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万見
- EMDB-2203: Characterization of the insertase for beta-barrel proteins of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2203
タイトルCharacterization of the insertase for beta-barrel proteins of the outer mitochondrial membrane. 3-D reconstruction of the TOB complex
マップデータ3D reconstruction of Tob55 dimers isolated using the 9xHis tag on the Tob55 subunit. The Tob55 dimer is a complex identified in all outer membrane preparations but isolated only when the his-tag is on tob55. The dimer co-purifies with the TOB complex and was identified as a subclass of particles present in the his-Tob55 data sets. The mol. wgt. is 101 kDa. Two-fold symmetry has been applied
試料
  • 試料: Tob55 dimer
  • タンパク質・ペプチド: Tob55 short
キーワードTOB/SAM complex / beta-barrel proteins / Tob55/Sam50 / mitochondria outer membrane
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.4 Å
データ登録者Klein A / Israel L / Lackey SWK / Nargang FE / Imhof A / Baumeister W / Neupert W / Thomas DR
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2012
タイトル: Characterization of the insertase for β-barrel proteins of the outer mitochondrial membrane.
著者: Astrid Klein / Lars Israel / Sebastian W K Lackey / Frank E Nargang / Axel Imhof / Wolfgang Baumeister / Walter Neupert / Dennis R Thomas /
要旨: The TOB-SAM complex is an essential component of the mitochondrial outer membrane that mediates the insertion of β-barrel precursor proteins into the membrane. We report here its isolation and ...The TOB-SAM complex is an essential component of the mitochondrial outer membrane that mediates the insertion of β-barrel precursor proteins into the membrane. We report here its isolation and determine its size, composition, and structural organization. The complex from Neurospora crassa was composed of Tob55-Sam50, Tob38-Sam35, and Tob37-Sam37 in a stoichiometry of 1:1:1 and had a molecular mass of 140 kD. A very minor fraction of the purified complex was associated with one Mdm10 protein. Using molecular homology modeling for Tob55 and cryoelectron microscopy reconstructions of the TOB complex, we present a model of the TOB-SAM complex that integrates biochemical and structural data. We discuss our results and the structural model in the context of a possible mechanism of the TOB insertase.
履歴
登録2012年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月10日-
マップ公開2012年11月14日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2203.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of Tob55 dimers isolated using the 9xHis tag on the Tob55 subunit. The Tob55 dimer is a complex identified in all outer membrane preparations but isolated only when the his-tag is on tob55. The dimer co-purifies with the TOB complex and was identified as a subclass of particles present in the his-Tob55 data sets. The mol. wgt. is 101 kDa. Two-fold symmetry has been applied
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.78 Å/pix.
x 140 pix.
= 249.2 Å		1.78 Å/pix.
x 140 pix.
= 249.2 Å		1.78 Å/pix.
x 140 pix.
= 249.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.78 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.14503084 - 1.68543327
平均 (標準偏差)0.00043378 (±0.05871786)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 249.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.781.781.78
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.200249.200249.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.1451.6850.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tob55 dimer

全体名称: Tob55 dimer
要素
  • 試料: Tob55 dimer
  • タンパク質・ペプチド: Tob55 short

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超分子 #1000: Tob55 dimer

超分子名称: Tob55 dimer / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The complexes were monodisperse. A mitochondrial outer membrane complex which can be identified as a component of the outer mitochondrial membrane but whose function is unknown.
集合状態: dimeric / Number unique components: 1
分子量実験値: 101 KDa / 理論値: 101 KDa
手法: Blue native gel electrophoresis and Isotope dilution mass spectroscopy analysis of bands isolated from BNGE gels.

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分子 #1: Tob55 short

分子名称: Tob55 short / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Neurospora crassa (菌類) / 株: Tob55 short HT / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: outer membrane
分子量実験値: 50.7 KDa / 理論値: 50.7 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
詳細: 1mM PMSF, 0.08%(v/v) Triton X-100, 50 mM HEPES pH 8.5
グリッド詳細: lacey carbon films on 200 mesh Molybdenum grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
手法: blot for 4-5 seconds before plunging with whatman filter paper #1

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected using the live FFT at imaging magnification.
日付2009年10月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 20 e/Å2
詳細: Images collected using TOM_acquisition software. 24800 dimers were identified in various his-Tob55 datasets. In the end 19500 were included in the final reconstruction. Two-fold symmetry was ...詳細: Images collected using TOM_acquisition software. 24800 dimers were identified in various his-Tob55 datasets. In the end 19500 were included in the final reconstruction. Two-fold symmetry was applied during the last 5 rounds of refinement.
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 84270 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.5 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 656 side entry holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase and astigmatism correction applied to each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER, TOM_toolbox
詳細: Final maps were reconstructed from images that had stable alignment parameters over the last 4 rounds of refinement. Stable was defined by absolute accumulated changes in theta and psi of the ...詳細: Final maps were reconstructed from images that had stable alignment parameters over the last 4 rounds of refinement. Stable was defined by absolute accumulated changes in theta and psi of the projection matched of less than 10 degrees. 24800 dimers were identified in various his-Tob55 datasets. In the end 19500 were included in the final reconstruction. Two-fold symmetry was applied during the last 5 rounds of refinement.
使用した粒子像数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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