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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5x0n | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Regulatory domain of variant C227S AphB from Vibrio vulnificus | ||||||
Components | LysR family transcriptional regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / AphB / LysR-type / transcriptional regulator | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationsequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Vibrio vulnificus (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.993 Å | ||||||
Authors | Song, S. / Park, N. / Ha, N.-C. | ||||||
Citation | Journal: Mol. Cells / Year: 2017Title: Crystal Structure of the Regulatory Domain of AphB from Vibrio vulnificus, a Virulence Gene Regulator Authors: Park, N. / Song, S. / Choi, G. / Jang, K.K. / Jo, I. / Choi, S.H. / Ha, N.-C. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5x0n.cif.gz | 464.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5x0n.ent.gz | 388.1 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5x0n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5x0n_validation.pdf.gz | 480.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5x0n_full_validation.pdf.gz | 498.9 KB | Display | |
| Data in XML | 5x0n_validation.xml.gz | 40.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 5x0n_validation.cif.gz | 54.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/5x0n | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5fhkSC ![]() 5x0oC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 23386.916 Da / Num. of mol.: 6 / Fragment: UNP residues 88-291 / Mutation: C227S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio vulnificus (bacteria) / Gene: JS86_04620 / Plasmid: pPROEX-HTa / Production host: ![]() |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57.63 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.25M Potassium thiocynate (pH 7), 16% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9793 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 6, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.993→38.934 Å / Num. obs: 28983 / % possible obs: 97.2 % / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/av σ(I): 7.19 / Net I/σ(I): 7.19 |
| Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 1459 / % possible all: 90.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5FHK Resolution: 2.993→38.934 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / Phase error: 29.75
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.993→38.934 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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