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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1thc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION AT 2.3A OF HUMAN TRANSTHYRETIN-3',5'-DIBROMO-2',4,4',6-TETRA-HYDROXYAURONE COMPLEX | ||||||
要素 | TRANSTHYRETIN | ||||||
キーワード | TRANSPORT (THYROXINE / RETINOL) IN SERUM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ciszak, E. / Cody, V. / Luft, J.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992 タイトル: Crystal structure determination at 2.3-A resolution of human transthyretin-3',5'-dibromo-2',4,4',6-tetrahydroxyaurone complex. 著者: Ciszak, E. / Cody, V. / Luft, J.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992 タイトル: Mechanism of Molecular Recognition. Structural Aspects of 3,3'-Diiodo-L-Thyronine Binding to Human Serum Transthyretin 著者: Wojtczak, A. / Luft, J. / Cody, V. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1977 タイトル: Protein-DNA and Protein-Hormone Interactions in Prealbumin, a Model of the Thyroid Hormone Nuclear Receptor (Query) 著者: Blake, C.C.F. / Oatley, S.J. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974 タイトル: Structure of Human Plasma Prealbumin at 2.5 Angstroms Resolution,A Preliminary Report on the Polypeptide Chain Conformation,Quaternary Structure and Thyroxine Binding 著者: Blake, C.C.F. / Geisow, M.J. / Swan, I.D.A. / Rerat, C. / Rerat, B. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1971 タイトル: An X-Ray Study of the Subunit Structure of Prealbumin 著者: Blake, C.C.F. / Swan, I.D.A. / Rerat, C. / Berthou, J. / Laurent, A. / Rerat, B. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE FIRST STRAND OF THE *EXTERNAL* SHEET IN EACH SUBUNIT IS DISCONTINUOUS. TO ACCOMMODATE ...SHEET THE FIRST STRAND OF THE *EXTERNAL* SHEET IN EACH SUBUNIT IS DISCONTINUOUS. TO ACCOMMODATE THESE DISCONTINUITIES EACH *EXTERNAL* SHEET IS REPRESENTED HERE TWICE, WITH A DIFFERENT STRAND 1 IN EACH CASE. STRANDS 2,3,4 OF *X1A* ARE IDENTICAL TO STRANDS 2,3,4 OF *X2A*. SIMILARLY STRANDS 2,3,4 OF *X1B* ARE IDENTICAL TO STRANDS 2,3,4 OF *X2B*. THIS DESCRIPTION IS CONSISTENT WITH THAT USED BY BLAKE AND COWORKERS FOR THE NATIVE TRANSTHYRETIN (PROTEIN DATA BANK ENTRY 2PAB). |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1thc.cif.gz | 63.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1thc.ent.gz | 46.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1thc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1thc_validation.pdf.gz | 523.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1thc_full_validation.pdf.gz | 554.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1thc_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1thc_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/1thc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/1thc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13776.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766 #2: 化合物 | ChemComp-FL9 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE STRUCTURE CONTAINS THE 3',5'-DIBROMO-2',4,4',6-TETRAHYDROXY AURONE MOLECULES THAT BIND IN TWO ...THE STRUCTURE CONTAINS THE 3',5'-DIBROMO-2',4,4',6-TETRAHYDRO | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.9 / 手法: batch method | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS Num. obs: 11830 / Num. measured all: 18899 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.179 / 最高解像度: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.3 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 8442 / σ(F): 2 / Rfactor all: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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