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万見
- EMDB-22940: H5 hemagglutinin ectodomain bound to 3 polyclonal Fab fragments e... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22940
タイトルH5 hemagglutinin ectodomain bound to 3 polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen
マップデータ
試料
  • 複合体: H5 hemagglutinin ectodomain bound to 3 polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen
    • 複合体: H5 hemagglutinin ectodomain
    • 複合体: Polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Park YJ / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120553 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Quadrivalent influenza nanoparticle vaccines induce broad protection.
著者: Seyhan Boyoglu-Barnum / Daniel Ellis / Rebecca A Gillespie / Geoffrey B Hutchinson / Young-Jun Park / Syed M Moin / Oliver J Acton / Rashmi Ravichandran / Mike Murphy / Deleah Pettie / Nick ...著者: Seyhan Boyoglu-Barnum / Daniel Ellis / Rebecca A Gillespie / Geoffrey B Hutchinson / Young-Jun Park / Syed M Moin / Oliver J Acton / Rashmi Ravichandran / Mike Murphy / Deleah Pettie / Nick Matheson / Lauren Carter / Adrian Creanga / Michael J Watson / Sally Kephart / Sila Ataca / John R Vaile / George Ueda / Michelle C Crank / Lance Stewart / Kelly K Lee / Miklos Guttman / David Baker / John R Mascola / David Veesler / Barney S Graham / Neil P King / Masaru Kanekiyo /
要旨: Influenza vaccines that confer broad and durable protection against diverse viral strains would have a major effect on global health, as they would lessen the need for annual vaccine reformulation ...Influenza vaccines that confer broad and durable protection against diverse viral strains would have a major effect on global health, as they would lessen the need for annual vaccine reformulation and immunization. Here we show that computationally designed, two-component nanoparticle immunogens induce potently neutralizing and broadly protective antibody responses against a wide variety of influenza viruses. The nanoparticle immunogens contain 20 haemagglutinin glycoprotein trimers in an ordered array, and their assembly in vitro enables the precisely controlled co-display of multiple distinct haemagglutinin proteins in defined ratios. Nanoparticle immunogens that co-display the four haemagglutinins of licensed quadrivalent influenza vaccines elicited antibody responses in several animal models against vaccine-matched strains that were equivalent to or better than commercial quadrivalent influenza vaccines, and simultaneously induced broadly protective antibody responses to heterologous viruses by targeting the subdominant yet conserved haemagglutinin stem. The combination of potent receptor-blocking and cross-reactive stem-directed antibodies induced by the nanoparticle immunogens makes them attractive candidates for a supraseasonal influenza vaccine candidate with the potential to replace conventional seasonal vaccines.
履歴
登録2020年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年4月7日-
マップ公開2021年4月7日-
更新2021年5月5日-
現状2021年5月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22940.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å		1.05 Å/pix.
x 400 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-0.73812926 - 1.8559142
平均 (標準偏差)0.0010065075 (±0.040130932)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.7381.8560.001

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_22940_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_22940_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_22940_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : H5 hemagglutinin ectodomain bound to 3 polyclonal Fab fragments e...

全体名称: H5 hemagglutinin ectodomain bound to 3 polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen
要素
  • 複合体: H5 hemagglutinin ectodomain bound to 3 polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen
    • 複合体: H5 hemagglutinin ectodomain
    • 複合体: Polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen

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超分子 #1: H5 hemagglutinin ectodomain bound to 3 polyclonal Fab fragments e...

超分子名称: H5 hemagglutinin ectodomain bound to 3 polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: H5 hemagglutinin ectodomain

超分子名称: H5 hemagglutinin ectodomain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen

超分子名称: Polyclonal Fab fragments elicited by the qsMosaic-I53_dn5 immunogen
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryoSPARC ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 36783
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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