+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1w6u | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of human DECR ternary complex | ||||||
要素 | 2,4-DIENOYL-COA REDUCTASE, MITOCHONDRIAL PRECURSOR | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / DIENOYL COA-REDUCTASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / BETA-OXIDATION / NADP / REDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing] / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / fatty acid beta-oxidation / catalytic complex / NADPH binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm ...2,4-dienoyl-CoA reductase [(3E)-enoyl-CoA-producing] / 2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) activity / mitochondrial fatty acid beta-oxidation of unsaturated fatty acids / fatty acid beta-oxidation / catalytic complex / NADPH binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Alphey, M.S. / Byres, E. / Li, D. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Structure and Reactivity of Human Mitochondrial 2,4-Dienoyl-Coa Reductase: Enzyme-Ligand Interactions in a Distinctive Short-Chain Reductase Active Site 著者: Alphey, M.S. / Yu, W. / Byres, E. / Li, D. / Hunter, W.N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1w6u.cif.gz | 244.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1w6u.ent.gz | 197.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1w6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1w6u_validation.pdf.gz | 3.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1w6u_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1w6u_validation.xml.gz | 54.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1w6u_validation.cif.gz | 72.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/1w6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/1w6u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32315.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COFACTOR (N) NADP SUBSTRATE (S) 2,4-HEXADIENOYL-COA / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Organelle: MITOCHONDRIAL / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q16698, 2,4-dienoyl-CoA reductase [(2E)-enoyl-CoA-producing] #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | ChemComp-HXC / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CATALYTIC ACTIVITY: TRANS-2,3-DIDEHYDROA | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
---|---|
結晶化 | pH: 7.4 / 詳細: pH 7.40 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.9756 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月7日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) OR SI(311) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9756 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 110749 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 90.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.75→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.03 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.29 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→70.71 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|