+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20959 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the mechanosensitive channel MscS reconstituted into peptidiscs | |||||||||
マップデータ | mechanosensitive channel MscS reconstituted into peptidiscs | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | membrane protein / mechanosensitive channels / MscS / membrane mimetic / peptidisc / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intracellular water homeostasis / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / protein homooligomerization / transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Angiulli G / Walz T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: New approach for membrane protein reconstitution into peptidiscs and basis for their adaptability to different proteins. 著者: Gabriella Angiulli / Harveer Singh Dhupar / Hiroshi Suzuki / Irvinder Singh Wason / Franck Duong Van Hoa / Thomas Walz / 要旨: Previously we introduced peptidiscs as an alternative to detergents to stabilize membrane proteins in solution (Carlson et al., 2018). Here, we present 'on-gradient' reconstitution, a new gentle ...Previously we introduced peptidiscs as an alternative to detergents to stabilize membrane proteins in solution (Carlson et al., 2018). Here, we present 'on-gradient' reconstitution, a new gentle approach for the reconstitution of labile membrane-protein complexes, and used it to reconstitute reaction center complexes, demonstrating that peptidiscs can adapt to transmembrane domains of very different sizes and shapes. Using the conventional 'on-bead' approach, we reconstituted proteins MsbA and MscS and find that peptidiscs stabilize them in their native conformation and allow for high-resolution structure determination by cryo-electron microscopy. The structures reveal that peptidisc peptides can arrange around transmembrane proteins differently, thus revealing the structural basis for why peptidiscs can stabilize such a large variety of membrane proteins. Together, our results establish the gentle and easy-to-use peptidiscs as a potentially universal alternative to detergents as a means to stabilize membrane proteins in solution for structural and functional studies. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20959.map.gz | 49.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-20959-v30.xml emd-20959.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_20959_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_20959.png | 56.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20959.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20959 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20959 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20959_validation.pdf.gz | 573.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_20959_full_validation.pdf.gz | 573.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20959_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20959_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20959 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20959 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | mechanosensitive channel MscS reconstituted into peptidiscs | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Small-conductance mechanosensitive channel MscS
全体 | 名称: Small-conductance mechanosensitive channel MscS |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Small-conductance mechanosensitive channel MscS
超分子 | 名称: Small-conductance mechanosensitive channel MscS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Small-conductance mechanosensitive channel
分子 | 名称: Small-conductance mechanosensitive channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 33.094258 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEDLNVVDSI NGAGSWLVAN QALLLSYAVN IVAALAIIIV GLIIARMISN AVNRLMISRK IDATVADFL SALVRYGIIA FTLIAALGRV GVQTASVIAV LGAAGLAVGL ALQGSLSNLA AGVLLVMFRP FRAGEYVDLG G VAGTVLSV ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEDLNVVDSI NGAGSWLVAN QALLLSYAVN IVAALAIIIV GLIIARMISN AVNRLMISRK IDATVADFL SALVRYGIIA FTLIAALGRV GVQTASVIAV LGAAGLAVGL ALQGSLSNLA AGVLLVMFRP FRAGEYVDLG G VAGTVLSV QIFSTTMRTA DGKIIVIPNG KIIAGNIINF SREPVRRNEF IIGVAYDSDI DQVKQILTNI IQSEDRILKD RE MTVRLNE LGASSINFVV RVWSNSGDLQ NVYWDVLERI KREFDAAGIS FPYPQMDVNF KRVKEDKAA UniProtKB: Small-conductance mechanosensitive channel |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
| |||||||||
糖包埋 | 材質: vitreous ice | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |