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万見
- EMDB-22969: Negative stain electron microscopy reconstruction of 2P SARS-CoV-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22969
タイトルNegative stain electron microscopy reconstruction of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in complex with Fabs DH1045 and DH1050.1
マップデータFinal sharpened map of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in complex with Fabs DH1045 and DH1050.1
試料
  • 複合体: Complex of RBD-directed Fab DH1041 with hexapro SARS-CoV-2 spike ectodomain
    • 複合体: hexapro SARS-CoV-2 spike ectodomain
    • 複合体: RBD-directed Fab DH1041
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.5 Å
データ登録者Edwards RJ / Mansouri K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI145687 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021
タイトル: The functions of SARS-CoV-2 neutralizing and infection-enhancing antibodies in vitro and in mice and nonhuman primates.
著者: Dapeng Li / Robert J Edwards / Kartik Manne / David R Martinez / Alexandra Schäfer / S Munir Alam / Kevin Wiehe / Xiaozhi Lu / Robert Parks / Laura L Sutherland / Thomas H Oguin / Charlene ...著者: Dapeng Li / Robert J Edwards / Kartik Manne / David R Martinez / Alexandra Schäfer / S Munir Alam / Kevin Wiehe / Xiaozhi Lu / Robert Parks / Laura L Sutherland / Thomas H Oguin / Charlene McDanal / Lautaro G Perez / Katayoun Mansouri / Sophie M C Gobeil / Katarzyna Janowska / Victoria Stalls / Megan Kopp / Fangping Cai / Esther Lee / Andrew Foulger / Giovanna E Hernandez / Aja Sanzone / Kedamawit Tilahun / Chuancang Jiang / Longping V Tse / Kevin W Bock / Mahnaz Minai / Bianca M Nagata / Kenneth Cronin / Victoria Gee-Lai / Margaret Deyton / Maggie Barr / Tarra Von Holle / Andrew N Macintyre / Erica Stover / Jared Feldman / Blake M Hauser / Timothy M Caradonna / Trevor D Scobey / Wes Rountree / Yunfei Wang / M Anthony Moody / Derek W Cain / C Todd DeMarco / ThomasN Denny / Christopher W Woods / Elizabeth W Petzold / Aaron G Schmidt / I-Ting Teng / Tongqing Zhou / Peter D Kwong / John R Mascola / Barney S Graham / Ian N Moore / Robert Seder / Hanne Andersen / Mark G Lewis / David C Montefiori / Gregory D Sempowski / Ralph S Baric / Priyamvada Acharya / Barton F Haynes / Kevin O Saunders
要旨: SARS-CoV-2 neutralizing antibodies (NAbs) protect against COVID-19. A concern regarding SARS-CoV-2 antibodies is whether they mediate disease enhancement. Here, we isolated NAbs against the receptor- ...SARS-CoV-2 neutralizing antibodies (NAbs) protect against COVID-19. A concern regarding SARS-CoV-2 antibodies is whether they mediate disease enhancement. Here, we isolated NAbs against the receptor-binding domain (RBD) and the N-terminal domain (NTD) of SARS-CoV-2 spike from individuals with acute or convalescent SARS-CoV-2 or a history of SARS-CoV-1 infection. Cryo-electron microscopy of RBD and NTD antibodies demonstrated function-specific modes of binding. Select RBD NAbs also demonstrated Fc receptor-γ (FcγR)-mediated enhancement of virus infection , while five non-neutralizing NTD antibodies mediated FcγR-independent infection enhancement. However, both types of infection-enhancing antibodies protected from SARS-CoV-2 replication in monkeys and mice. Nonetheless, three of 31 monkeys infused with enhancing antibodies had higher lung inflammation scores compared to controls. One monkey had alveolar edema and elevated bronchoalveolar lavage inflammatory cytokines. Thus, while antibody-enhanced infection does not necessarily herald enhanced infection , increased lung inflammation can occur in SARS-CoV-2 antibody-infused macaques.
履歴
登録2020年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月18日-
マップ公開2020年11月18日-
更新2021年9月1日-
現状2021年9月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22969.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final sharpened map of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in complex with Fabs DH1045 and DH1050.1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å		4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å		4.02 Å/pix.
x 96 pix.
= 385.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.08802944 - 0.16447227
平均 (標準偏差)0.0008813593 (±0.013047456)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ969696
Spacing969696
セルA=B=C: 385.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.024.024.02
M x/y/z969696
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.920385.920385.920
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS969696
D min/max/mean-0.0880.1640.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22969_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in...

ファイルemd_22969_additional_1.map
注釈Unsharpened map of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in complex with Fabs DH1045 and DH1050.1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in...

ファイルemd_22969_half_map_1.map
注釈Half-map 1 of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in complex with Fabs DH1045 and DH1050.1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in...

ファイルemd_22969_half_map_2.map
注釈Half-map 2 of 2P SARS-CoV-2 spike ectodomain in complex with Fabs DH1045 and DH1050.1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RBD-directed Fab DH1041 with hexapro SARS-CoV-2 spike ...

全体名称: Complex of RBD-directed Fab DH1041 with hexapro SARS-CoV-2 spike ectodomain
要素
  • 複合体: Complex of RBD-directed Fab DH1041 with hexapro SARS-CoV-2 spike ectodomain
    • 複合体: hexapro SARS-CoV-2 spike ectodomain
    • 複合体: RBD-directed Fab DH1041

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超分子 #1: Complex of RBD-directed Fab DH1041 with hexapro SARS-CoV-2 spike ...

超分子名称: Complex of RBD-directed Fab DH1041 with hexapro SARS-CoV-2 spike ectodomain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 481.8 KDa

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超分子 #2: hexapro SARS-CoV-2 spike ectodomain

超分子名称: hexapro SARS-CoV-2 spike ectodomain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293F / 組換プラスミド: p-alpha-H

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超分子 #3: RBD-directed Fab DH1041

超分子名称: RBD-directed Fab DH1041 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES buffer
5.0 g/dLglycerol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
詳細: Samples were diluted to 0.1 mg/mL in 20 mM HEPES buffer, pH 7.4, with 5% glycerol, 150 mM NaCl, and 7.5 mM glutaraldehyde. After 5 minute incubation at room temperature, sufficient 1 M Tris ...詳細: Samples were diluted to 0.1 mg/mL in 20 mM HEPES buffer, pH 7.4, with 5% glycerol, 150 mM NaCl, and 7.5 mM glutaraldehyde. After 5 minute incubation at room temperature, sufficient 1 M Tris stock, pH 7.4, was added to a final concentration of 75 mM Tris to quench unreacted glutaraldehyde, and was then incubated 5 minutes. Sample was then applied to a carbon film over 400 mesh copper EM grids that had been glow-discharged, incubated 1 minute, and then stained with 2% uranyl formate.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS EM420
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 33.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 498 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 82000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

粒子像選択選択した数: 360472
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1.8)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vsb


詳細: Map of PDB 6VSB was generated within Chimera using the molmap function at 15 Angstrom resolution and 4.02 Angstrom grid spacing. This map was low-pass filtered to 60 Angstrom before initiating refinements.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 25305
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 14543 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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