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万見
- PDB-1tsn: THYMIDYLATE SYNTHASE TERNARY COMPLEX WITH FDUMP AND METHYLENETETR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tsn
タイトルTHYMIDYLATE SYNTHASE TERNARY COMPLEX WITH FDUMP AND METHYLENETETRAHYDROFOLATE
要素THYMIDYLATE SYNTHASE
キーワードMETHYLTRANSFERASE / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding ...thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / PHOSPHATE ION / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hyatt, D.C. / Maley, F. / Montfort, W.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Use of strain in a stereospecific catalytic mechanism: crystal structures of Escherichia coli thymidylate synthase bound to FdUMP and methylenetetrahydrofolate.
著者: Hyatt, D.C. / Maley, F. / Montfort, W.R.
履歴
登録1996年12月2日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 2.02024年4月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4404
ポリマ－30,5601
非ポリマー8813
水1,982110
1
A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: THYMIDYLATE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8818
ポリマ－61,1192
非ポリマー1,7616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area8240 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19070 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.100, 72.100, 115.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-332-

HOH

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要素

#1: タンパク質 THYMIDYLATE SYNTHASE


分子量: 30559.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TERNARY COMPLEX WITH FDUMP (INHIBITOR) AND METHYLENETETRAHYDROFOLATE (COFACTOR)
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00470, UniProt: P0A884*PLUS, thymidylate synthase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / FdUMP


タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12FN2O8P / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-C2F / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / (6S)-5-メチルテトラヒドロ葉酸


分子量: 459.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION FROM A SOLUTION OF 8MG/ML PROTEIN, 2MM FDUMP, 10MM CH2THF, 20MM PHOSPHATE PH 8.0, 4MM DTT, AND 1.05M AMMONIUM SULFATE; EQUILIBRATED AGAINST A SOLUTION OF 2.10M ...詳細: CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION FROM A SOLUTION OF 8MG/ML PROTEIN, 2MM FDUMP, 10MM CH2THF, 20MM PHOSPHATE PH 8.0, 4MM DTT, AND 1.05M AMMONIUM SULFATE; EQUILIBRATED AGAINST A SOLUTION OF 2.10M AMMONIUM SULFATE, 20MM PHOSPHATE PH 8.0, AND 4MM DTT., vapor diffusion
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlE. coli TS1drop
22 mMFdUMP1drop
31 mM(6R,S)-CH2THF1drop
420 mMphosphate1drop
54 mMdithiothreitol1drop
61.05 Mammonium sulfate1drop
720 mMphosphate1reservoir
84 mMdithiothreitol1reservoir
92.1 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年5月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→9 Å / Num. obs: 18104 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 98.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 76346 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称分類
GPRLSA精密化
MADNESデータ削減
PROCORデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TS.FDUMP.CB3717

解像度: 2.2→9 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.178 --
all-18104 -
obs-18104 98 %
原子変位パラメータBiso mean: 21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2153 0 59 110 2322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.050.035
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.035
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.6031.75
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.4172.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.2781.75
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.6542.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2230.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.210.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2140.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.55
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.215
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.315
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor010
ソフトウェア
*PLUS
名称: GPRLSA / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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