSRLKLLHP SPNCTLREDS IVHVHFKEEI GIAELIPLVT TYIILFAYIY FSTRKIDMVK SKWGLALAAV VTVLSSLLMS VGLCTLFGLT PTLNGGSVPV SFREIFPYLV VVIGLENVLV LTKSVVSTPV DLEVKLRIAQ GLSNESWSIM KNMATELGII LIGYFTLVPA IQEFCLFAVV GLVSDFFLQM LFFTTVLSID IRRMELADLN KRLPAEACLP PAKPASRSQR YERQPAVRPA TPHTITLQPS SFRNLRLPKR LRVIYFFART RLAQRLIMAG TVIWIGILVY TDPAGLRTYL TSQVTEQSPL GEAGLPPMPV PGGVLPAGDP KIDLSVFPSD PIQLSENQTQ QREQQAGLEP LGRLETNQHS WAQGPEGRGN GQTELGTEAE VTWGAEDEEI WRKLSFRHWP SLFSYYNITL AKRYISILPA IPVTLYLNPQ EALEVRHPQE ANRYHPFLSS SGGKLNAEAQ PDQTSSRLQG HRDVTLYKVA ALGLASGILL VLLLFCLYRL LCPKNYGQNG LSHSRRRRGD LPCDDYGYSP PETEIVPLVL RGHLMDIECL ASDGMLLVSC CLVGQIRVWD AQTGDCLTVI PKPRLRRDSS GIFDYQESWD HSPDGKTGLD DSFESSHQLK RMLSPPQPPL FCDQPDLTSL IDTNFSEQVK VAESEPRLRA VGGRQKEAGY DFSSLVGKVY EEHSTSNCMN FGGLSAPHGQ AGFCVGGSTA RSLGCGSEEG GCGGRRRSLG DESLSGFDKS SPLPSWGGDF ESSVWSLDLQ GNLIVAGRSN GKLEVWDAIE GTLRSSNDES QSGITALVFL NNRIVAARLN GSLDFFSLET HTSLNHLQFR GAPSRSSIPS SPLFSSSDVI VCQLTHTVSC AHQKPITALK AAAGRLVTGS QDHTLRVFRL EDSCCLFTLQ GHSGAITAVY IDQTMVLASG GQDGAICLWD VLTGSKVSHM YAHRGDVTSL TCTTSCVISS GLDDVISIWD RSSGIKLYSI QQEMGCGSSL GVISDNLLVT GGQGCVSFWD IGYGDLLQTV YLGKSNESQP ARQILVLENA AIVCNFGSEL SLVYVPSVLE KLDDYKDDDD KGSDYKDDDD KGSDYKDDDD K |
-分子 #2: 4G10 Fab heavy chain
分子 | 名称: 4G10 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mouse (ネズミ) |
配列 | 文字列: TGVHSEVQLQ QSGAELVRPG ASVKLSCTAS GFKIKDDYIH WVKQRPEQGL EWIGRIDPAN GHTRYAPKFQ DKATITADTS SNTAYLQLSS LTSEDTAVYY CTRYNDYDAF YFDYWGQGTT LTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA ...文字列: TGVHSEVQLQ QSGAELVRPG ASVKLSCTAS GFKIKDDYIH WVKQRPEQGL EWIGRIDPAN GHTRYAPKFQ DKATITADTS SNTAYLQLSS LTSEDTAVYY CTRYNDYDAF YFDYWGQGTT LTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSCDK T |
-分子 #3: 4G10 Fab light chain
分子 | 名称: 4G10 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mouse (ネズミ) |
配列 | 文字列: DIQMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIR NYLNWYQQKP DGTVKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQQ TNTLPWTFGG GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD ...文字列: DIQMTQTTSS LSASLGDRVT ISCRASQDIR NYLNWYQQKP DGTVKLLIYY TSRLHSGVPS RFSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDIATYFCQQ TNTLPWTFGG GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |