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- PDB-1yrx: Structure of a novel photoreceptor: the BLUF domain of AppA from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1yrx
タイトルStructure of a novel photoreceptor: the BLUF domain of AppA from Rhodobacter sphaeroides
要素hypothetical protein Rsph03001874
キーワードTRANSCRIPTION / ferredoxin-like fold / flavin binding / photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能
: / : / AppA, four helix bundle / AppA, sensor containing heme instead of cobalamin / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Methionine synthase domain / Acylphosphatase-like domain superfamily ...: / : / AppA, four helix bundle / AppA, sensor containing heme instead of cobalamin / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Methionine synthase domain / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-DODECYL-N,N-DIMETHYLGLYCINATE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / AppA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Anderson, S. / Dragnea, V. / Masuda, S. / Ybe, J. / Moffat, K. / Bauer, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structure of a Novel Photoreceptor, the BLUF Domain of AppA from Rhodobacter sphaeroides
著者: Anderson, S. / Dragnea, V. / Masuda, S. / Ybe, J. / Moffat, K. / Bauer, C.
履歴
登録2005年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein Rsph03001874
B: hypothetical protein Rsph03001874
C: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,62512
ポリマ－40,6273
非ポリマー2,9989
水1,74797
1
A: hypothetical protein Rsph03001874
B: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8127
ポリマ－27,0852
非ポリマー1,7275
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子

C: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,62610
ポリマ－27,0852
非ポリマー2,5418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
3
C: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子

C: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子

A: hypothetical protein Rsph03001874
B: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,43817
ポリマ－54,1704
非ポリマー4,26813
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_554-x,-y,z-1/21
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25720 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area30900 Å2
手法PISA
4
A: hypothetical protein Rsph03001874
B: hypothetical protein Rsph03001874
C: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子

A: hypothetical protein Rsph03001874
B: hypothetical protein Rsph03001874
C: hypothetical protein Rsph03001874
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,25024
ポリマ－81,2556
非ポリマー5,99518
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.671, 98.671, 127.453
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological unit is a homodimer, A+B chains form one homodimer and the C chain half of a homodimer

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein Rsph03001874 / AppA BLUF domain


分子量: 13542.438 Da / 分子数: 3 / 断片: sequence database residues 17-133 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 (バクテリア)
生物種: Rhodobacter sphaeroides / 株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53119
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物
ChemComp-D9G / N-DODECYL-N,N-DIMETHYLGLYCINATE


分子量: 271.439 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H33NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG3350, ethyleneglycol, tris, DDMG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9, 0.97939, 0.97962, 0.96113
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.979391
30.979621
40.961131
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 28629 / Num. obs: 27558 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 24 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
XTALVIEW精密化
REFMAC5.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.273 1378 random
Rwork0.241 --
all0.243 27558 -
obs0.243 25947 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2696 0 169 97 2962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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