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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2198 | |||||||||
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タイトル | Architecture of human translation initiation factor 3 | |||||||||
マップデータ | reconstruction using Maximum-likelihood | |||||||||
試料 |
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キーワード | translation initiation / eukaryotic initiation factor 3 / ribosome / proteasome / PCI-MPN domains | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Querol-Audi J / Sun C / Mortimer S / Arias-Palomo E / Vogan J / Doudna J / Nogales E / Cate J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013 タイトル: Two RNA-binding motifs in eIF3 direct HCV IRES-dependent translation. 著者: Chaomin Sun / Jordi Querol-Audí / Stefanie A Mortimer / Ernesto Arias-Palomo / Jennifer A Doudna / Eva Nogales / Jamie H D Cate / 要旨: The initiation of protein synthesis plays an essential regulatory role in human biology. At the center of the initiation pathway, the 13-subunit eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3) ...The initiation of protein synthesis plays an essential regulatory role in human biology. At the center of the initiation pathway, the 13-subunit eukaryotic translation initiation factor 3 (eIF3) controls access of other initiation factors and mRNA to the ribosome by unknown mechanisms. Using electron microscopy (EM), bioinformatics and biochemical experiments, we identify two highly conserved RNA-binding motifs in eIF3 that direct translation initiation from the hepatitis C virus internal ribosome entry site (HCV IRES) RNA. Mutations in the RNA-binding motif of subunit eIF3a weaken eIF3 binding to the HCV IRES and the 40S ribosomal subunit, thereby suppressing eIF2-dependent recognition of the start codon. Mutations in the eIF3c RNA-binding motif also reduce 40S ribosomal subunit binding to eIF3, and inhibit eIF5B-dependent steps downstream of start codon recognition. These results provide the first connection between the structure of the central translation initiation factor eIF3 and recognition of the HCV genomic RNA start codon, molecular interactions that likely extend to the human transcriptome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2198.map.gz | 1.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2198-v30.xml emd-2198.xml | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 2198_emd_2198.png | 106.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2198 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2198 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2198_validation.pdf.gz | 209.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2198_full_validation.pdf.gz | 209 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2198_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2198 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2198 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2198.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | reconstruction using Maximum-likelihood | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.67 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation facto...
全体 | 名称: PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3 |
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要素 |
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-超分子 #1000: PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation facto...
超分子 | 名称: PCI MPN core of the human eukaryotic translation initiation factor eIF3 タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Subcomplex containing 8 core subunits / Number unique components: 8 |
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分子量 | 理論値: 400 KDa |
-分子 #1: eIF3 a
分子 | 名称: eIF3 a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: truncated version, contains residues 5-654 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #2: eIF3 c
分子 | 名称: eIF3 c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: truncated version, contains residues 302-913 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #3: eIF3 e
分子 | 名称: eIF3 e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #4: eIF3 f
分子 | 名称: eIF3 f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #5: eIF3 h
分子 | 名称: eIF3 h / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #6: eIF3 k
分子 | 名称: eIF3 k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #7: eIF3 l
分子 | 名称: eIF3 l / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #8: eIF3 m
分子 | 名称: eIF3 m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20mM Hepes, 75mM KCl, 0.5mM EDTA, 1mM DTT, 2mM MgCl2, 3% trehalose |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: vitrified |
グリッド | 詳細: C-flat plasma cleaned with Solarus |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年10月9日 |
撮影 | 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm / 倍率(公称値): 100000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | automatic particle selection with template correlator |
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CTF補正 | 詳細: each image |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / ソフトウェア - 名称: ML3D / 使用した粒子像数: 32227 |