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- EMDB-22879: CryoEM structure of LILRB1 D3D4 domain-inserted antibody MDB1 Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22879
タイトルCryoEM structure of LILRB1 D3D4 domain-inserted antibody MDB1 Fab in complex with Plasmodium RIFIN (PF3D7_1373400) V2 domain
マップデータPrimary sharpened map
試料
  • 複合体: MDB1 Fab
    • 複合体: MDB1 Fab in complex with RIFIN
      • タンパク質・ペプチド: MDB1 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: MDB1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Rifin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性Variant surface antigen Rifin / Rifin / Rifin
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Xu K / Kwong PD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other privateSimons Foundation SF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129539 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of malaria RIFIN binding by LILRB1-containing antibodies.
著者: Yiwei Chen / Kai Xu / Luca Piccoli / Mathilde Foglierini / Joshua Tan / Wenjie Jin / Jason Gorman / Yaroslav Tsybovsky / Baoshan Zhang / Boubacar Traore / Chiara Silacci-Fregni / Claudia ...著者: Yiwei Chen / Kai Xu / Luca Piccoli / Mathilde Foglierini / Joshua Tan / Wenjie Jin / Jason Gorman / Yaroslav Tsybovsky / Baoshan Zhang / Boubacar Traore / Chiara Silacci-Fregni / Claudia Daubenberger / Peter D Crompton / Roger Geiger / Federica Sallusto / Peter D Kwong / Antonio Lanzavecchia /
要旨: Some Plasmodium falciparum repetitive interspersed families of polypeptides (RIFINs)-variant surface antigens that are expressed on infected erythrocytes-bind to the inhibitory receptor LAIR1, and ...Some Plasmodium falciparum repetitive interspersed families of polypeptides (RIFINs)-variant surface antigens that are expressed on infected erythrocytes-bind to the inhibitory receptor LAIR1, and insertion of DNA that encodes LAIR1 into immunoglobulin genes generates RIFIN-specific antibodies. Here we address the general relevance of this finding by searching for antibodies that incorporate LILRB1, another inhibitory receptor that binds to β2 microglobulin and RIFINs through their apical domains. By screening plasma from a cohort of donors from Mali, we identified individuals with LILRB1-containing antibodies. B cell clones isolated from three donors showed large DNA insertions in the switch region that encodes non-apical LILRB1 extracellular domain 3 and 4 (D3D4) or D3 alone in the variable-constant (VH-CH1) elbow. Through mass spectrometry and binding assays, we identified a large set of RIFINs that bind to LILRB1 D3. Crystal and cryo-electron microscopy structures of a RIFIN in complex with either LILRB1 D3D4 or a D3D4-containing antibody Fab revealed a mode of RIFIN-LILRB1 D3 interaction that is similar to that of RIFIN-LAIR1. The Fab showed an unconventional triangular architecture with the inserted LILRB1 domains opening up the VH-CH1 elbow without affecting VH-VL or CH1-CL pairing. Collectively, these findings show that RIFINs bind to LILRB1 through D3 and illustrate, with a naturally selected example, the general principle of creating novel antibodies by inserting receptor domains into the VH-CH1 elbow.
履歴
登録2020年10月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年5月5日-
現状2021年5月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7khf
  • 表面レベル: 0.65
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22879.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.65 / ムービー #1: 0.65
最小 - 最大-2.0738816 - 3.5863357
平均 (標準偏差)-0.0027429024 (±0.080726914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 346.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0831.0831.083
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z346.560346.560346.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-2.0743.586-0.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22879_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_22879_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_22879_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_22879_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MDB1 Fab

全体名称: MDB1 Fab
要素
  • 複合体: MDB1 Fab
    • 複合体: MDB1 Fab in complex with RIFIN
      • タンパク質・ペプチド: MDB1 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: MDB1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: Rifin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: MDB1 Fab

超分子名称: MDB1 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: MDB1 Fab in complex with RIFIN

超分子名称: MDB1 Fab in complex with RIFIN / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: MDB1 Fab heavy chain

分子名称: MDB1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.384973 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QITLKESGPT LVERTQTLTL TCTFSGFSLT TDGLGVGWIR QPPGKALEWL ALIYYDDVRR YRPSLKSRLT ITKDTSKNRV VLTVTDMDP VDAGTYFCVH ASLFNLGSRN VYFRYWGQGT LVSVSSGVSK KPSLSVQPGP IVAPEETLTL QCGSDAGYNR F VLYKDGER ...文字列:
QITLKESGPT LVERTQTLTL TCTFSGFSLT TDGLGVGWIR QPPGKALEWL ALIYYDDVRR YRPSLKSRLT ITKDTSKNRV VLTVTDMDP VDAGTYFCVH ASLFNLGSRN VYFRYWGQGT LVSVSSGVSK KPSLSVQPGP IVAPEETLTL QCGSDAGYNR F VLYKDGER DFLQLAGAQP QAGLSQANFT LGPVSRSYGG QYRCYGAHNL SSEWSAPSDP LDILIAGQFY DRVSLSVQPG PT VASGENV TLLCQSQGWM QTFLLTKEGA ADDPWRLRST YQSQKYQAEF PMGPVTSAHA GTYRCYGSQS SKPYLLTHPS DPL ELVVSA STKGPSVFPL APCSRSTSES TAALGCLVKD YFPEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSS LGTKT YTCNVDHKPS NTKVDKRVES KY

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分子 #2: MDB1 Fab light chain

分子名称: MDB1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.870232 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYDLTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDSLARQ FASWYQQKPG QSPVLLIYKN IERLSAIPER FSGSTSGTSV TLTISGVQAE DEADYFCQS ADDSGSYSLF GTGTRVSVLG QPKANPTVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADGSPVKA G VETTKPSK ...文字列:
SYDLTQPPSV SVSPGQTARI TCSGDSLARQ FASWYQQKPG QSPVLLIYKN IERLSAIPER FSGSTSGTSV TLTISGVQAE DEADYFCQS ADDSGSYSLF GTGTRVSVLG QPKANPTVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADGSPVKA G VETTKPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS

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分子 #3: Rifin

分子名称: Rifin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7
分子量理論値: 15.420644 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
KELAEKAGAL AGEAARIPAA IDAVIEGIKS KFSIDTLGGE ALKSVIDGTN YYDASYITTA IYNKFQVSSC LPSVPFLGGP PVPGAGANK PICSAVDKLY LGSGNFLDKS SLPGSIQKDV AKIVAGAEQA AKAKAAMVAS DKTLAVETAK KQ

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6473 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 70.72 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6010700
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 390908
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4lla


Chain - Chain ID: A
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7khf:
CryoEM structure of LILRB1 D3D4 domain-inserted antibody MDB1 Fab in complex with Plasmodium RIFIN (PF3D7_1373400) V2 domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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