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万見
- EMDB-2234: Electron cryo-microscopy of a head-tailed virus infecting extreme... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2234
タイトルElectron cryo-microscopy of a head-tailed virus infecting extremely halophilic archaea
マップデータReconstruction of archaeal virus HVTV-1
試料
  • 試料: archaeal virus HVTV-1
  • ウイルス: HVTV-1
キーワードIcosahedral capsid
生物種HVTV-1
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Pietila MK / Laurinmaki P / Russell DA / Ko CC / Jacobs-Sera D / Butcher SJ / Bamford DH / Hendrix RW
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2013
タイトル: Insights into head-tailed viruses infecting extremely halophilic archaea.
著者: Maija K Pietilä / Pasi Laurinmäki / Daniel A Russell / Ching-Chung Ko / Deborah Jacobs-Sera / Sarah J Butcher / Dennis H Bamford / Roger W Hendrix /
要旨: Extremophilic archaea, both hyperthermophiles and halophiles, dominate in habitats where rather harsh conditions are encountered. Like all other organisms, archaeal cells are susceptible to viral ...Extremophilic archaea, both hyperthermophiles and halophiles, dominate in habitats where rather harsh conditions are encountered. Like all other organisms, archaeal cells are susceptible to viral infections, and to date, about 100 archaeal viruses have been described. Among them, there are extraordinary virion morphologies as well as the common head-tailed viruses. Although approximately half of the isolated archaeal viruses belong to the latter group, no three-dimensional virion structures of these head-tailed viruses are available. Thus, rigorous comparisons with bacteriophages are not yet warranted. In the present study, we determined the genome sequences of two of such viruses of halophiles and solved their capsid structures by cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction. We show that these viruses are inactivated, yet remain intact, at low salinity and that their infectivity is regained when high salinity is restored. This enabled us to determine their three-dimensional capsid structures at low salinity to a ∼10-Å resolution. The genetic and structural data showed that both viruses belong to the same T-number class, but one of them has enlarged its capsid to accommodate a larger genome than typically associated with a T=7 capsid by inserting an additional protein into the capsid lattice.
履歴
登録2012年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年11月28日-
マップ公開2013年1月16日-
更新2013年3月6日-
現状2013年3月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: -400
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: -400
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2234.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2234.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 589.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of archaeal virus HVTV-1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.26 Å/pix.
x 541 pix.
= 1222.66 Å		2.26 Å/pix.
x 541 pix.
= 1222.66 Å		2.26 Å/pix.
x 541 pix.
= 1222.66 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.26 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: -500.0 / ムービー #1: -400
最小 - 最大-1731.0 - 1166.0
平均 (標準偏差)-770.234497069999975 (±234.180633540000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ541541541
Spacing541541541
セルA=B=C: 1222.66 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.262.262.26
M x/y/z541541541
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1222.6601222.6601222.660
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-36-30-80
NX/NY/NZ7361161
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS541541541
D min/max/mean-1731.0001166.000-770.234

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : archaeal virus HVTV-1

全体名称: archaeal virus HVTV-1
要素
  • 試料: archaeal virus HVTV-1
  • ウイルス: HVTV-1

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超分子 #1000: archaeal virus HVTV-1

超分子名称: archaeal virus HVTV-1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: HVTV-1

超分子名称: HVTV-1 / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: HVTV-1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Haloarcula vallismortis (好塩性) / 別称: ARCHAEA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 955 Å / T番号(三角分割数): 13

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 20mM Tris-HCl
グリッド詳細: Quantifoil holey carbon film on 300 mesh copper grid.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
日付2009年10月8日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 62000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM / 使用した粒子像数: 3530

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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