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- EMDB-22307: The negative stain EM structure of the human DNA LigIIIalpha-XRCC... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22307
タイトルThe negative stain EM structure of the human DNA LigIIIalpha-XRCC1 complex; conformer 2
マップデータRefined 3D map of full-length DNA LigaseIII alpha in complex with full-length XRCC1; conformer 2
試料
  • 複合体: Full-length DNA LigIII alpha in complex with full-length XRCC1; conformer 2
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear DNA ligase III-alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC1
キーワードDNA repair / protein-protein interactions / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 31.5 Å
データ登録者Sverzhinsky A / Pascal JM
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 ES012512 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 CA22043 米国
Other governmentP01 CA92584 米国
Other governmentV2018-25 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: An atypical BRCT-BRCT interaction with the XRCC1 scaffold protein compacts human DNA Ligase IIIα within a flexible DNA repair complex.
著者: Michal Hammel / Ishtiaque Rashid / Aleksandr Sverzhinsky / Yasin Pourfarjam / Miaw-Sheue Tsai / Tom Ellenberger / John M Pascal / In-Kwon Kim / John A Tainer / Alan E Tomkinson /
要旨: The XRCC1-DNA ligase IIIα complex (XL) is critical for DNA single-strand break repair, a key target for PARP inhibitors in cancer cells deficient in homologous recombination. Here, we combined ...The XRCC1-DNA ligase IIIα complex (XL) is critical for DNA single-strand break repair, a key target for PARP inhibitors in cancer cells deficient in homologous recombination. Here, we combined biophysical approaches to gain insights into the shape and conformational flexibility of the XL as well as XRCC1 and DNA ligase IIIα (LigIIIα) alone. Structurally-guided mutational analyses based on the crystal structure of the human BRCT-BRCT heterodimer identified the network of salt bridges that together with the N-terminal extension of the XRCC1 C-terminal BRCT domain constitute the XL molecular interface. Coupling size exclusion chromatography with small angle X-ray scattering and multiangle light scattering (SEC-SAXS-MALS), we determined that the XL is more compact than either XRCC1 or LigIIIα, both of which form transient homodimers and are highly disordered. The reduced disorder and flexibility allowed us to build models of XL particles visualized by negative stain electron microscopy that predict close spatial organization between the LigIIIα catalytic core and both BRCT domains of XRCC1. Together our results identify an atypical BRCT-BRCT interaction as the stable nucleating core of the XL that links the flexible nick sensing and catalytic domains of LigIIIα to other protein partners of the flexible XRCC1 scaffold.
履歴
登録2020年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined 3D map of full-length DNA LigaseIII alpha in complex with full-length XRCC1; conformer 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å		3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å		3.3 Å/pix.
x 80 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.037 / ムービー #1: 0.037
最小 - 最大-0.03720151 - 0.13513231
平均 (標準偏差)0.000750545 (±0.008180978)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.33.33.3
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.000264.000264.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-0.0370.1350.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length DNA LigIII alpha in complex with full-length XRCC1; c...

全体名称: Full-length DNA LigIII alpha in complex with full-length XRCC1; conformer 2
要素
  • 複合体: Full-length DNA LigIII alpha in complex with full-length XRCC1; conformer 2
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear DNA ligase III-alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein XRCC1

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超分子 #1: Full-length DNA LigIII alpha in complex with full-length XRCC1; c...

超分子名称: Full-length DNA LigIII alpha in complex with full-length XRCC1; conformer 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: Nuclear DNA ligase III-alpha

分子名称: Nuclear DNA ligase III-alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA ligase (ATP)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAEQRFCVDY AKRGTAGCKK CKEKIVKGVC RIGKVVPNPF SESGGDMKEW YHIKCMFEKL ERARATTKK IEDLTELEGW EELEDNEKEQ ITQHIADLSS KAAGTPKKKA VVQAKLTTTG Q VTSPVKGA SFVTSTNPRK FSGFSAKPNN SGEAPSSPTP KRSLSSSKCD ...文字列:
MAEQRFCVDY AKRGTAGCKK CKEKIVKGVC RIGKVVPNPF SESGGDMKEW YHIKCMFEKL ERARATTKK IEDLTELEGW EELEDNEKEQ ITQHIADLSS KAAGTPKKKA VVQAKLTTTG Q VTSPVKGA SFVTSTNPRK FSGFSAKPNN SGEAPSSPTP KRSLSSSKCD PRHKDCLLRE FR KLCAMVA DNPSYNTKTQ IIQDFLRKGS AGDGFHGDVY LTVKLLLPGV IKTVYNLNDK QIV KLFSRI FNCNPDDMAR DLEQGDVSET IRVFFEQSKS FPPAAKSLLT IQEVDEFLLR LSKL TKEDE QQQALQDIAS RCTANDLKCI IRLIKHDLKM NSGAKHVLDA LDPNAYEAFK ASRNL QDVV ERVLHNAQEV EKEPGQRRAL SVQASLMTPV QPMLAEACKS VEYAMKKCPN GMFSEI KYD GERVQVHKNG DHFSYFSRSL KPVLPHKVAH FKDYIPQAFP GGHSMILDSE VLLIDNK TG KPLPFGTLGV HKKAAFQDAN VCLFVFDCIY FNDVSLMDRP LCERRKFLHD NMVEIPNR I MFSEMKRVTK ALDLADMITR VIQEGLEGLV LKDVKGTYEP GKRHWLKVKK DYLNEGAMA DTADLVVLGA FYGQGSKGGM MSIFLMGCYD PGSQKWCTVT KCAGGHDDAT LARLQNELDM VKISKDPSK IPSWLKVNKI YYPDFIVPDP KKAAVWEITG AEFSKSEAHT ADGISIRFPR C TRIRDDKD WKSATNLPQL KELYQLSKEK ADFTVVAGDE GSSTTGGSSE ENKGPSGSAV SR KAPSKPS ASTKKAEGKL SNSNSKDGNM QTAKPSAMKV GEKLATKSSP VKVGEKRKAA DET LCQTKV LLDIFTGVRL YLPPSTPDFS RLRRYFVAFD GDLVQEFDMT SATHVLGSRD KNPA AQQVS PEWIWACIRK RRLVAPCWSH PQFEK

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分子 #2: DNA repair protein XRCC1

分子名称: DNA repair protein XRCC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: HHHHHHMPEI RLRHVVSCSS QDSTHCAENL LKADTYRKWR AAKAGEKTIS VVLQLEKEEQ IHSVDI GND GSAFVEVLVG SSAGGAGEQD YEVLLVTSSF MSPSESRSGS NPNRVRMFGP DKLVRAA AE KRWDRVKIVC SQPYSKDSPF GLSFVRFHSP PDKDEAEAPS ...文字列:
HHHHHHMPEI RLRHVVSCSS QDSTHCAENL LKADTYRKWR AAKAGEKTIS VVLQLEKEEQ IHSVDI GND GSAFVEVLVG SSAGGAGEQD YEVLLVTSSF MSPSESRSGS NPNRVRMFGP DKLVRAA AE KRWDRVKIVC SQPYSKDSPF GLSFVRFHSP PDKDEAEAPS QKVTVTKLGQ FRVKEEDE S ANSLRPGALF FSRINKTSPV TASDPAGPSY AAATLQASSA ASSASPVSRA IGSTSKPQE SPKGKRKLDL NQEEKKTPSK PPAQLSPSVP KRPKLPAPTR TPATAPVPAR AQGAVTGKPR GEGTEPRRP RAGPEELGKI LQGVVVVLSG FQNPFRSELR DKALELGAKY RPDWTRDSTH L ICAFANTP KYSQVLGLGG RIVRKEWVLD CHRMRRRLPS RRYLMAGPGS SSEEDEASHS GG SGDEAPK LPQKQPQTKT KPTQAAGPSS PQKPPTPEET KAASPVLQED IDIEGVQSEG QDN GAEDSG DTEDELRRVA EQKEHRLPPG QEENGEDPYA GSTDENTDSE EHQEPPDLPV PELP DFFQG KHFFLYGEFP GDERRKLIRY VTAFNGELED NMSDRVQFVI TAQEWDPSFE EALMD NPSL AFVRPRWIYS CNEKQKLLPH QLYGVVPQA

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細Co-purified proteins were crosslinked with glutaraldehyde, then buffer exchanged to remove the crosslinker before negative staining.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 67000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 78400
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: SGD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 3135
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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