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- EMDB-20524: Cryo-EM structure of full-length IGF1R-IGF1 complex. Only the ext... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20524
タイトルCryo-EM structure of full-length IGF1R-IGF1 complex. Only the extracellular region of the complex is resolved.
マップデータfull-length IGF1R-IGF1 complex
試料
  • 複合体: Full-length MmIGF1R-HsIGF1 complex
    • 複合体: MmIGF1R
      • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor 1 receptor
    • 複合体: HsIGF1
      • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor I
キーワードIGF1R / IGF1 / SIGNALING PROTEIN-HORMONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / SHC-related events triggered by IGF1R / mitotic nuclear division / glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex ...Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / IRS-related events triggered by IGF1R / SHC-related events triggered by IGF1R / mitotic nuclear division / glycolate metabolic process / muscle hypertrophy / negative regulation of oocyte development / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / insulin-like growth factor binding protein complex / insulin-like growth factor ternary complex / proteoglycan biosynthetic process / negative regulation of cholangiocyte apoptotic process / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / myotube cell development / Extra-nuclear estrogen signaling / insulin-like growth factor receptor activity / positive regulation of steroid hormone biosynthetic process / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / negative regulation of neuroinflammatory response / Signaling by Type 1 Insulin-like Growth Factor 1 Receptor (IGF1R) / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / bone mineralization involved in bone maturation / insulin-like growth factor binding / IRS-related events triggered by IGF1R / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / exocytic vesicle / negative regulation of muscle cell apoptotic process / positive regulation of meiotic cell cycle / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / positive regulation of DNA metabolic process / mammary gland development / cell activation / positive regulation of developmental growth / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / male sex determination / exocrine pancreas development / prostate gland epithelium morphogenesis / insulin receptor complex / insulin receptor activity / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of protein-containing complex disassembly / myoblast differentiation / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / myoblast proliferation / muscle organ development / dendritic spine maintenance / negative regulation of interleukin-1 beta production / response to L-glutamate / adrenal gland development / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of DNA binding / establishment of cell polarity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of cytokinesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of axon regeneration / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of osteoblast proliferation / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / regulation of JNK cascade / negative regulation of tumor necrosis factor production / insulin receptor substrate binding / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of glycogen biosynthetic process / G-protein alpha-subunit binding / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / epidermis development / estrous cycle / negative regulation of MAPK cascade / SHC-related events triggered by IGF1R / positive regulation of osteoblast differentiation / phosphatidylinositol 3-kinase binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / insulin-like growth factor receptor binding / T-tubule / activation of protein kinase B activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of mitotic nuclear division / axonogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / cerebellum development / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / skeletal system development / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein secretion / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / animal organ morphogenesis / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / insulin receptor binding
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site ...Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor / Tyrosine-protein kinase, insulin-like receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor I / Insulin-like growth factor 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Li J / Choi E
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis of the activation of type 1 insulin-like growth factor receptor.
著者: Jie Li / Eunhee Choi / Hongtao Yu / Xiao-Chen Bai /
要旨: Type 1 insulin-like growth factor receptor (IGF1R) is a receptor tyrosine kinase that regulates cell growth and proliferation, and can be activated by IGF1, IGF2, and insulin. Here, we report the ...Type 1 insulin-like growth factor receptor (IGF1R) is a receptor tyrosine kinase that regulates cell growth and proliferation, and can be activated by IGF1, IGF2, and insulin. Here, we report the cryo-EM structure of full-length IGF1R-IGF1 complex in the active state. This structure reveals that only one IGF1 molecule binds the Γ-shaped asymmetric IGF1R dimer. The IGF1-binding site is formed by the L1 and CR domains of one IGF1R protomer and the α-CT and FnIII-1 domains of the other. The liganded α-CT forms a rigid beam-like structure with the unliganded α-CT, which hinders the conformational change of the unliganded α-CT required for binding of a second IGF1 molecule. We further identify an L1-FnIII-2 interaction that mediates the dimerization of membrane-proximal domains of IGF1R. This interaction is required for optimal receptor activation. Our study identifies a source of the negative cooperativity in IGF1 binding to IGF1R and reveals the structural basis of IGF1R activation.
履歴
登録2019年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月23日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pyh
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20524.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20524.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈full-length IGF1R-IGF1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å		1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å		1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.036028337 - 0.06711113
平均 (標準偏差)0.00027255915 (±0.0021795193)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z299.600299.600299.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.0360.0670.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length MmIGF1R-HsIGF1 complex

全体名称: Full-length MmIGF1R-HsIGF1 complex
要素
  • 複合体: Full-length MmIGF1R-HsIGF1 complex
    • 複合体: MmIGF1R
      • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor 1 receptor
    • 複合体: HsIGF1
      • タンパク質・ペプチド: Insulin-like growth factor I

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超分子 #1: Full-length MmIGF1R-HsIGF1 complex

超分子名称: Full-length MmIGF1R-HsIGF1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 336 KDa

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超分子 #2: MmIGF1R

超分子名称: MmIGF1R / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: HsIGF1

超分子名称: HsIGF1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Insulin-like growth factor 1 receptor

分子名称: Insulin-like growth factor 1 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 145.279906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EICGPGIDIR NDYQQLKRLE NCTVIEGFLH ILLISKAEDY RSYRFPKLTV ITEYLLLFRV AGLESLGDLF PNLTVIRGWK LFYNYALVI FEMTNLKDIG LYNLRNITRG AIRIEKNADL CYLSTIDWSL ILDAVSNNYI VGNKPPKECG DLCPGTLEEK P MCEKTTIN ...文字列:
EICGPGIDIR NDYQQLKRLE NCTVIEGFLH ILLISKAEDY RSYRFPKLTV ITEYLLLFRV AGLESLGDLF PNLTVIRGWK LFYNYALVI FEMTNLKDIG LYNLRNITRG AIRIEKNADL CYLSTIDWSL ILDAVSNNYI VGNKPPKECG DLCPGTLEEK P MCEKTTIN NEYNYRCWTT NRCQKMCPSV CGKRACTENN ECCHPECLGS CHTPDDNTTC VACRHYYYKG VCVPACPPGT YR FEGWRCV DRDFCANIPN AESSDSDGFV IHDDECMQEC PSGFIRNSTQ SMYCIPCEGP CPKVCGDEEK KTKTIDSVTS AQM LQGCTI LKGNLLINIR RGNNIASELE NFMGLIEVVT GYVKIRHSHA LVSLSFLKNL RLILGEEQLE GNYSFYVLDN QNLQ QLWDW NHRNLTVRSG KMYFAFNPKL CVSEIYRMEE VTGTKGRQSK GDINTRNNGE RASCESDVLR FTSTTTWKNR IIITW HRYR PPDYRDLISF TVYYKEAPFK NVTEYDGQDA CGSNSWNMVD VDLPPNKEGE PGILLHGLKP WTQYAVYVKA VTLTMV END HIRGAKSEIL YIRTNASVPS IPLDVLSASN SSSQLIVKWN PPTLPNGNLS YYIVRWQRQP QDGYLYRHNY CSKDKIP IR KYADGTIDVE EVTENPKTEV CGGDKGPCCA CPKTEAEKQA EKEEAEYRKV FENFLHNSIF VPRPERRRRD VMQVANTT M SSRSRNTTVA DTYNITDPEE FETEYPFFES RVDNKERTVI SNLRPFTLYR IDIHSCNHEA EKLGCSASNF VFARTMPAE GADDIPGPVT WEPRPENSIF LKWPEPENPN GLILMYEIKY GSQVEDQREC VSRQEYRKYG GAKLNRLNPG NYTARIQATS LSGNGSWTD PVFFYVPAKT TYENFMHLII ALPVAILLIV GGLVIMLYVF HRKRNNSRLG NGVLYASVNP EAFSAADVYV P DEWEVARE KITMNRELGQ GSFGMVYEGV AKGVVKDEPE TRVAIKTVNE AASMRERIEF LNEASVMKEF NCHHVVRLLG VV SQGQPTL VIMELMTRGD LKSYLRSLRP EVEQNNLVLI PPSLSKMIQM AGEIADGMAY LNANKFVHRN LAARNCMVAE DFT VKIGDF GMTRDIYETD YYRKGGKGLL PVRWMSPESL KDGVFTTHSD VWSFGVVLWE IATLAEQPYQ GLSNEQVLRF VMEG GLLDK PDNCPDMLFE LMRMCWQYNP KMRPSFLEII GSIKDEMEPS FQEVSFYYSE ENKPPEPGTS SGLEVLFQ

UniProtKB: Insulin-like growth factor 1 receptor

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分子 #2: Insulin-like growth factor I

分子名称: Insulin-like growth factor I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.663752 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GPETLCGAEL VDALQFVCGD RGFYFNKPTG YGSSSRRAPQ TGIVDECCFR SCDLRRLEMY CAPLKPAKSA

UniProtKB: Insulin-like growth factor I

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1431211
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: We used RELION to generate the initial model.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 51573
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6pyh:
Cryo-EM structure of full-length IGF1R-IGF1 complex. Only the extracellular region of the complex is resolved.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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