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万見
- EMDB-20757: Negative stain 3D reconstruction of PilU with C1 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20757
タイトルNegative stain 3D reconstruction of PilU with C1 symmetry
マップデータNegative stain 3D reconstruction of PilU with C1 symmetry
試料
  • 複合体: Pil-U
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.6 Å
データ登録者Chlebek JL / Wang JC / Dalia AB
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR35GM128674 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesAI116566 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious DiseasesAI118863 米国
引用ジャーナル: PLoS Genet / 年: 2019
タイトル: PilT and PilU are homohexameric ATPases that coordinate to retract type IVa pili.
著者: Jennifer L Chlebek / Hannah Q Hughes / Aleksandra S Ratkiewicz / Rasman Rayyan / Joseph Che-Yen Wang / Brittany E Herrin / Triana N Dalia / Nicolas Biais / Ankur B Dalia /
要旨: Bacterial type IV pili are critical for diverse biological processes including horizontal gene transfer, surface sensing, biofilm formation, adherence, motility, and virulence. These dynamic ...Bacterial type IV pili are critical for diverse biological processes including horizontal gene transfer, surface sensing, biofilm formation, adherence, motility, and virulence. These dynamic appendages extend and retract from the cell surface. In many type IVa pilus systems, extension occurs through the action of an extension ATPase, often called PilB, while optimal retraction requires the action of a retraction ATPase, PilT. Many type IVa systems also encode a homolog of PilT called PilU. However, the function of this protein has remained unclear because pilU mutants exhibit inconsistent phenotypes among type IV pilus systems and because it is relatively understudied compared to PilT. Here, we study the type IVa competence pilus of Vibrio cholerae as a model system to define the role of PilU. We show that the ATPase activity of PilU is critical for pilus retraction in PilT Walker A and/or Walker B mutants. PilU does not, however, contribute to pilus retraction in ΔpilT strains. Thus, these data suggest that PilU is a bona fide retraction ATPase that supports pilus retraction in a PilT-dependent manner. We also found that a ΔpilU mutant exhibited a reduction in the force of retraction suggesting that PilU is important for generating maximal retraction forces. Additional in vitro and in vivo data show that PilT and PilU act as independent homo-hexamers that may form a complex to facilitate pilus retraction. Finally, we demonstrate that the role of PilU as a PilT-dependent retraction ATPase is conserved in Acinetobacter baylyi, suggesting that the role of PilU described here may be broadly applicable to other type IVa pilus systems.
履歴
登録2019年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月23日-
マップ公開2019年10月30日-
更新2019年10月30日-
現状2019年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0084
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0084
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20757.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain 3D reconstruction of PilU with C1 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.56 Å/pix.
x 160 pix.
= 249.6 Å		1.56 Å/pix.
x 160 pix.
= 249.6 Å		1.56 Å/pix.
x 160 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.56 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0084 / ムービー #1: 0.0084
最小 - 最大-0.02226781 - 0.07350547
平均 (標準偏差)0.00028666414 (±0.0037767317)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-79-79-79
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 249.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.561.561.56
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.600249.600249.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ307236
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-79-79-79
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.0220.0740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pil-U

全体名称: Pil-U
要素
  • 複合体: Pil-U

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超分子 #1: Pil-U

超分子名称: Pil-U / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: JLC398
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3)
分子量理論値: 410 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
詳細: 25 mM Tris, pH 8.5, 50 mM KCl, 10% glycerol, 1 mM EDTA, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate / 詳細: 1% w/v uranyl acetate, 0.5% w/v trehalose
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 詳細: unspecified
詳細The sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: SGD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 45204
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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