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- EMDB-21898: CryoEM structure of the C. sordellii lethal toxin TcsL in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21898
タイトルCryoEM structure of the C. sordellii lethal toxin TcsL in complex with SEMA6A
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of SEMA6A with TcsL
    • 複合体: SEMA6A
      • タンパク質・ペプチド: SEMA6A
    • 複合体: TcsL
      • タンパク質・ペプチド: TcsL
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / neural crest cell migration / host cell cytosol ...negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / neural crest cell migration / host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / negative chemotaxis / glycosyltransferase activity / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cysteine-type peptidase activity / cytoskeleton organization / negative regulation of angiogenesis / host cell endosome membrane / animal organ morphogenesis / axon guidance / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nervous system development / toxin activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / axon / apoptotic process / host cell plasma membrane / extracellular space / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family ...Semaphorin / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Semaphorin-6A / Lethal Toxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Paeniclostridium sordellii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kucharska I / Rubinstein JL / Julien JP
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Other governmentOntario Early Researcher Awards program カナダ
Other governmentOntario Research Fund カナダ
Other governmentCanada Foundation for Innovation カナダ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Recognition of Semaphorin Proteins by P. sordellii Lethal Toxin Reveals Principles of Receptor Specificity in Clostridial Toxins.
著者: Hunsang Lee / Greg L Beilhartz / Iga Kucharska / Swetha Raman / Hong Cui / Mandy Hiu Yi Lam / Huazhu Liang / John L Rubinstein / Daniel Schramek / Jean-Philippe Julien / Roman A Melnyk / Mikko Taipale /
要旨: Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome ...Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome associated with gynecological infections. TcsL is 87% similar to C. difficile TcdB, which enters host cells via Frizzled receptors in colon epithelium. However, P. sordellii infections target vascular endothelium, suggesting that TcsL exploits another receptor. Here, using CRISPR/Cas9 screening, we establish semaphorins SEMA6A and SEMA6B as TcsL receptors. We demonstrate that recombinant SEMA6A can protect mice from TcsL-induced edema. A 3.3 Å cryo-EM structure shows that TcsL binds SEMA6A with the same region that in TcdB binds structurally unrelated Frizzled. Remarkably, 15 mutations in this evolutionarily divergent surface are sufficient to switch binding specificity of TcsL to that of TcdB. Our findings establish semaphorins as physiologically relevant receptors for TcsL and reveal the molecular basis for the difference in tissue targeting and disease pathogenesis between highly related toxins.
履歴
登録2020年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wts
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21898.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-12.240899 - 16.825357
平均 (標準偏差)0.00000000000 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin866688
サイズ117144122
Spacing122117144
セルA: 125.659996 Å / B: 120.509995 Å / C: 148.31999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z122117144
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z125.660120.510148.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ888666
NX/NY/NZ122117144
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS668688
NC/NR/NS144117122
D min/max/mean-12.24116.8250.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of SEMA6A with TcsL

全体名称: Complex of SEMA6A with TcsL
要素
  • 複合体: Complex of SEMA6A with TcsL
    • 複合体: SEMA6A
      • タンパク質・ペプチド: SEMA6A
    • 複合体: TcsL
      • タンパク質・ペプチド: TcsL
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of SEMA6A with TcsL

超分子名称: Complex of SEMA6A with TcsL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: SEMA6A

超分子名称: SEMA6A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: TcsL

超分子名称: TcsL / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Paeniclostridium sordellii (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: SEMA6A

分子名称: SEMA6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.85741 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETGFPEDSEP ISISHGNYTK QYPVFVGHKP GRNTTQRHRL DIQMIMIMNG TLYIAARDHI YTVDIDTSHT EEIYCSKKLT WKSRQADVD TCRMKGKHKD ECHNFIKVLL KKNDDALFVC GTNAFNPSCR NYKMDTLEPF GDEFSGMARC PYDAKHANVA L FADGKLYS ...文字列:
ETGFPEDSEP ISISHGNYTK QYPVFVGHKP GRNTTQRHRL DIQMIMIMNG TLYIAARDHI YTVDIDTSHT EEIYCSKKLT WKSRQADVD TCRMKGKHKD ECHNFIKVLL KKNDDALFVC GTNAFNPSCR NYKMDTLEPF GDEFSGMARC PYDAKHANVA L FADGKLYS ATVTDFLAID AVIYRSLGES PTLRTVKHDS KWLKEPYFVQ AVDYGDYIYF FFREIAVEYN TMGKVVFPRV AQ VCKNDMG GSQRVLEKQW TSFLKARLNC SVPGDSHFYF NILQAVTDVI RINGRDVVLA TFSTPYNSIP GSAVCAYDML DIA SVFTGR FKEQKSPDST WTPVPDERVP KPRPGCCAGS SSLERYATSN EFPDDTLNFI KTHPLMDEAV PSIFNRPWFL RTMV RYRLT KIAVDTAAGP YQNHTVVFLG SEKGIILKFL ARIGNSGFLN DSLFLEEMSV YNSEKCSYDG VEDKRIMGMQ LDRAS SSLY VAFSTCVIKV PLGRCERYGK CKKTCIASRD PYCGWIKEGG ACSHLSPNSR LTFEQDIERG NTDGLGDCHN GSWSHP QFE K

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分子 #2: TcsL

分子名称: TcsL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
由来(天然)生物種: Paeniclostridium sordellii (バクテリア)
分子量理論値: 63.315875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SAWSHPQFEK ENLYFQGTNV RINLDGNTRS FIVPVITTEQ IRKNLSYSFY GSGGSYSLSL SPYNMNIDLN LVENDTWVID VDNVVKNIT IESDEIQKGE LIENILSKLN IEDNKIVLNN HTINFYGAIN ESNRFISLTF SILEDINIII EIDLVSKSYK I LLSGNCIK ...文字列:
SAWSHPQFEK ENLYFQGTNV RINLDGNTRS FIVPVITTEQ IRKNLSYSFY GSGGSYSLSL SPYNMNIDLN LVENDTWVID VDNVVKNIT IESDEIQKGE LIENILSKLN IEDNKIVLNN HTINFYGAIN ESNRFISLTF SILEDINIII EIDLVSKSYK I LLSGNCIK LIENSSDIQQ KIDHIGFNGE HQKYIPYSYI DNETKYNGFI DYSKKEGLFT AEFSNESIIR NIYMPDSNNL FI YSSKDLK DIRIINKGDV KLLIGNYFKD NMKVSLSFTI EDTNTIKLNG VYLDENGVAQ ILKFMNNAKS ALNTSNSLMN FLE SINIKN IFYNNLDPNI KFILDTNFII SGSNSIGQFE LICDKDKNIQ PYFIKFKIKE TSYTLYAGNR QNLIVEPSYH LDDS GNISS TVINFSQKYL YGIDRYVNKV IITPNLYTDE INITPVYKPN YICPEVIILD ANYINEKINI NINDLSIRYV WDNDG SDLI LIANSEEDNQ PQVKIRFVNV FKSDTAADKL SFNFSDKQDV SVSKIISTFS LAAGSENLYF QGHHHHHH

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 45.24 e/Å2 / 詳細: Dataset was collected with FEI Falcon IV.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6c0b

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 179188
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6c0b

得られたモデル

PDB-6wts:
CryoEM structure of the C. sordellii lethal toxin TcsL in complex with SEMA6A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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