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- EMDB-22444: Chlamydomonas reinhardtii radial spoke minimal head complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22444
タイトルChlamydomonas reinhardtii radial spoke minimal head complex
マップデータ
試料
  • 複合体: radial spoke minimal head complex
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 10
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 10
キーワードCilia / Radial spoke / Mechano-regulation / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


radial spoke head / radial spoke / cilium movement involved in cell motility / axoneme assembly / motile cilium assembly / motile cilium / cilium assembly / axoneme / membrane
類似検索 - 分子機能
Radial spokehead-like protein / : / Radial spokehead-like protein / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar radial spoke protein 4 / Flagellar radial spoke protein 6 / Radial spoke protein 10 / Radial spoke head protein 9 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Grossman-Haham I / Coudray N
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM112982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118106 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the radial spoke head and insights into its role in mechanoregulation of ciliary beating.
著者: Iris Grossman-Haham / Nicolas Coudray / Zanlin Yu / Feng Wang / Nan Zhang / Gira Bhabha / Ronald D Vale /
要旨: Motile cilia power cell locomotion and drive extracellular fluid flow by propagating bending waves from their base to tip. The coordinated bending of cilia requires mechanoregulation by the radial ...Motile cilia power cell locomotion and drive extracellular fluid flow by propagating bending waves from their base to tip. The coordinated bending of cilia requires mechanoregulation by the radial spoke (RS) protein complexes and the microtubule central pair (CP). Despite their importance for ciliary motility across eukaryotes, the molecular function of the RSs is unknown. Here, we reconstituted the Chlamydomonas reinhardtii RS head that abuts the CP and determined its structure using single-particle cryo-EM to 3.1-Å resolution, revealing a flat, negatively charged surface supported by a rigid core of tightly intertwined proteins. Mutations in this core, corresponding to those involved in human ciliopathies, compromised the stability of the recombinant complex, providing a molecular basis for disease. Partially reversing the negative charge on the RS surface impaired motility in C. reinhardtii. We propose that the RS-head architecture is well-suited for mechanoregulation of ciliary beating through physical collisions with the CP.
履歴
登録2020年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jr9
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22444.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22444.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å		0.86 Å/pix.
x 320 pix.
= 273.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.04072325 - 0.08759396
平均 (標準偏差)-0.0000558329 (±0.0021981997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8550.8550.855
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.600273.600273.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1081340
NX/NY/NZ13584349
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0410.088-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : radial spoke minimal head complex

全体名称: radial spoke minimal head complex
要素
  • 複合体: radial spoke minimal head complex
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 9
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 6
    • タンパク質・ペプチド: Flagellar radial spoke protein 10
    • タンパク質・ペプチド: Radial spoke protein 10

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超分子 #1: radial spoke minimal head complex

超分子名称: radial spoke minimal head complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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分子 #1: Radial spoke protein 9

分子名称: Radial spoke protein 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.572348 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVQLEPNITL VLKHLASCGA VVSAEQQAAL DHSIPIKRIE AGLRSLTLWG RLTTLNGKDY LVAEGYNVAS SKEGAAVYET KYFYSQDGA RWSDLQPVDS ETATRCARIK GMLSGDPAKN YELEEKDPNA PEPSPEAEEE VKPLVFQIPE LAVLRCRVDA I ATATSVIP ...文字列:
MVQLEPNITL VLKHLASCGA VVSAEQQAAL DHSIPIKRIE AGLRSLTLWG RLTTLNGKDY LVAEGYNVAS SKEGAAVYET KYFYSQDGA RWSDLQPVDS ETATRCARIK GMLSGDPAKN YELEEKDPNA PEPSPEAEEE VKPLVFQIPE LAVLRCRVDA I ATATSVIP TDSTILNAAS QVVPNRLFAG AAYPEKLESY QHRFSLPGSG VTLSQDLRGT WAVQYDAFKG VAQVRSLLFP GY FFYYAAN ELTWGSLYVG DGLRNNDLIF ML

UniProtKB: Radial spoke head protein 9 homolog

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分子 #2: Flagellar radial spoke protein 4

分子名称: Flagellar radial spoke protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 52.159195 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH GGSAENLYFQ GMAAVDSVAQ ALAYLQVHSP QDGTSMYDHL VKLVSKVLED QPKNAVDLLE TSLLVKKSTF DPKESSPLV PIPVAPDATQ TQAAVSIFGD PELPINPATG EPVPADPPNE FEAENMLGAA AVLDCLGVGL GRELGVNIAL A AKRIGEDP ...文字列:
MGSSHHHHHH GGSAENLYFQ GMAAVDSVAQ ALAYLQVHSP QDGTSMYDHL VKLVSKVLED QPKNAVDLLE TSLLVKKSTF DPKESSPLV PIPVAPDATQ TQAAVSIFGD PELPINPATG EPVPADPPNE FEAENMLGAA AVLDCLGVGL GRELGVNIAL A AKRIGEDP KLAVRSVRFF GKFLGLYSDY FVFEVAFKKE AAKEAAPAAP APERVEGEAA SSSAPEVPVE EPGKGANKFT YL VCSSLGG PLTRLPDVTP AQVKASRRIK KLLTGRLTSH VSTYPAFPGN EANYLRALIA RISAATVVAP SDLFSLNDET GEL ERAEDW EPPAGREMAA PTAWVHVRPH LKSQGRCEVH KRELPEDADE DEFYNEDELE EGPDLLAALE EDAQLPGEQA AWTP IYSSA SEAVKTQAGG LRSLVWPGAV CGGRGSEWTC VYVGWGVKNA PFVPLPPPPV AQEFAWGEVE TQELELKPAP PPPEE EAEA DE

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 4

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分子 #3: Flagellar radial spoke protein 6

分子名称: Flagellar radial spoke protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 48.884551 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAADVGQALA FLQQVKTTQG ASIYEGLKAA LAKVLEDRPV NAVEALETSV LSTPPAANLS VPLVPAASAA AAAAAVAKAS LFGDPEPVL DPESGEPIDP DAPNEFECED VEGDGDLLDG LGVGLGRQEM YAAMLAVKRL GEDAKRGVST VRFFGKFFGT Q ADYYVFET ...文字列:
MAADVGQALA FLQQVKTTQG ASIYEGLKAA LAKVLEDRPV NAVEALETSV LSTPPAANLS VPLVPAASAA AAAAAVAKAS LFGDPEPVL DPESGEPIDP DAPNEFECED VEGDGDLLDG LGVGLGRQEM YAAMLAVKRL GEDAKRGVST VRFFGKFFGT Q ADYYVFET TLQSNPDMPE APEGTIPLEP YGEGVNAYIY FVSNTLGGPL QQLPYVTPEQ IKASRLLRRY LTGRLDAPVS AF PAFPGNE ANYLRALIAR ISAATVCCPR GFFTADDDSA ELSANDEWVP LKGREMALPV NWSHRYAHLK GQGRTVTHKR DPP DEEEEP EKNFWTAEEM EAGPPPLATL DTDAPLPAAT GDKVPPPAWS PVFASASVTT RNQVAGVRSN RWPGAVCACA GRHF TSMYV GWGIKAGGEW SPCPPPPPVP QWGAPAAGVE GGQQLLLECN DLPPKPAPPE EEDE

UniProtKB: Flagellar radial spoke protein 6

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分子 #4: Flagellar radial spoke protein 6

分子名称: Flagellar radial spoke protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 698.854 Da
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #5: Flagellar radial spoke protein 10

分子名称: Flagellar radial spoke protein 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 528.644 Da
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #6: Radial spoke protein 10

分子名称: Radial spoke protein 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 23.553943 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MADDELPPQP VWEGPLDEDG KPHGLGKMEY PPPPMGEDDE EEKPGDKFEG TMEHGVRTGK GTYTWGVSGA VYTGDYVNGK KHGKGKMVY PDKGVYEGDW VEDVMQGQGT YTYPNGDIYQ GAFWAGKRHG KGMYHYKGPC CQLVGDWADG GFTYGRWVYA D GSMFMGKF ...文字列:
MADDELPPQP VWEGPLDEDG KPHGLGKMEY PPPPMGEDDE EEKPGDKFEG TMEHGVRTGK GTYTWGVSGA VYTGDYVNGK KHGKGKMVY PDKGVYEGDW VEDVMQGQGT YTYPNGDIYQ GAFWAGKRHG KGMYHYKGPC CQLVGDWADG GFTYGRWVYA D GSMFMGKF GGAAADSKPT AGSYFYSSSS LVQEGHFAKD GSWVGHRDPA VGKEFSVA

UniProtKB: Radial spoke protein 10

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 30 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2886 / 平均電子線量: 73.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1775590
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 251088
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 150000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.9)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7jr9:
Chlamydomonas reinhardtii radial spoke minimal head complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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