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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21532 | |||||||||
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タイトル | Native Mayaro virus cryo EM map, resolution 4.8 Angstroms | |||||||||
マップデータ | masked not sharpened | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mayaro virus (マヤロウイルス) / Mayaro virus (strain Brazil) (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Miller AS / Kuhn RJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2020 タイトル: Human mAbs Broadly Protect against Arthritogenic Alphaviruses by Recognizing Conserved Elements of the Mxra8 Receptor-Binding Site. 著者: Laura A Powell / Andrew Miller / Julie M Fox / Nurgun Kose / Thomas Klose / Arthur S Kim / Robin Bombardi / Rashika N Tennekoon / A Dharshan de Silva / Robert H Carnahan / Michael S Diamond / ...著者: Laura A Powell / Andrew Miller / Julie M Fox / Nurgun Kose / Thomas Klose / Arthur S Kim / Robin Bombardi / Rashika N Tennekoon / A Dharshan de Silva / Robert H Carnahan / Michael S Diamond / Michael G Rossmann / Richard J Kuhn / James E Crowe / 要旨: Mosquito inoculation of humans with arthritogenic alphaviruses results in a febrile syndrome characterized by debilitating musculoskeletal pain and arthritis. Despite an expanding global disease ...Mosquito inoculation of humans with arthritogenic alphaviruses results in a febrile syndrome characterized by debilitating musculoskeletal pain and arthritis. Despite an expanding global disease burden, no approved therapies or licensed vaccines exist. Here, we describe human monoclonal antibodies (mAbs) that bind to and neutralize multiple distantly related alphaviruses. These mAbs compete for an antigenic site and prevent attachment to the recently discovered Mxra8 alphavirus receptor. Three cryoelectron microscopy structures of Fab in complex with Ross River (RRV), Mayaro, or chikungunya viruses reveal a conserved footprint of the broadly neutralizing mAb RRV-12 in a region of the E2 glycoprotein B domain. This mAb neutralizes virus in vitro by preventing virus entry and spread and is protective in vivo in mouse models. Thus, the RRV-12 mAb and its defined epitope have potential as a therapeutic agent or target of vaccine design against multiple emerging arthritogenic alphavirus infections. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21532.map.gz | 280.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21532-v30.xml emd-21532.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21532.png | 255.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21532.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_21532_half_map_1.map.gz emd_21532_half_map_2.map.gz | 125.8 MB 125.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21532 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21532 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21532.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | masked not sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map not sharpened
ファイル | emd_21532_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map not sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map not sharpened
ファイル | emd_21532_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map not sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Native Mayaro Virus
全体 | 名称: Native Mayaro Virus |
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要素 |
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-超分子 #1: Native Mayaro Virus
超分子 | 名称: Native Mayaro Virus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Mayaro virus
超分子 | 名称: Mayaro virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mayaro virus (マヤロウイルス) |
-分子 #1: Spike glycoprotein E1
分子 | 名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mayaro virus (strain Brazil) (ウイルス) / 株: Brazil |
分子量 | 理論値: 41.612867 KDa |
組換発現 | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
配列 | 文字列: YEHTAIIPNQ VGFPYKAHVA REGYSPLTLQ MQVIETSLEP TLNLEYITCD YKTKVPSPYV KCCGTAECRT QDKPEYKCAV FTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQMSEAYVE RADVCKHDHA AAYRAHTASL RAKIKVTYGT VNQTVEAYVN GDHAVTIAGT K FIFGPVST ...文字列: YEHTAIIPNQ VGFPYKAHVA REGYSPLTLQ MQVIETSLEP TLNLEYITCD YKTKVPSPYV KCCGTAECRT QDKPEYKCAV FTGVYPFMW GGAYCFCDSE NTQMSEAYVE RADVCKHDHA AAYRAHTASL RAKIKVTYGT VNQTVEAYVN GDHAVTIAGT K FIFGPVST PWTPFDTKIL VYKGELYNQD FPRYGAGQPG RFGDIQSRTL DSRDLYANTG LKLARPAAGN IHVPYTQTPS GF KTWQKDR DSPLNAKAPF GCIIQTNPVR AMNCAVGNIP VSMDIADSAF TRLTDAPVIS ELTCTVSTCT HSSDFGGIAV LSY KVEKSG RCDIHSHSNV AVLQEVSIET EGRSVIHFST ASASPSFVVS VCSSRATCTA KCEP UniProtKB: Structural polyprotein |
-分子 #2: Spike glycoprotein E2
分子 | 名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mayaro virus (strain Brazil) (ウイルス) / 株: Brazil |
分子量 | 理論値: 38.041957 KDa |
組換発現 | 生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ) |
配列 | 文字列: STANHFNAYK LTRPYVAYCA DCGMGHSCHS PAMIENIQAD ATDGTLKIQF ASQIGLTKTD THDHTKIRYA EGHDIAEAAR STLKVHSSS ECTVTGTMGH FILAKCPPGE RISVSFVDSK NEHRTCRIAY HHEQRLIGRE RFTVRPHHGI ELPCTTYQLT T AETSEEID ...文字列: STANHFNAYK LTRPYVAYCA DCGMGHSCHS PAMIENIQAD ATDGTLKIQF ASQIGLTKTD THDHTKIRYA EGHDIAEAAR STLKVHSSS ECTVTGTMGH FILAKCPPGE RISVSFVDSK NEHRTCRIAY HHEQRLIGRE RFTVRPHHGI ELPCTTYQLT T AETSEEID MHMPPDIPDR TILSQQSGNV KITVNGRTVR YSSSCGSQAV GTTTTDKTIN SCTVDKCQAY VTSHTKWQFN SP FVPRRMQ AERKGKVHIP FPLINTTCRV PLAPEALVRS GKREATLSLH PIHPTLLSYR TFGAERVFDE QWITAQTEVT IPV PVEGVE YQWGNHKPQR FVVA UniProtKB: Structural polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: C-flat / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 18410 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6w2u: |