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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22851 | |||||||||
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タイトル | Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-329 and EBOV-515 | |||||||||
![]() | Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-329 and EBOV-515 | |||||||||
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機能・相同性 | Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / membrane => GO:0016020 / viral envelope / extracellular region / membrane / Spike glycoprotein / Envelope glycoprotein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å | |||||||||
![]() | Murin CD / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Convergence of a common solution for broad ebolavirus neutralization by glycan cap-directed human antibodies. 著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / ...著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / Jeffrey Copps / Tanwee Alkutkar / Andrew I Flyak / Alexander Bukreyev / James E Crowe / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of ...Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of their epitopes and basis for neutralization are not well understood. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of diverse glycan cap antibodies that variably synergize with GP base-binding antibodies. These structures describe a conserved site of vulnerability that anchors the mucin-like domains (MLDs) to the glycan cap, which we call the MLD anchor and cradle. Antibodies that bind to the MLD cradle share common features, including use of IGHV1-69 and IGHJ6 germline genes, which exploit hydrophobic residues and form β-hairpin structures to mimic the MLD anchor, disrupt MLD attachment, destabilize GP quaternary structure, and block cleavage events required for receptor binding. Our results provide a molecular basis for ebolavirus neutralization by broadly reactive glycan cap antibodies. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 61.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 361.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 361.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-329 and EBOV-515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab EBOV-32...
全体 | 名称: Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab EBOV-329 and EBOV-515 |
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要素 |
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-超分子 #1: Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab EBOV-32...
超分子 | 名称: Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab EBOV-329 and EBOV-515 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Parts of complex expressed and purified recombinantly, complexed and purified by gel filtration |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Antibody Fab BDBV-329
超分子 | 名称: Antibody Fab BDBV-329 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Bundibugyo virus GP (mucin deleted)
超分子 | 名称: Bundibugyo virus GP (mucin deleted) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Antibody BDBV-329 heavy chain
分子 | 名称: Antibody BDBV-329 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.959318 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFD TYAISWVRQA PGQGLEWMGG IIPVLGIVDY AQKFQGRVTI TAAKFTNIAY MELSSLRSE DAAVYYCARG LRSLSPRGQE GPTPAPGWRR AQYHYYYMDV WGTGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFD TYAISWVRQA PGQGLEWMGG IIPVLGIVDY AQKFQGRVTI TAAKFTNIAY MELSSLRSE DAAVYYCARG LRSLSPRGQE GPTPAPGWRR AQYHYYYMDV WGTGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EP KSCD |
-分子 #2: Antibody BDBV-329 light chain
分子 | 名称: Antibody BDBV-329 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.357906 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EIVMTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGP DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPGTF GGGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVMTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGP DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSPGTF GGGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLRSPVTK SFNRGEC |
-分子 #3: Spike glycoprotein 1
分子 | 名称: Spike glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.579625 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MVTSGILQLP RERFRKTSFF VWVIILFHKV FPIPLGVVHN NTLQVSDIDK LVCRDKLSST SQLKSVGLNL EGNGVATDVP TATKRWGFR AGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLDIKKADGS ECLPEAPEGV RGFPRCRYVH KVSGTGPCPE GYAFHKEGAF F LYDRLAST ...文字列: MVTSGILQLP RERFRKTSFF VWVIILFHKV FPIPLGVVHN NTLQVSDIDK LVCRDKLSST SQLKSVGLNL EGNGVATDVP TATKRWGFR AGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLDIKKADGS ECLPEAPEGV RGFPRCRYVH KVSGTGPCPE GYAFHKEGAF F LYDRLAST IIYRSTTFSE GVVAFLILPE TKKDFFQSPP LHEPANMTTD PSSYYHTVTL NYVADNFGTN MTNFLFQVDH LT YVQLEPR FTPQFLVQLN ETIYTNGRRS NTTGTLIWKV NPTVDTGVGE WAFWENKKNF TKTLSSEELS VIFVPIDISE STE PGPLTN TTRGAANLLT GSRRTRR |
-分子 #4: Envelope glycoprotein 2
分子 | 名称: Envelope glycoprotein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 19.683902 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EITLRTQAKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYTEGIMHNQ NGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF IDKPLPDQTD VEVDDDDKAG WSHPQFEKGG G SGGGSGGG SWSHPQFEK |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |