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- PDB-4hw9: Crystal Structure of Helicobacter pylori MscS (Closed State) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hw9
タイトルCrystal Structure of Helicobacter pylori MscS (Closed State)
要素Mechanosensitive channel MscS
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mechanosensitive Channel / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic ion channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mechanosensitive ion channel MscS, archaea/bacteria type / : / : / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel, transmembrane helices 2/3 / Mechanosensitive ion channel MscS, C-terminal / Mechanosensitive ion channel MscS, transmembrane-2 / Mechanosensitive ion channel MscS / Mechanosensitive ion channel, beta-domain / Mechanosensitive ion channel MscS, beta-domain superfamily / LSM domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mechanosensitive channel MscS
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.14 Å
データ登録者Lai, J.Y. / Poon, Y.S. / Kaiser, J. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: Open and shut: crystal structures of the dodecylmaltoside solubilized mechanosensitive channel of small conductance from Escherichia coli and Helicobacter pylori at 4.4 angstrom and 4.1 ...タイトル: Open and shut: crystal structures of the dodecylmaltoside solubilized mechanosensitive channel of small conductance from Escherichia coli and Helicobacter pylori at 4.4 angstrom and 4.1 angstrom resolutions.
著者: Lai, J.Y. / Poon, Y.S. / Kaiser, J.T. / Rees, D.C.
履歴
登録2012年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mechanosensitive channel MscS
B: Mechanosensitive channel MscS
C: Mechanosensitive channel MscS
D: Mechanosensitive channel MscS
E: Mechanosensitive channel MscS
F: Mechanosensitive channel MscS
G: Mechanosensitive channel MscS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,7727
ポリマ－240,7727
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40820 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area83580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.920, 143.100, 178.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )
21chain B and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )
31chain C and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )
41chain D and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )
51chain E and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )
61chain F and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )
71chain G and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEGLYGLYchain 'A' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )AA18 - 23542 - 259
12VALVALGLNGLNchain 'A' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )AA239 - 270263 - 294
21PHEPHEGLYGLYchain 'B' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )BB18 - 23542 - 259
22VALVALGLNGLNchain 'B' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )BB239 - 270263 - 294
31PHEPHEGLYGLYchain 'C' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )CC18 - 23542 - 259
32VALVALGLNGLNchain 'C' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )CC239 - 270263 - 294
41PHEPHEGLYGLYchain 'D' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )DD18 - 23542 - 259
42VALVALGLNGLNchain 'D' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )DD239 - 270263 - 294
51PHEPHEGLYGLYchain 'E' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )EE18 - 23542 - 259
52VALVALGLNGLNchain 'E' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )EE239 - 270263 - 294
61PHEPHEGLYGLYchain 'F' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )FF18 - 23542 - 259
62VALVALGLNGLNchain 'F' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )FF239 - 270263 - 294
71PHEPHEGLYGLYchain 'G' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )GG18 - 23542 - 259
72VALVALGLNGLNchain 'G' and (resseq 18:235 or resseq 239:270 )GG239 - 270263 - 294

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要素

#1: タンパク質
Mechanosensitive channel MscS


分子量: 34395.980 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: MscS / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: E8QGV2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM citrate pH 5.0, 200 mM lithium chloride, 28% PEG 400, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年3月18日 / 詳細: K-B Focusing Mirrors
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal, Si 111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.14→46.081 Å / Num. all: 22495 / Num. obs: 20129 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 4.14→4.25 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.755 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.755 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.14→44.563 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3044 1036 5.15 %
Rwork0.2441 --
obs0.2469 20129 88.23 %
all-22495 -
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.14→44.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13797 0 0 0 13797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02314007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.76618949
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8665075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1452352
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0162331
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1944X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.11
12B1944X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.11
13C1944X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.118
14D1944X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.107
15E1944X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.116
16F1944X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.118
17G1944X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.107
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.1401-4.35810.42391230.32182356X-RAY DIFFRACTION78
4.3581-4.63090.31481400.24252507X-RAY DIFFRACTION83
4.6309-4.98810.29751340.20182579X-RAY DIFFRACTION84
4.9881-5.48920.32411530.20372675X-RAY DIFFRACTION87
5.4892-6.28160.32341550.23792804X-RAY DIFFRACTION91
6.2816-7.9070.32281690.24543008X-RAY DIFFRACTION97
7.907-44.56580.27661620.24953164X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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