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- EMDB-21851: F. tularensis RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21851
タイトルF. tularensis RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Francisella RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA complex
    • DNA: x 4種
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA polymerase complex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / glutathione metabolic process / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transferase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / glutathione metabolic process / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transferase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal ...Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Thioredoxin-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma factor RpoD / GST N-terminal domain-containing protein / Glutathione S-transferase / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア) / Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Travis BA / Brennan RG
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM130290 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural Basis for Virulence Activation of Francisella tularensis.
著者: Brady A Travis / Kathryn M Ramsey / Samantha M Prezioso / Thomas Tallo / Jamie M Wandzilak / Allen Hsu / Mario Borgnia / Alberto Bartesaghi / Simon L Dove / Richard G Brennan / Maria A Schumacher /
要旨: The bacterium Francisella tularensis (Ft) is one of the most infectious agents known. Ft virulence is controlled by a unique combination of transcription regulators: the MglA-SspA heterodimer, PigR, ...The bacterium Francisella tularensis (Ft) is one of the most infectious agents known. Ft virulence is controlled by a unique combination of transcription regulators: the MglA-SspA heterodimer, PigR, and the stress signal, ppGpp. MglA-SspA assembles with the σ-associated RNAP holoenzyme (RNAPσ), forming a virulence-specialized polymerase. These factors activate Francisella pathogenicity island (FPI) gene expression, which is required for virulence, but the mechanism is unknown. Here we report FtRNAPσ-promoter-DNA, FtRNAPσ-(MglA-SspA)-promoter DNA, and FtRNAPσ-(MglA-SspA)-ppGpp-PigR-promoter DNA cryo-EM structures. Structural and genetic analyses show MglA-SspA facilitates σ binding to DNA to regulate virulence and virulence-enhancing genes. Our Escherichia coli RNAPσhomodimeric EcSspA structure suggests this is a general SspA-transcription regulation mechanism. Strikingly, our FtRNAPσ-(MglA-SspA)-ppGpp-PigR-DNA structure reveals ppGpp binding to MglA-SspA tethers PigR to promoters. PigR in turn recruits FtRNAP αCTDs to DNA UP elements. Thus, these studies unveil a unique mechanism for Ft pathogenesis involving a virulence-specialized RNAP that employs two (MglA-SspA)-based strategies to activate virulence genes.
履歴
登録2020年4月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 6.5
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  • 原子モデル: PDB-6wmr
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21851.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 175 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.5 / ムービー #1: 6.5
最小 - 最大-21.358349 - 36.667988000000001
平均 (標準偏差)0.006285549 (±1.6412932)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ358358358
Spacing358358358
セルA=B=C: 379.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z358358358
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z379.480379.480379.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS358358358
D min/max/mean-21.35836.6680.006

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_21851_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Francisella RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA complex

全体名称: Francisella RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA complex
要素
  • 複合体: Francisella RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA complex
    • DNA: DNA NT-strand
    • DNA: DNA T-strand
    • DNA: DNA NT-strand downstream
    • DNA: DNA T-strand downstream
    • タンパク質・ペプチド: Stringent starvation protein A
    • タンパク質・ペプチド: Macrophage growth locus, subunit A
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Francisella RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA complex

超分子名称: Francisella RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)

+
分子 #1: DNA NT-strand

分子名称: DNA NT-strand / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 10.81996 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)

+
分子 #2: DNA T-strand

分子名称: DNA T-strand / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 7.283774 KDa
配列文字列:
(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC) (DA)(DC)(DA)(DA)

+
分子 #3: DNA NT-strand downstream

分子名称: DNA NT-strand downstream / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 3.350185 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)

+
分子 #4: DNA T-strand downstream

分子名称: DNA T-strand downstream / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 3.359199 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG) (DA)

+
分子 #5: Stringent starvation protein A

分子名称: Stringent starvation protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 24.098213 KDa
配列文字列: MMKVTLYTTK YCPYSLRARI ALAEKKMSTD IVEAGDLEPA MIKKITPNGV FPVLMEKDYS INNRKALLIY IDERFPAPSL LPNVVNERI KIRLSLDKID NEWYPVLDQI RKHRSDQKML ESMFKDLKES LLAMEKAFTG SEFFISSGFT LADCYIAALI I CLEAEGFI ...文字列:
MMKVTLYTTK YCPYSLRARI ALAEKKMSTD IVEAGDLEPA MIKKITPNGV FPVLMEKDYS INNRKALLIY IDERFPAPSL LPNVVNERI KIRLSLDKID NEWYPVLDQI RKHRSDQKML ESMFKDLKES LLAMEKAFTG SEFFISSGFT LADCYIAALI I CLEAEGFI IDDEYGAIYE YKKRLFARDS VKKANIKGGA GESLLKTLRT HR

UniProtKB: Glutathione S-transferase

+
分子 #6: Macrophage growth locus, subunit A

分子名称: Macrophage growth locus, subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 23.650656 KDa
配列文字列: MLLYTKKDDI YSDIVRMILL IKGANAKIVD VSKEENSKHL EELNIITPNG NIPTLSTDDF AVYRLSVIIE AIEDLYPFPP MFPVFPKQR ANARILLEYV NKTFLQNIIK LQSPDLDEKQ ANEIKMLMQR DIISTYKKIV SEREVNAESN PDAQNINVLT L IITFVFYY ...文字列:
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UniProtKB: GST N-terminal domain-containing protein

+
分子 #7: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica LVS (バクテリア)
分子量理論値: 67.748469 KDa
配列文字列: MTKEDLLSDL KDLMIDGRER GYLTRADILD ALPGDVSEDP KIYEEIEAIL IDAGIDVYDR TPQIEEDDER KVSEANLDDL KGKTSDPIR MYMREMGIVD LLDKKGETDI AIRIEEGTTE VFSTILSYPI VIKTYIERFR ELEEKAIDYM NSQDIENEPV A RYIRFNEV ...文字列:
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UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoD

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 35.393387 KDa
配列文字列: MSNNNSKLEF VPNIQLKEDL GAFSYKVQLS PVEKGMAHIL GNSIRRVLLS SLSGASIIKV NIANVLHEYS TLEDVKEDVV EIVSNLKKV AIKLDTGIDR LDLELSVNKS GVVSAGDFKT TQGVEIINKD QPIATLTNQR AFSLTATVSV GRNVGILSAI P TELERVGD ...文字列:
MSNNNSKLEF VPNIQLKEDL GAFSYKVQLS PVEKGMAHIL GNSIRRVLLS SLSGASIIKV NIANVLHEYS TLEDVKEDVV EIVSNLKKV AIKLDTGIDR LDLELSVNKS GVVSAGDFKT TQGVEIINKD QPIATLTNQR AFSLTATVSV GRNVGILSAI P TELERVGD IAVDADFNPI KRVAFEVFDN GDSETLEVFV KTNGTIEPLA AVTKALEYFC EQISVFVSLR VPSNGKTGDV LI DSNIDPI LLKPIDDLEL TVRSSNCLRA ENIKYLGDLV QYSESQLMKI PNLGKKSLNE IKQILIDNNL SLGVQIDNFR ELV EGK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 1

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 35.113031 KDa
配列文字列: MALENLLHPT NIKIDEYAKN ATKFSFEALE RGVGYTLGFA LKQTMLYSIA GACVTSIKIN DGKVTSLEDV IPCDETVADI ILNVKSLSV TLAEDVETGT ITFELSGSEE EIFSEEAKLS EGLAITEEVF ICSYNGGKKL KIEAKVEKGV GFRPAQDNFK D GEFLLDAT ...文字列:
MALENLLHPT NIKIDEYAKN ATKFSFEALE RGVGYTLGFA LKQTMLYSIA GACVTSIKIN DGKVTSLEDV IPCDETVADI ILNVKSLSV TLAEDVETGT ITFELSGSEE EIFSEEAKLS EGLAITEEVF ICSYNGGKKL KIEAKVEKGV GFRPAQDNFK D GEFLLDAT FSPVVFCDFE IKDARVGRRT DLDKLELNIK TNGNVNCEEA LRLAATKIQN QLRNIVDIEE INKGIFVEDP KD INPILLK HVEELNLTAR SSNCLKAVNI RLIGELVQKT ENELLKAPNF GKKSLTEIKD KLSELGLSLG TLIENWPQDL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha 2

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 151.536141 KDa
配列文字列: MSYSYAEKKR IRKEFGVLPH ILDVPYLLSI QTESYKKFLT VDAAKGRLHS GLEIVLKQSF PVESKNGQYE LHYVDYQIGE PTFDETECQ VRGATYDAPL NVKLRLVVYN KDALPNEKIV EDIREEYVYM GDIPLMTTNG TFIINGTERV VVSQLHRSPG A FFSKDDSE ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 157.599578 KDa
配列文字列: MNNGILHQNY NSKKFDIIKI SLASPEVIRS WSHGEVKKPE TINYRTFKPE RDGLFCAKIF GPIKDYECLC GKYKRLKHRG VVCERCGVE VEQAKVRRER MGHIDLVCPV VHIWYLKSLP SRIGLFLDMP LKNVEKVLYF ESYIVTDPGM TPLEKKQLLT D EEYAEALE ...文字列:
MNNGILHQNY NSKKFDIIKI SLASPEVIRS WSHGEVKKPE TINYRTFKPE RDGLFCAKIF GPIKDYECLC GKYKRLKHRG VVCERCGVE VEQAKVRRER MGHIDLVCPV VHIWYLKSLP SRIGLFLDMP LKNVEKVLYF ESYIVTDPGM TPLEKKQLLT D EEYAEALE NYGYEFEASM GAEAIRDLLA DTDIESEIEL LQAECEESKS TAKKEKAIKR LRLLETFQAS GNKPEWMVMT VL PVLPPDL RPLVPIEGGR FATSDLNDLY RRVINRNNRL KKLLDLNAPD IIVRNEKRML QEAVDALLDN GRRGRAVTGS NKR PLKSLA DMIKGKQGRF RQNLLGKRVD YSGRSVITVG PSLRLHECGL PKKMALELFK PFVYSKLRLG GHATTIKQAK RMVE LEEAV VWDILETVIN EHPVLLNRAP TLHRLGIQAF EPRLIEGKAI QLHPLVCAAF NADFDGDQMA VHVPLTVESQ LEARV LMMS TNNILSPASG QPIITPTQDI VLGLYYITRE KEGARGEGKL FSSYEDVSRA YNSGTIDIHA KIKLRIDRQV FDTKGN TYN EKGVVNTTVG RALLLNILPE GLSFSLLNKV LVKKEISKII NQAFRVLGGK ATVVLADKLM YAGFKYSTLS GVSVGVD DM TIPDNKEAKI EEAEKEIKQI TEQYQSSLIT ENERYNNIIN IWSKTSDEVG ASMMDAISKD TVSINGEKKE IESFNSVY M MAKSGARGSY NQMRQLAGMR GLMAKPDGTM IETAITANFR EGLSVLQYFT STHGARKGLA DTALKTANAG YLTRRLVDV AQDLVVIEED CGTDDGLMFS AIVEDGEVKV PLVERALGRT LAADVVTEKG VVLLEAGTLL DENLVELLDD NGIDMIKVRS PITCKTRRG LCAKCYGRDL ARERQVNVGE SVGVIAAQSI GEPGTQLTMR TFHTGGAASL GITVSDIKVK TAGKIKFKNI R TVTNKEGQ EIVISRAGEI IVSDTMGRVR EQHKIPMGAV VPLASGKAVE IGDVIATWDP HAQPLITDVA GKVVLEDVID GI TSKHTYD DLTGQQTIEI TSISQRTTSK NLKPVVKIVD EKGAELKSIP LAVGAVLNVA DDSILEVGDI VAKIPLEGSK NKD ITGGLP RVAELFEARR PKDAAILSPC DGMVRLGNRD TKEKQRIEII DKNGHIVEEI LLPKSRHLVV FDGEQVSRGD VLAD GPTDP HDLLKYKGLE EFADYILIEA QSVYRMQGVV INDKHIETIV RQMLRKAVIL DEGDSKFVKD ESIELVRILE ENDKL RKQG KKEVEYELVL MGITRSSLST ESFLSAASFQ ETTRVLTEAS INSQIDNLRG LKENVLIGRL IPAGTGLAVR KESAKI EKM REELGVEDNM VFTDLSSFNP EEISFDSIQS QKEDKDINED IEESLRNALE SLDF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Francisella tularensis subsp. holarctica (strain LVS) (バクテリア)
株: LVS
分子量理論値: 8.184333 KDa
配列文字列:
MARVTVEDCL DKVETRFDLV VLASMRANKI LKNGYSESME NEKKEKATVV ALREIAESEI TSEQILRNEI EG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #13: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #14: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0) / 使用した粒子像数: 21457
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.0.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6wmr:
F. tularensis RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA DNA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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