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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21906 | |||||||||
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タイトル | succinate-coenzyme Q reductase | |||||||||
マップデータ | succinate-coenzyme Q reductase | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / succinate-coenzyme Q reductase / ELECTRON TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / succinate dehydrogenase activity / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / cytochrome complex assembly / aerobic electron transport chain / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle ...: / succinate dehydrogenase activity / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / cytochrome complex assembly / aerobic electron transport chain / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / ubiquinone binding / iron-sulfur cluster binding / tricarboxylic acid cycle / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / membrane => GO:0016020 / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli 908573 (大腸菌) / Escherichia coli (strain SE11) (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Lyu M / Su C-C | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2021 タイトル: A 'Build and Retrieve' methodology to simultaneously solve cryo-EM structures of membrane proteins. 著者: Chih-Chia Su / Meinan Lyu / Christopher E Morgan / Jani Reddy Bolla / Carol V Robinson / Edward W Yu / 要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique in the field of structural biology. However, the inability to reliably produce pure, homogeneous membrane protein ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become a powerful technique in the field of structural biology. However, the inability to reliably produce pure, homogeneous membrane protein samples hampers the progress of their structural determination. Here, we develop a bottom-up iterative method, Build and Retrieve (BaR), that enables the identification and determination of cryo-EM structures of a variety of inner and outer membrane proteins, including membrane protein complexes of different sizes and dimensions, from a heterogeneous, impure protein sample. We also use the BaR methodology to elucidate structural information from Escherichia coli K12 crude membrane and raw lysate. The findings demonstrate that it is possible to solve high-resolution structures of a number of relatively small (<100 kDa) and less abundant (<10%) unidentified membrane proteins within a single, heterogeneous sample. Importantly, these results highlight the potential of cryo-EM for systems structural proteomics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21906.map.gz | 10.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21906-v30.xml emd-21906.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21906.png | 263.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21906.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_21906_additional_1.map.gz | 97.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21906 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21906 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21906_validation.pdf.gz | 495.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21906_full_validation.pdf.gz | 495.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21906_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21906_validation.cif.gz | 4.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21906 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21906 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | succinate-coenzyme Q reductase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: succinate-coenzyme Q reductase
ファイル | emd_21906_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | succinate-coenzyme Q reductase | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : succinate-coenzyme Q reductase complex
+超分子 #1: succinate-coenzyme Q reductase complex
+分子 #1: Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit
+分子 #2: Succinate dehydrogenase
+分子 #3: Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor subunit
+分子 #4: Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit
+分子 #5: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #6: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #7: FE3-S4 CLUSTER
+分子 #8: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #9: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
+分子 #10: SODIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12706 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |