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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ugx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of jacalin- Me-alpha-T-antigen (Gal-beta(1-3)-GalNAc-alpha-o-Me) complex | |||||||||
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![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / All beta sheet protein / Beta-prism I fold / Galactose-specific | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of the Carbohydrate Specificities of Jacalin: An X-ray and Modeling Study 著者: Jeyaprakash, A.A. / Katiyar, S. / Swaminathan, C.P. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the jacalin-T-antigen complex and a comparative study of lectin-T-antigen complexes 著者: Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Reddy, G.B. / Banumathi, S. / Betzel, C. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: A novel mode of carbohydrate recognition in jacalin, a Moraceae plant lectin with a beta-prism fold 著者: Sankaranarayanan, R. / sekar, K. / Banerjee, R. / Sharma, V. / Surolia, A. / Vijayan, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 859.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 860.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14643.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2059.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-3)-methyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranoside |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: PEG 4000, NaCl, sodium azide, Phosphate buffer, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 27418 / Num. obs: 27418 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 32.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.163 / Num. unique all: 2452 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 139555 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.6 Å / % possible obs: 83 % / Num. unique obs: 2452 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.0741 Å2 / ksol: 0.353446 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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