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万見
- PDB-1xz3: Complex of apoferritin with isoflurane -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xz3
タイトルComplex of apoferritin with isoflurane
要素Ferritin light chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / 4-helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


: / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-ICF / Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Liu, R. / Loll, P.J. / Eckenhoff, R.G.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for high-affinity volatile anesthetic binding in a natural 4-helix bundle protein.
著者: Liu, R. / Loll, P.J. / Eckenhoff, R.G.
履歴
登録2004年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Author states that residue 93 is indeed a LEU.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8449
ポリマ－19,8721
非ポリマー9718
水3,423190
1
A: Ferritin light chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)500,251216
ポリマ－476,93824
非ポリマー23,313192
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area98530 Å2
ΔGint-461 kcal/mol
Surface area132280 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)181.510, 181.510, 181.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1001-

CD

21A-1002-

CD

詳細Biological unit is 24-mer: x,y,z; -x,-y,z; -x,y,-z; x,-y,-z; z,x,y; z,-x,-y; -z,-x,y; -z,x,-y; y,z,x; -y,z,-x; y,-z,-x; -y,-z,x; y,x,-z; -y,-x,-z; y,-x,z; -y,x,z; x,z,-y; -x,z,y; -x,-z,-y; x,-z,y; z,y,-x; z,-y,x; -z,y,x; -z,-y,-x;

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要素

#1: タンパク質 Ferritin light chain / Ferritin L subunit


分子量: 19872.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: spleen / 参照: UniProt: P02791
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ICF / 1-CHLORO-2,2,2-TRIFLUOROETHYL DIFLUOROMETHYL ETHER / ISOFLURANE / (S)-(+)-イソフルラン


分子量: 184.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2ClF5O / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: cadmium sulfate, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0722 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月5日
詳細: parabolic collimating mirror upstream of monochromator
放射モノクロメーター: parabolic collimating mirror upstream of monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→30 Å / Num. all: 25454 / Num. obs: 25454 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.74→1.82 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2551 / % possible all: 78.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1GWG

1gwg


解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.185 / SU ML: 0.065 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21046 1287 5.1 %RANDOM
Rwork0.17889 ---
all0.1804 23916 --
obs0.1804 23916 95.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.404 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.097 Å / Luzzati d res low obs: 0.098 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1354 0 17 190 1561
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211405
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1851.9761893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79732958
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4975170
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02298
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2770.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.250.21431
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0740.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2880.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2940.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2220.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7971.5839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61821334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7583566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.794.5558
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 87 -
Rwork0.336 1361 -
obs-1448 78.1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.5037 Å / Origin y: 9.6383 Å / Origin z: 39.6426 Å
111213212223313233
T0.0144 Å2-0.0068 Å2-0.0113 Å2-0.0038 Å20.0019 Å2--0.0289 Å2
L0.4196 °20.1091 °2-0.2234 °2-0.1391 °2-0.0439 °2--0.2657 °2
S0.0139 Å °-0.0166 Å °0.0331 Å °0.0031 Å °0.0163 Å °0.0443 Å °-0.0323 Å °0.005 Å °-0.0302 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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