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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20309 | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure of yeast glucokinase filament | |||||||||
マップデータ | cryoEM structure of yeast glucokinase filament | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / glucokinase / Glycolysis / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / glucose import ...Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / glucokinase / Glycolysis / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / mannose metabolic process / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / glucose import / intracellular glucose homeostasis / Neutrophil degranulation / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Lynch EM / Dosey AM / Farrell DP / Stoddard PR / Kollman JM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Polymerization in the actin ATPase clan regulates hexokinase activity in yeast. 著者: Patrick R Stoddard / Eric M Lynch / Daniel P Farrell / Annie M Dosey / Frank DiMaio / Tom A Williams / Justin M Kollman / Andrew W Murray / Ethan C Garner / 要旨: The actin fold is found in cytoskeletal polymers, chaperones, and various metabolic enzymes. Many actin-fold proteins, such as the carbohydrate kinases, do not polymerize. We found that Glk1, a ...The actin fold is found in cytoskeletal polymers, chaperones, and various metabolic enzymes. Many actin-fold proteins, such as the carbohydrate kinases, do not polymerize. We found that Glk1, a glucokinase, forms two-stranded filaments with ultrastructure that is distinct from that of cytoskeletal polymers. In cells, Glk1 polymerized upon sugar addition and depolymerized upon sugar withdrawal. Polymerization inhibits enzymatic activity; the Glk1 monomer-polymer equilibrium sets a maximum rate of glucose phosphorylation regardless of Glk1 concentration. A mutation that eliminated Glk1 polymerization alleviated concentration-dependent enzyme inhibition. Yeast containing nonpolymerizing Glk1 were less fit when growing on sugars and more likely to die when refed glucose. Glk1 polymerization arose independently from other actin-related filaments and may allow yeast to rapidly modulate glucokinase activity as nutrient availability changes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20309.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20309-v30.xml emd-20309.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20309.png | 137.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20309 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20309_validation.pdf.gz | 326.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20309_full_validation.pdf.gz | 325.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20309_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20309_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20309 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20309 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20309.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryoEM structure of yeast glucokinase filament | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : glucokinase-1
全体 | 名称: glucokinase-1 |
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要素 |
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-超分子 #1: glucokinase-1
超分子 | 名称: glucokinase-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Glucokinase-1
分子 | 名称: Glucokinase-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glucokinase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 55.446258 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSFDDLHKAT ERAVIQAVDQ ICDDFEVTPE KLDELTAYFI EQMEKGLAPP KEGHTLASDK GLPMIPAFVT GSPNGTERGV LLAADLGGT NFRICSVNLH GDHTFSMEQM KSKIPDDLLD DENVTSDDLF GFLARRTLAF MKKYHPDELA KGKDAKPMKL G FTFSYPVD ...文字列: MSFDDLHKAT ERAVIQAVDQ ICDDFEVTPE KLDELTAYFI EQMEKGLAPP KEGHTLASDK GLPMIPAFVT GSPNGTERGV LLAADLGGT NFRICSVNLH GDHTFSMEQM KSKIPDDLLD DENVTSDDLF GFLARRTLAF MKKYHPDELA KGKDAKPMKL G FTFSYPVD QTSLNSGTLI RWTKGFRIAD TVGKDVVQLY QEQLSAQGMP MIKVVALTND TVGTYLSHCY TSDNTDSMTS GE ISEPVIG CIFGTGTNGC YMEEINKITK LPQELRDKLI KEGKTHMIIN VEWGSFDNEL KHLPTTKYDV VIDQKLSTNP GFH LFEKRV SGMFLGEVLR NILVDLHSQG LLLQQYRSKE QLPRHLTTPF QLSSEVLSHI EIDDSTGLRE TELSLLQSLR LPTT PTERV QIQKLVRAIS RRSAYLAAVP LAAILIKTNA LNKRYHGEVE IGCDGSVVEY YPGFRSMLRH ALALSPLGAE GERKV HLKI AKDGSGVGAA LCALVA |
-分子 #2: alpha-D-glucopyranose
分子 | 名称: alpha-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: GLC |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-GLC: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 90.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 60.1 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 120.4 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 56778 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION |