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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21397 | |||||||||
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タイトル | Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein, N-terminal domain deletion, expressed in Sf9 cells and negatively stained | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kirchdoerfer RN / Martini O / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2021 タイトル: Structure and immune recognition of the porcine epidemic diarrhea virus spike protein. 著者: Robert N Kirchdoerfer / Mahesh Bhandari / Olnita Martini / Leigh M Sewall / Sandhya Bangaru / Kyoung-Jin Yoon / Andrew B Ward / 要旨: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an alphacoronavirus responsible for significant morbidity and mortality in pigs. A key determinant of viral tropism and entry, the PEDV spike protein is a ...Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) is an alphacoronavirus responsible for significant morbidity and mortality in pigs. A key determinant of viral tropism and entry, the PEDV spike protein is a key target for the host antibody response and a good candidate for a protein-based vaccine immunogen. We used electron microscopy to evaluate the PEDV spike structure, as well as pig polyclonal antibody responses to viral infection. The structure of the PEDV spike reveals a configuration similar to that of HuCoV-NL63. Several PEDV protein-protein interfaces are mediated by non-protein components, including a glycan at Asn264 and two bound palmitoleic acid molecules. The polyclonal antibody response to PEDV infection shows a dominance of epitopes in the S1 region. This structural and immune characterization provides insights into coronavirus spike stability determinants and explores the immune landscape of viral spike proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21397.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21397-v30.xml emd-21397.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21397_fsc.xml | 3.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21397.png | 59.6 KB | ||
マスクデータ | emd_21397_msk_1.map | 3.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_21397_half_map_1.map.gz emd_21397_half_map_2.map.gz | 2.4 MB 2.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21397 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21397 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21397_validation.pdf.gz | 386 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21397_full_validation.pdf.gz | 385.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21397_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21397 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21397 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21397.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_21397_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_21397_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_21397_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Porcine epidemic diarrhea virus spike protein with a deletion of ...
全体 | 名称: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein with a deletion of the N-terminal domain 0 |
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要素 |
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-超分子 #1: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein with a deletion of ...
超分子 | 名称: Porcine epidemic diarrhea virus spike protein with a deletion of the N-terminal domain 0 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinantly expressed in Sf9 cells using baculovirus |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) 株: 13-019349 |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: Sf9 / 組換プラスミド: pFastBac |
分子量 | 実験値: 600 KDa |
-分子 #1: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein
分子 | 名称: Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) spike protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: LPQDVTRCSA NTNFRTANCI GYAANVFATE PNGHIPEGFS FN NWFLLSN DSTLVHGKVV SNQPLLVNCL LAIPKIYGLG QFFSFNQTID GVCNGAAVQR APE ALRFNI NDISVILAEG SIVLHTALGT NFSFVCSNSS NPHLATFAIP LGATQVPYYC FLKV DTYNS ...文字列: LPQDVTRCSA NTNFRTANCI GYAANVFATE PNGHIPEGFS FN NWFLLSN DSTLVHGKVV SNQPLLVNCL LAIPKIYGLG QFFSFNQTID GVCNGAAVQR APE ALRFNI NDISVILAEG SIVLHTALGT NFSFVCSNSS NPHLATFAIP LGATQVPYYC FLKV DTYNS TVYKFLAVLP PTVREIVITK YGDVYVNGFG YLHLGLLDAV TINFTGHGTD DDVSG FWTI ASTNFVDALI EVQGTAIQRI LYCDDPVSQL KCSQVAFDLD DGFYTISSRN LLSHEQ PIS FVTLPSFNDH SFVNITVSAS FGGHSGANLI ASDTTINGFS SFCVDTRQFT ISLFYNV TN SYGYVSKSQD SNCPFTLQSV NDYLSFSKFC VSTSLLASAC TIDLFGYPEF GSGVKFTS L YFQFTKGELI TGTPKPFEGV TDVSFMTLDV CTKYTIYGFK GEGIITLTNS SFLAGVYYT SDSGQLLAFK NVTSGAVYSV TPCSFSEQAA YVDDDIVGVI SSLSSSTFNS TRELPGFFYH SNDGSNCTE PVLVYSNIGV CKSGSIGYVP SQSGQVKIAP TVTGNISIPT NFSMSIRTEY L QLYNTPVS VDCATYVCNG NSRCKQLLTQ YTAACKTIES ALQLSARLES VEVNSMLTIS DE ALQLATI SSFNGDGYNF TNVLGVSVYD PASGRVVQKR SFIEDLLFNK VVTNGLGTVD EDY KRCSNG RSVADLVCAQ YYSGVMVLPG VVDAEKLHMY SASLIGGMVL GGFTSAAALP FSYA VQARL NYLALQTDVL QRNQQLLAES FNSAIGNITS AFESVKEAIS QTSKGLNTVA HALTK VQEV VNSQGAALTQ LTVQLQHNFQ AISSSIDDIY SRLDILSADA QVDRLITGRL SALNAF VAQ TLTKYTEVQA SRKLAQQKVN ECVKSQSQRY GFCGGDGEHI FSLVQAAPQG LLFLHTV LV PSDFVDVIAI AGLCVNDEIA LTLREPGLVL FTHELQNHTA TEYFVSSRRM FEPRKPTV S DFVQIESCVV TYVNLTRDQL PDVIPDYIDV NKTLDEILAS LPNRTGPSLP LDVFNATYL NLTGEIADLE QRSESLRNTT EELQSLIYNI NNTLVDLEWL NRVETGSGYI PEAPRDGQAY VRKDGEWVL LSTFLENLYF QGGHHHHHHA WSHPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate | ||||||
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-64 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |