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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21172 | |||||||||
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タイトル | De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn10 | |||||||||
![]() | T33_dn10 Nanoparticle Map | |||||||||
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生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Antanasijevic A / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Tailored design of protein nanoparticle scaffolds for multivalent presentation of viral glycoprotein antigens. 著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun ...著者: George Ueda / Aleksandar Antanasijevic / Jorge A Fallas / William Sheffler / Jeffrey Copps / Daniel Ellis / Geoffrey B Hutchinson / Adam Moyer / Anila Yasmeen / Yaroslav Tsybovsky / Young-Jun Park / Matthew J Bick / Banumathi Sankaran / Rebecca A Gillespie / Philip Jm Brouwer / Peter H Zwart / David Veesler / Masaru Kanekiyo / Barney S Graham / Rogier W Sanders / John P Moore / Per Johan Klasse / Andrew B Ward / Neil P King / David Baker / ![]() ![]() 要旨: Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self- ...Multivalent presentation of viral glycoproteins can substantially increase the elicitation of antigen-specific antibodies. To enable a new generation of anti-viral vaccines, we designed self-assembling protein nanoparticles with geometries tailored to present the ectodomains of influenza, HIV, and RSV viral glycoprotein trimers. We first designed trimers tailored for antigen fusion, featuring N-terminal helices positioned to match the C termini of the viral glycoproteins. Trimers that experimentally adopted their designed configurations were incorporated as components of tetrahedral, octahedral, and icosahedral nanoparticles, which were characterized by cryo-electron microscopy and assessed for their ability to present viral glycoproteins. Electron microscopy and antibody binding experiments demonstrated that the designed nanoparticles presented antigenically intact prefusion HIV-1 Env, influenza hemagglutinin, and RSV F trimers in the predicted geometries. This work demonstrates that antigen-displaying protein nanoparticles can be designed from scratch, and provides a systematic way to investigate the influence of antigen presentation geometry on the immune response to vaccination. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 96.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 190.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 80.7 MB 80.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | T33_dn10 Nanoparticle Map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: T33 dn10 Nanoparticle - Halfmap 1
ファイル | emd_21172_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | T33_dn10 Nanoparticle - Halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: T33 dn10 Nanoparticle - Halfmap 2
ファイル | emd_21172_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | T33_dn10 Nanoparticle - Halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn10
全体 | 名称: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn10 |
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要素 |
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-超分子 #1: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn10
超分子 | 名称: De novo designed tetrahedral nanoparticle T33_dn10 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Self-assembling nanoparticle with tetrahedral symmetry |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 546 KDa |
-分子 #1: T33_dn10A
分子 | 名称: T33_dn10A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 14.082408 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGEEAELAYL LGELAYKLGE YRIAIRAYRI ALKRDPNNAE AWYNLGNAYY KQGDYDEAIE YYQKALELDP NNAEAWYNLG NAYYKQGDY DEAIEYYEKA LELDPENLEA LQNLLNAMDK QG |
-分子 #2: T33_dn10B
分子 | 名称: T33_dn10B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 31.46683 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MIEEVVAEMI DILAESSKKS IEELARAADN KTTEKAVAEA IEEIARLATA AIQLIEALAK NLASEEFMAR AISAIAELAK KAIEAIYRL ADNHTTDTFM ARAIAAIANL AVTAILAIAA LASNHTTEEF MARAISAIAE LAKKAIEAIY RLADNHTTDK F MAAAIEAI ...文字列: MIEEVVAEMI DILAESSKKS IEELARAADN KTTEKAVAEA IEEIARLATA AIQLIEALAK NLASEEFMAR AISAIAELAK KAIEAIYRL ADNHTTDTFM ARAIAAIANL AVTAILAIAA LASNHTTEEF MARAISAIAE LAKKAIEAIY RLADNHTTDK F MAAAIEAI ALLATLAILA IALLASNHTT EKFMARAIMA IAILAAKAIE AIYRLADNHT SPTYIEKAIE AIEKIARKAI KA IEMLAKN ITTEEYKEKA KKIIDIIRKL AKMAIKKLED NRTLEHHHHH H |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 4.2 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: TBS buffer, 0.2um filtered, 0.06mM DDM detergent added immediately before freezing | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 0.06mM DDM detergent (from an 8X stock) added immediately before freezing. | |||||||||
詳細 | Nanoparticles are generated by co-expression of two components (A and B) in E coli. Assembled particles are purified using a combination of Ni-affinity chromatography and gel-filtration chromatography. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 90.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 502 / 平均電子線量: 50.4 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Tetrahedral nanoparticle T33_dn10 model was docked into the reconstructed map using UCSF Chimera. The model was then relaxed using a combination of Rosetta relaxed refinement and manual refinement in Coot. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-6vfh: |