[日本語] English
万見
- PDB-1yuh: FAB FRAGMENT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yuh
タイトルFAB FRAGMENT
要素
  • 88C6/12 FAB (HEAVY CHAIN)
  • 88C6/12 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ANTI-NITROPHENOL / LAMBDA LIGHT CHAIN (Λ) / IMMUNOGLOBULIN (抗体)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Chem-NP / : / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yuhasz, S.C. / Amzel, L.M. / Parry, C. / Strand, M.
引用
ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1995
タイトル: Structural analysis of affinity maturation: the three-dimensional structures of complexes of an anti-nitrophenol antibody.
著者: Yuhasz, S.C. / Parry, C. / Strand, M. / Amzel, L.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of an Anti-4-Hydroxy-3-Nitrophenylacetic Acid Monoclonal Antibody Fab Fragment Complexed with Immunizing and Heteroclitic Haptens
著者: Yuhasz, S.C. / Ysern, X. / Strand, M. / Amzel, L.M.
履歴
登録1996年1月30日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年9月18日Group: Source and taxonomy
改定 1.42018年3月21日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_database_status
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: 88C6/12 FAB (LIGHT CHAIN)
H: 88C6/12 FAB (HEAVY CHAIN)
A: 88C6/12 FAB (LIGHT CHAIN)
B: 88C6/12 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8346
ポリマ－92,2134
非ポリマー6212
水724
1
L: 88C6/12 FAB (LIGHT CHAIN)
H: 88C6/12 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4173
ポリマ－46,1072
非ポリマー3101
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
2
A: 88C6/12 FAB (LIGHT CHAIN)
B: 88C6/12 FAB (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4173
ポリマ－46,1072
非ポリマー3101
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.200, 86.900, 131.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 88C6/12 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 22672.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 387376
#2: 抗体 88C6/12 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23434.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 3399661
#3: 化合物 ChemComp-NP / 4-HYDROXY-3-NITROPHENYLACETYL-EPSILON-AMINOCAPROIC ACID


分子量: 310.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N2O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IN THE NUMBERING SCHEME USED IN THIS ENTRY, THE LIGHT CHAIN RESIDUES FOR MOLECULE 1 ARE VL1 2 - ...IN THE NUMBERING SCHEME USED IN THIS ENTRY, THE LIGHT CHAIN RESIDUES FOR MOLECULE 1 ARE VL1 2 - 109, CL1 110 - 212 AND THE HEAVY CHAIN RESIDUES ARE VH1 1 - 117, CH1 118 - 218, RESPECTIVELY. MOLECULE 2 DEFINES THE LIGHT CHAIN RESIDUES AS VL2 2 - 109, CL2 110 - 212, AND HEAVY CHAIN RESIDUES AS VH2 1 - 117 AND CH2 118 - 218, RESPECTIVELY. THE WATERS ARE NUMBERED 990 - 994 AND THE 2 NITROPHENOL-EPSILON-AMINO CAPROIC MOLECULES LABELED AS NP ARE NUMBERED 995 AND 996.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.52 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Yuhasz, S.C., (1989) J.Mol.Biol., 209, 319.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
122 mg/mlFab1drop
220 mMsodium phosphate1reservoir
332 %(w/v)PEG34001reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 16470 / % possible obs: 70.3 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
精密化解像度: 3→6 Å / σ(F): 2
詳細: IN THE NUMBERING SCHEME USED IN THIS ENTRY, THE LIGHT CHAIN RESIDUES FOR MOLECULE 1 ARE VL1 2 - 109, CL1 110 - 212 AND THE HEAVY CHAIN RESIDUES ARE VH1 1 - 117, CH1 118 - 218, RESPECTIVELY. ...詳細: IN THE NUMBERING SCHEME USED IN THIS ENTRY, THE LIGHT CHAIN RESIDUES FOR MOLECULE 1 ARE VL1 2 - 109, CL1 110 - 212 AND THE HEAVY CHAIN RESIDUES ARE VH1 1 - 117, CH1 118 - 218, RESPECTIVELY. MOLECULE 2 DEFINES THE LIGHT CHAIN RESIDUES AS VL2 2 - 109, CL2 110 - 212, AND HEAVY CHAIN RESIDUES AS VH2 1 - 117 AND CH2 118 - 218, RESPECTIVELY. THE WATERS ARE NUMBERED 990 - 994 AND THE 2 NITROPHENOL-EPSILON-AMINO CAPROIC MOLECULES LABELED AS NP ARE NUMBERED 995 AND 996. RESIDUES NUMBERED 132 - 140 OF H AND B CHAINS WERE NOT FOUND IN THE ELECTRON DENSITY AND ARE PROBABLY DISORDERED.
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs0.19 10275
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6482 0 44 4 6530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg4.08
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る