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万見
- EMDB-22589: Cryo-EM structure of the nonameric EscV cytosolic domain from the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22589
タイトルCryo-EM structure of the nonameric EscV cytosolic domain from the type III secretion system
マップデータ
試料
  • 複合体: EscV Cytosolic Nonamer Ring
    • タンパク質・ペプチド: Translocator EscV
キーワードInjectisome / Nonamer / Export Apparatus / Secretion / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type III secretion protein HrcV / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) / Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Majewski DD / Lyons BJE
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) カナダ
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM analysis of the SctV cytosolic domain from the enteropathogenic E. coli T3SS injectisome.
著者: Dorothy D Majewski / Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Natalie C J Strynadka /
要旨: The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, ...The bacterial injectisome and flagella both rely on type III secretion systems for their assembly. The syringe-like injectisome creates a continuous channel between the bacterium and the host cell, through which signal-modulating effector proteins are secreted. The inner membrane pore protein SctV controls the hierarchy of substrate selection and may also be involved in energizing secretion. We present the 4.7 Å cryo-EM structure of the SctV cytosolic domain (SctV) from the enteropathogenic Escherichia coli injectisome. SctV forms a nonameric ring with primarily electrostatic interactions between its subunits. Molecular dynamics simulations show that monomeric SctV maintains a closed conformation, in contrast with previous studies on flagellar homologue FlhA. Comparison with substrate-bound homologues suggest that a conformational change would be required to accommodate binding partners.
履歴
登録2020年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月25日-
マップ公開2020年11月25日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k08
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7k08
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.64 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.64 Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.852 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.029099936 - 0.06602799
平均 (標準偏差)0.00031795565 (±0.0027968623)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8520.8520.852
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.640272.640272.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0290.0660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EscV Cytosolic Nonamer Ring

全体名称: EscV Cytosolic Nonamer Ring
要素
  • 複合体: EscV Cytosolic Nonamer Ring
    • タンパク質・ペプチド: Translocator EscV

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超分子 #1: EscV Cytosolic Nonamer Ring

超分子名称: EscV Cytosolic Nonamer Ring / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Translocator EscV

分子名称: Translocator EscV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC
分子量理論値: 39.081633 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSHMADLSNS QNISPGAEPL ILNLSSNIYS SDITQQIEVM RWNFFEESGI PLPKIIVNPV KNNDSAIEFL LYQESIYKDT LIDDTVYFE AGHAEISFEF VQEKLSTNSI VYKTNKTNQQ LAHLTGMDVY ATTNDKITFL LKKLVLSNAK EFIGVQETRY L MDIMERKY ...文字列:
GSHMADLSNS QNISPGAEPL ILNLSSNIYS SDITQQIEVM RWNFFEESGI PLPKIIVNPV KNNDSAIEFL LYQESIYKDT LIDDTVYFE AGHAEISFEF VQEKLSTNSI VYKTNKTNQQ LAHLTGMDVY ATTNDKITFL LKKLVLSNAK EFIGVQETRY L MDIMERKY NELVKELQRQ LGLSKIVDIL QRLVEENVSI RDLRTIFETL IFWSTKEKDV VILCEYVRIA LRRHILGRYS VS GTLLNVW LIGSDIENEL RESIRQTSSG SYLNISPERT EQIIGFLKNI MNPTGNGVIL TALDIRRYVK KMIEGSFPSV PVL SFQEVG NNIELKVLGT VNDFRA

UniProtKB: Translocator EscV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C9 (9回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 83566
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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