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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21651 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of cGMP-unbound F403V/V407A mutant TAX-4 reconstituted in lipid nanodiscs | |||||||||||||||||||||
マップデータ | cGMP-unbound F403V/V407A mutant TAX-4 reconstituted in lipid nanodiscs | |||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 detection of carbon dioxide / detection of chemical stimulus involved in sensory perception / ciliary inversin compartment / Activation of the phototransduction cascade / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / VxPx cargo-targeting to cilium / thermosensory behavior / positive regulation of growth rate / olfactory behavior / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex ...detection of carbon dioxide / detection of chemical stimulus involved in sensory perception / ciliary inversin compartment / Activation of the phototransduction cascade / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / VxPx cargo-targeting to cilium / thermosensory behavior / positive regulation of growth rate / olfactory behavior / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / aerotaxis / chemosensory behavior / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / multicellular organismal reproductive process / cation channel complex / response to oxygen levels / thermotaxis / non-motile cilium / regulation of neuron differentiation / regulation of axon extension / negative regulation of cGMP-mediated signaling / monoatomic cation transmembrane transport / phototransduction / cGMP binding / voltage-gated potassium channel activity / response to hyperoxia / neuron projection morphogenesis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / dendrite / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zheng X / Fu Z / Su D / Zhang Y / Li M / Pan Y / Li H / Li S / Grassucci RA / Ren Z ...Zheng X / Fu Z / Su D / Zhang Y / Li M / Pan Y / Li H / Li S / Grassucci RA / Ren Z / Hu Z / Li X / Zhou M / Li G / Frank J / Yang J | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Mechanism of ligand activation of a eukaryotic cyclic nucleotide-gated channel. 著者: Xiangdong Zheng / Ziao Fu / Deyuan Su / Yuebin Zhang / Minghui Li / Yaping Pan / Huan Li / Shufang Li / Robert A Grassucci / Zhenning Ren / Zhengshan Hu / Xueming Li / Ming Zhou / Guohui Li / ...著者: Xiangdong Zheng / Ziao Fu / Deyuan Su / Yuebin Zhang / Minghui Li / Yaping Pan / Huan Li / Shufang Li / Robert A Grassucci / Zhenning Ren / Zhengshan Hu / Xueming Li / Ming Zhou / Guohui Li / Joachim Frank / Jian Yang / 要旨: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels convert cyclic nucleotide (CN) binding and unbinding into electrical signals in sensory receptors and neurons. The molecular conformational changes underpinning ...Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels convert cyclic nucleotide (CN) binding and unbinding into electrical signals in sensory receptors and neurons. The molecular conformational changes underpinning ligand activation are largely undefined. We report both closed- and open-state atomic cryo-EM structures of a full-length Caenorhabditis elegans cyclic GMP-activated channel TAX-4, reconstituted in lipid nanodiscs. These structures, together with computational and functional analyses and a mutant channel structure, reveal a double-barrier hydrophobic gate formed by two S6 amino acids in the central cavity. cGMP binding produces global conformational changes that open the cavity gate located ~52 Å away but do not alter the structure of the selectivity filter-the commonly presumed activation gate. Our work provides mechanistic insights into the allosteric gating and regulation of CN-gated and nucleotide-modulated channels and CNG channel-related channelopathies. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21651.map.gz | 93.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21651-v30.xml emd-21651.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21651.png | 71.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21651 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21651 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21651_validation.pdf.gz | 419.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21651_full_validation.pdf.gz | 419 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21651_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21651_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21651 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21651 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21651.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cGMP-unbound F403V/V407A mutant TAX-4 reconstituted in lipid nanodiscs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Structure of cGMP-unbound F403V/V407A mutant TAX-4 reconstituted ...
全体 | 名称: Structure of cGMP-unbound F403V/V407A mutant TAX-4 reconstituted in lipid nanodiscs |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of cGMP-unbound F403V/V407A mutant TAX-4 reconstituted ...
超分子 | 名称: Structure of cGMP-unbound F403V/V407A mutant TAX-4 reconstituted in lipid nanodiscs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Cyclic nucleotide-gated cation channel
分子 | 名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 83.914523 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSTAEPAPDP TNPSTSGLAP TTNGIGSPPP TASAATKFSI LTKFLRRKNQ VHTTTAQQNE FMQKYMPNGN SNAVQPAATG GQPASSDGG SAIEVPPPKE SYAVRIRKYL ANYTQDPSTD NFYYWTCVVT VAYIYNLLFV IARQVFNDLI GPSSQSLCRF Y NGTLNSTT ...文字列: MSTAEPAPDP TNPSTSGLAP TTNGIGSPPP TASAATKFSI LTKFLRRKNQ VHTTTAQQNE FMQKYMPNGN SNAVQPAATG GQPASSDGG SAIEVPPPKE SYAVRIRKYL ANYTQDPSTD NFYYWTCVVT VAYIYNLLFV IARQVFNDLI GPSSQSLCRF Y NGTLNSTT QVECTYNMLT NMKEMPTYSQ YPDLGWSKYW HFRMLWVFFD LLMDCVYLID TFLNYRMGYM DQGLVVREAE KV TKAYWQS KQYRIDGISL IPLDYILGWP IPYINWRGLP ILRLNRLIRY KRVRNCLERT ETRSSMPNAF RVVVVVWYIV III HWNACL YFWISEWIGL GTDAWVYGHL NKQSLPDDIT DTLLRRYVYS FYWSTLILTT IGEVPSPVRN IEYAFVTLDL MCGV LIVAT IAGNVGSMIS NMSAARTEFQ NKMDGIKQYM ELRKVSKQLE IRVIKWFDYL WTNKQSLSDQ QVLKVLPDKL QAEIA MQVH FETLRKVRIF QDCEAGLLAE LVLKLQLQVF SPGDFICKKG DIGREMYIVK RGRLQVVDDD GKKVFVTLQE GSVFGE LSI LNIAGSKNGN RRTANVRSVG YTDLFVLSKT DLWNALREYP DARKLLLAKG REILKKDNLL DENAPEEQKT VEEIAEH LN NAVKVLQTRM ARLIVEHSST EGKLMKRIEM LEKHLSRYKA LARRQKTMHG VSIDGGDIST DGVDERVRPP RLRQTKTI D LPTGTESESL LK |
-分子 #2: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子 | 名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 28 / 式: CPL |
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分子量 | 理論値: 758.06 Da |
Chemical component information | ChemComp-CPL: |
-分子 #3: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: PX2 |
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分子量 | 理論値: 535.671 Da |
Chemical component information | ChemComp-PX2: |
-分子 #4: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 56.45 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |