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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23292 | |||||||||
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タイトル | The composite LBD-TMD structure combined from all hippocampal AMPAR subtypes at 3.25 Angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of receptor localization to synapse / negative regulation of anterograde synaptic vesicle transport / Cargo concentration in the ER / LGI-ADAM interactions / COPII-mediated vesicle transport / Trafficking of AMPA receptors / localization within membrane / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome ...Phase 2 - plateau phase / Phase 0 - rapid depolarisation / negative regulation of receptor localization to synapse / negative regulation of anterograde synaptic vesicle transport / Cargo concentration in the ER / LGI-ADAM interactions / COPII-mediated vesicle transport / Trafficking of AMPA receptors / localization within membrane / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / L-type voltage-gated calcium channel complex / regulation of AMPA receptor activity / neurotransmitter receptor internalization / channel regulator activity / protein phosphatase 2B binding / postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / transmission of nerve impulse / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / AMPA glutamate receptor complex / calcium channel regulator activity / voltage-gated calcium channel activity / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / glutamate-gated receptor activity / dendrite membrane / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / synaptic transmission, glutamatergic / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / ionotropic glutamate receptor binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / postsynaptic membrane / dendritic spine / membrane => GO:0016020 / postsynaptic density / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu J / Rao P / Gouaux E | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2021 タイトル: Hippocampal AMPA receptor assemblies and mechanism of allosteric inhibition. 著者: Jie Yu / Prashant Rao / Sarah Clark / Jaba Mitra / Taekjip Ha / Eric Gouaux / 要旨: AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are ...AMPA-selective glutamate receptors mediate the transduction of signals between the neuronal circuits of the hippocampus. The trafficking, localization, kinetics and pharmacology of AMPA receptors are tuned by an ensemble of auxiliary protein subunits, which are integral membrane proteins that associate with the receptor to yield bona fide receptor signalling complexes. Thus far, extensive studies of recombinant AMPA receptor-auxiliary subunit complexes using engineered protein constructs have not been able to faithfully elucidate the molecular architecture of hippocampal AMPA receptor complexes. Here we obtain mouse hippocampal, calcium-impermeable AMPA receptor complexes using immunoaffinity purification and use single-molecule fluorescence and cryo-electron microscopy experiments to elucidate three major AMPA receptor-auxiliary subunit complexes. The GluA1-GluA2, GluA1-GluA2-GluA3 and GluA2-GluA3 receptors are the predominant assemblies, with the auxiliary subunits TARP-γ8 and CNIH2-SynDIG4 non-stochastically positioned at the B'/D' and A'/C' positions, respectively. We further demonstrate how the receptor-TARP-γ8 stoichiometry explains the mechanism of and submaximal inhibition by a clinically relevant, brain-region-specific allosteric inhibitor. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_23292.map.gz | 230.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-23292-v30.xml emd-23292.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_23292.png | 132.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-23292 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_23292_validation.pdf.gz | 459.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_23292_full_validation.pdf.gz | 459.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_23292_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_23292_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23292 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-23292 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_23292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1035 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes
+超分子 #1: Composite LBD-TMD complex from the combined hippocampal AMPAR subtypes
+分子 #1: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluA4)
+分子 #2: Glutamate receptor 2
+分子 #3: Mix of AMPAR subunits (GluA1, GluA3, and GluAX)
+分子 #4: Protein cornichon homolog 2
+分子 #5: Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit
+分子 #6: {[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquino...
+分子 #7: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
+分子 #8: TETRADECANE
+分子 #9: DECANE
+分子 #10: 6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol
+分子 #11: N-OCTANE
+分子 #12: DODECANE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |