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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xuj | ||||||
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タイトル | TRYPSIN-KETO-BABIM-ZN+2, PH 8.2 | ||||||
要素 | TRYPSINトリプシン | ||||||
キーワード | SERINE PROTEASE (セリンプロテアーゼ) / COMPLEX / TRYPSIN-SULFATE-SMALL MOLECULE LIGAND / DESIGNED SMALL MOLECULE LIGAND WITH MICROMOLAR AFFINITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.92 Å | ||||||
データ登録者 | Katz, B.A. / Clark, J.M. / Finer-Moore, J.S. / Jenkins, T.E. / Johnson, C.R. / Rose, M.J. / Luong, C. / Moore, W.R. / Stroud, R.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: Design of potent selective zinc-mediated serine protease inhibitors. 著者: Katz, B.A. / Clark, J.M. / Finer-Moore, J.S. / Jenkins, T.E. / Johnson, C.R. / Ross, M.J. / Luong, C. / Moore, W.R. / Stroud, R.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xuj.cif.gz | 67.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xuj.ent.gz | 55 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xuj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/1xuj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/1xuj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1c1nC 1c1oC 1c1pC 1c1qC 1c1rC 1c1tC 1c1uC 1c1vC 1c1wC 1c2dC 1c2eC 1c2fC 1c2gC 1c2hC 1c2iC 1c2jC 1c2kC 1c2lC 1c2mC 1xufC 1xugC 1xuhC 1xuiC 1xukC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-BOZ / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 14.4 % 解説: DATA WITH RSYM > 50 % WERE REJECTED ALONG WITH DATA WHOSE VALUES WERE > 3.5 SIGMA FROM THE MEAN FOR EACH SET OF SYMMETRY EQUIVALENTS |
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結晶化 | pH: 8.2 詳細: SYNTHETIC MOTHER LIQUOR = 75% SATURATED MAGNESIUM SULFATE, 25 % 1.0 M TRIS ADJUSTED TO PH 8.2; SATURATED IN KETO-BABIM, 5.0 MM ZN+2. COMPLEX PRODUCED BY SOAKING TRYPSIN-BENZAMIDINE CO-CRYSTAL. |
結晶 | *PLUS |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 13575 / % possible obs: 80.7 % / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→2.01 Å / % possible all: 41.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 55659 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 1.92 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.92 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 7.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.92 Å / 最低解像度: 2.01 Å |