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- PDB-2f8t: Crystal structure of Aa-Ago with externally-bound siRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2f8t
タイトルCrystal structure of Aa-Ago with externally-bound siRNA
要素
  • 26-MER
  • Argonaute protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Argonaute / siRNA / RISC loading complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PAZ domain fold / PAZ domain superfamily / Aquifex aeolicus argonaute, PAZ domain / PAZ domain / Ago, N-terminal domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily ...PAZ domain fold / PAZ domain superfamily / Aquifex aeolicus argonaute, PAZ domain / PAZ domain / Ago, N-terminal domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ domain profile. / PAZ domain / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yuan, Y.R. / Chen, H.Y. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: A Potential Protein-RNA Recognition Event along the RISC-Loading Pathway from the Structure of A. aeolicus Argonaute with Externally Bound siRNA.
著者: Yuan, Y.R. / Pei, Y. / Chen, H.Y. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2005年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 26-MER
D: 26-MER
A: Argonaute protein
B: Argonaute protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,0934
ポリマ－183,0934
非ポリマー00
水91951
1
C: 26-MER
D: 26-MER
A: Argonaute protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,8283
ポリマ－99,8283
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Argonaute protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2641
ポリマ－83,2641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.200, 118.077, 98.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 26-MER


分子量: 8281.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Argonaute protein


分子量: 83264.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: O67434
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEF3350, 25mM NH4F, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEF335011
2NH4F11
3H2O11
4PEF335012
5NH4F12
6H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年6月12日
放射モノクロメーター: 206 frames, 1 oscillation / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 37080 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085
反射 シェル解像度: 3.11→3.23 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Num. unique all: 3686 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Aa-Ago, pdb entry 1YVU

1yvu


解像度: 3.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.838 / SU B: 58.821 / SU ML: 0.478 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.596 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29688 1672 5 %RANDOM
Rwork0.20397 ---
all0.25 31675 --
obs0.20868 31675 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.099 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å2-1.68 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11728 1062 0 51 12841
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02213141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7222.09217899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.90751406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.36923.623552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.007152425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9051590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.22024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.25970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.28476
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2760.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7251.57201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.327211422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.45637012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4454.56477
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 133 -
Rwork0.269 2342 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -21.8896 Å / Origin y: -17.8242 Å / Origin z: 25.9131 Å
111213212223313233
T-0.1607 Å2-0.0219 Å2-0.0193 Å2--0.1322 Å2-0.0223 Å2---0.2912 Å2
L0.9822 °20.1272 °2-0.1137 °2-0.4749 °2-0.0323 °2--0.5537 °2
S-0.0421 Å °-0.0286 Å °-0.0427 Å °-0.1519 Å °0.0674 Å °0.0328 Å °0.0767 Å °-0.0226 Å °-0.0253 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC3 - 7063 - 706
2X-RAY DIFFRACTION1BD3 - 7063 - 706
3X-RAY DIFFRACTION1CA1 - 261 - 26
4X-RAY DIFFRACTION1DB1 - 241 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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