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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21347 | |||||||||
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タイトル | Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement) | |||||||||
マップデータ | Mammalian rat brain V-ATPase with SidK bound, focused refinement of the soluble V1 region conformational state 3 | |||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein complex / rotary atpase / PROTON TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / clathrin-coated vesicle membrane ...Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Insulin receptor recycling / cellular response to increased oxygen levels / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / protein localization to cilium / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / microvillus / cilium assembly / transmembrane transporter complex / H+-transporting two-sector ATPase / ATP metabolic process / ruffle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / secretory granule / cilium / synaptic vesicle membrane / melanosome / ATPase binding / intracellular iron ion homeostasis / endosome / apical plasma membrane / centrosome / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Abbas YM / Rubinstein JL | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of V-ATPase from the mammalian brain. 著者: Yazan M Abbas / Di Wu / Stephanie A Bueler / Carol V Robinson / John L Rubinstein / 要旨: In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes ...In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes possess numerous subunit isoforms, which complicates their analysis. We isolated homogeneous rat brain V-ATPase through its interaction with SidK, a effector protein. Cryo-electron microscopy allowed the construction of an atomic model, defining the enzyme's ATP:proton ratio as 3:10 and revealing a homolog of yeast subunit f in the membrane region, which we tentatively identify as RNAseK. The c ring encloses the transmembrane anchors for cleaved ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR, the latter of which is the (pro)renin receptor that, in other contexts, is involved in both Wnt signaling and the renin-angiotensin system that regulates blood pressure. This structure shows how ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR enable assembly of the enzyme's catalytic and membrane regions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21347.map.gz | 141.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21347-v30.xml emd-21347.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21347.png | 68.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21347.cif.gz | 6.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21347 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21347 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21347_validation.pdf.gz | 575.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21347_full_validation.pdf.gz | 574.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21347_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21347_validation.cif.gz | 7.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21347 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21347 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6vqbMC 6vq6C 6vq7C 6vq8C 6vq9C 6vqaC 6vqcC 6vqgC 6vqhC 6vqiC 6vqjC 6vqkC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mammalian rat brain V-ATPase with SidK bound, focused refinement of the soluble V1 region conformational state 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Soluble region of rat brain V-ATPase composed of subunits A, B2, ...
全体 | 名称: Soluble region of rat brain V-ATPase composed of subunits A, B2, D, E1, G2, and the Legionella pneumophila effector protein SidK. |
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要素 |
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-超分子 #1: Soluble region of rat brain V-ATPase composed of subunits A, B2, ...
超分子 | 名称: Soluble region of rat brain V-ATPase composed of subunits A, B2, D, E1, G2, and the Legionella pneumophila effector protein SidK. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: ATPase H+-transporting V1 subunit A
分子 | 名称: ATPase H+-transporting V1 subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 68.341836 KDa |
配列 | 文字列: MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DIKWEFIPSK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML ...文字列: MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DIKWEFIPSK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML PPRSRGSVTY IAPPGNYDAS DVVLELEFEG VKEKLSMVQV WPVRQVRPVT EKLPANHPLL TGQRVLDALF PC VQGGTTA IPGAFGCGKT VISQSLSKYS NSDVIIYVGC GERGNEMSEV LRDFPELTME VDGKVESIMK RTALVANTSN MPV AAREAS IYTGITLSEY FRDMGYHVSM MADSTSRWAE ALREISGRLA EMPADSGYPA YLGARLASFY ERAGRVKCLG NPER EGSVS IVGAVSPPGG DFSDPVTSAT LGIVQVFWGL DKKLAQRKHF PSVNWLISYS KYMRALDEYY DKHFTEFVPL RTKAK EILQ EEEDLAEIVQ LVGKASLAET DKITLEVAKL IKDDFLQQNG YTPYDRFCPF YKTVGMLSNM ISFYDMARRA VETTAQ SDN KITWSIIREH MGEILYKLSS MKFKDPVKDG EAKIKADYAQ LLEDMQNAFR SLED UniProtKB: H(+)-transporting two-sector ATPase |
-分子 #2: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 56.61157 KDa |
配列 | 文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TGGPMAGARE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE ...文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TGGPMAGARE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE MIQTGISAID GMNSIARGQK IPIFSAAGLP HNEIAAQICR QAGLVKKSKD VVDYSEENFA IVFAAMGVNM ET ARFFKSD FEENGSMDNV CLFLNLANDP TIERIITPRL ALTTAEFLAY QCEKHVLVIL TDMSSYAEAL REVSAAREEV PGR RGFPGY MYTDLATIYE RAGRVEGRNG SITQIPILTM PNDDITHPIP DLTGYITEGQ IYVDRQLHNR QIYPPINVLP SLSR LMKSA IGEGMTRKDH ADVSNQLYAC YAIGKDVQAM KAVVGEEALT SDDLLYLEFL QKFEKNFITQ GPYENRTVYE TLDIG WQLL RIFPKEMLKR IPQSTLSEFY PRDSAKH UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform |
-分子 #3: ATPase H+-transporting V1 subunit D
分子 | 名称: ATPase H+-transporting V1 subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 28.35902 KDa |
配列 | 文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR ...文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR VNAIEHVIIP RIERTLAYII TELDEREREE FYRLKKIQEK KKIIKEKSEK DLERRRAAGE VMEPANLLAE EK DEDLLFE UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D |
-分子 #4: V-type proton ATPase subunit E 1
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit E 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 26.167453 KDa |
配列 | 文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPMYKIAT K KDVDVQID ...文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPMYKIAT K KDVDVQID LEAYLPEDIA GGVEIYNGDR KIKVSNTLES RLDLIAQQMM PEVRGALFGA NANRKFLD UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E 1 |
-分子 #5: V-type proton ATPase subunit G
分子 | 名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 13.690476 KDa |
配列 | 文字列: MASQSQGIQQ LLQAEKRAAE KVADARKRKA RRLKQAKEEA QMEVEQYRRE REQEFQSKQQ AAMGSQGNLS AEVEQATRRQ VQGMQSSQQ RNRERVLTQL LGMVCDVRPQ VHPNYRITV UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G |
-分子 #6: Uncharacterized protein
分子 | 名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 |
分子量 | 理論値: 34.693605 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GMSFIKVGIK MGGLTSEQYH SQVVGKIGYI ARCMQTIDPE NNLKKIREDY QDVLIWAEKN YRFEEILEAS KSGKCPNDLD ALSRRSLIL QELLRLVSSI SPFKMKLDLI ESQYEKMKQH VNLWKSDYHV KLNQLNQLTD YLKNAAPTPK NNFLRAMTSV L QMQIAQYG ...文字列: GMSFIKVGIK MGGLTSEQYH SQVVGKIGYI ARCMQTIDPE NNLKKIREDY QDVLIWAEKN YRFEEILEAS KSGKCPNDLD ALSRRSLIL QELLRLVSSI SPFKMKLDLI ESQYEKMKQH VNLWKSDYHV KLNQLNQLTD YLKNAAPTPK NNFLRAMTSV L QMQIAQYG ITEDNEGINQ LFKLGLHLLA MANEKIDEQY HLFKGYVKDQ PEESPFEGIL PAEDQKILVK TMIDYAMPKL SS KVLQDKL SALSSSDVLT KTLLDSIDRI VKENEKLNAL SKDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDK UniProtKB: Type IV secretion protein Dot |
-分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 79654 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |