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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1vxo | |||||||||
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タイトル | METHYLPHOSPHONYLATED ACETYLCHOLINESTERASE (AGED) OBTAINED BY REACTION WITH O-ETHYL-S-[2-[BIS(1-METHYLETHYL)AMINO]ETHYL] METHYLPHOSPHONOTHIOATE (VX) | |||||||||
要素 | PROTEIN (ACETYLCHOLINESTERASE) | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / CHOLINESTERASE / ORGANOPHOSPHATE / SERINE HYDROLASE / CHEMICAL-WARFARE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine catabolic process in synaptic cleft / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / side of membrane / synaptic cleft / synapse / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Torpedo californica (エイ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Millard, C.B. / Silman, I. / Sussman, J.L. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999 タイトル: Reaction Products of Acetylcholinesterase and VX Reveal a Mobile Histidine in the Catalytic Triad 著者: Millard, C.B. / Koellner, G. / Ordentlich, A. / Shafferman, A. / Silman, I. / Sussman, J.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1vxo.cif.gz | 124 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1vxo.ent.gz | 94.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1vxo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1vxo_validation.pdf.gz | 403.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1vxo_full_validation.pdf.gz | 411.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1vxo_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1vxo_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/1vxo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/1vxo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2aceS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60736.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COMPLEXED WITH THE NERVE AGENT VX (AGED) / 由来: (天然) Torpedo californica (エイ) / 細胞内の位置: MEMBRANE BOUND BY GPI ANCHOR / 器官: ELECTRIC ORGAN / 組織: ELECTROPLAQUE / 参照: UniProt: P04058, acetylcholinesterase | ||||||||
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#2: 糖 | #3: 化合物 | ChemComp-VXA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ACHE WAS PHOSPHONYLATED WITH VX, THE CONJUGATE WAS CRYSTALLIZED, AND SUBSEQUENTLY ALLOWED TO ...ACHE WAS PHOSPHONYL | 非ポリマーの詳細 | ANIONIC METHYLPHOS | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 6 詳細: 35-40% (W/V) PEG-200 0.15 M MES BUFFER PH 6, 0.05 M NACL, pH 6.00, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Millard, C.B., (1999) Biochemistry, 38, 7032. / PH range low: 6 / PH range high: 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 38823 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 80.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97.2 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.49 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ACE 解像度: 2.4→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high rms absF: 1956322.52 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: USED COMPOSITE-OMIT MAP METHOD CONTINUOUS POSITIVE DIFFERENCE DENSITY IN (FO-FC) MAPS OCCURS IN FRONT OF THE INDOLE RINGS OF W84 AND W279. THIS DENSITY IS PRESENTLY MODELED WITH WATERS ...詳細: USED COMPOSITE-OMIT MAP METHOD CONTINUOUS POSITIVE DIFFERENCE DENSITY IN (FO-FC) MAPS OCCURS IN FRONT OF THE INDOLE RINGS OF W84 AND W279. THIS DENSITY IS PRESENTLY MODELED WITH WATERS 1074/1075/1077 (W84) AND WATERS 1079/1087/1127/1107 (W279).
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.82 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.238 |