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- PDB-1sqp: Crystal Structure Analysis of Bovine Bc1 with Myxothiazol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sqp
タイトルCrystal Structure Analysis of Bovine Bc1 with Myxothiazol
要素
  • (Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ...) x 4
  • (Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske ...) x 2
  • (Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ...) x 2
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
  • sub6
キーワードOXIDOREDUCTASE / cytochrome bc1 / Qo inhibitor / membrane protein / electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : ...Complex III assembly / respiratory chain complex III / Respiratory electron transport / : / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / ubiquinone binding / Mitochondrial protein degradation / : / respiratory electron transport chain / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / heme binding / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #220 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / Chem-MYX / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PLX / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 ...CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / Chem-MYX / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Chem-PLX / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Esser, L. / Quinn, B. / Li, Y.F. / Zhang, M. / Elberry, M. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystallographic studies of quinol oxidation site inhibitors: a modified classification of inhibitors for the cytochrome bc(1) complex.
著者: Esser, L. / Quinn, B. / Li, Y.F. / Zhang, M. / Elberry, M. / Yu, L. / Yu, C.A. / Xia, D.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of the cytochrome bc1 complex from bovine heart mitochondria.
著者: Xia, D. / Yu, C.A. / Kim, H. / Xia, J.Z. / Kachurin, A.M. / Zhang, L. / Yu, L. / Deisenhofer, J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of mitochondrial cytochrome bc1 in complex with famoxadone: the role of aromatic-aromatic interaction in inhibition.
著者: Gao, X. / Wen, X. / Yu, C. / Esser, L. / Tsao, S. / Quinn, B. / Zhang, L. / Yu, L. / Xia, D.
履歴
登録2004年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Non-polymer description
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.02023年8月23日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial precursor
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial precursor
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
F: sub6
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
J: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,40423
ポリマ－246,49411
非ポリマー9,91012
水3,873215
1
A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial precursor
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial precursor
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
F: sub6
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
J: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子

A: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial precursor
B: Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial precursor
C: Cytochrome b
D: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
E: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
F: sub6
G: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C
H: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein
I: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]
J: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
K: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)512,80846
ポリマ－492,98722
非ポリマー19,82124
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-x+1,-y+1,z1
Buried area124750 Å2
ΔGint-869 kcal/mol
Surface area158560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)153.700, 153.700, 596.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

-
Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein I, mitochondrial precursor


分子量: 52796.410 Da / 分子数: 1 / 断片: core protein 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P31800, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex core protein 2, mitochondrial precursor / Complex III subunit II


分子量: 48203.434 Da / 分子数: 1 / 断片: core protein 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P23004, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 3種, 3分子 CDF

#3: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42620.340 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome b / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00157
#4: タンパク質 Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c-1


分子量: 27323.277 Da / 分子数: 1 / 断片: cytochrome c1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00125
#6: タンパク質 sub6


分子量: 13443.318 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00129*PLUS

-
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske ... , 2種, 2分子 EI

#5: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]


分子量: 21640.580 Da / 分子数: 1 / 断片: iron sulfur protein / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272
#9: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit, mitochondrial precursor (EC 1.10.2.2) (Rieske iron-sulfur protein) (RISP) [Contains: Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa protein (Complex III subunit IX)]


分子量: 7964.259 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13272

-
Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ... , 4種, 4分子 GHJK

#7: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex ubiquinone-binding protein QP-C / Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 9.5 kDa protein / Complex III subunit VII


分子量: 9606.027 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13271, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 11 kDa protein / Mitochondrial hinge protein / Cytochrome C1 / nonheme 11 kDa protein / Complex III subunit VIII


分子量: 9189.116 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00126, quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein / Cytochrome C1 / nonheme 7 kDa protein / Complex III subunit X


分子量: 7209.311 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00130, quinol-cytochrome-c reductase
#11: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.4 kDa protein / Complex III subunit XI


分子量: 6497.578 Da / 分子数: 1 / 断片: subunit 11 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07552, quinol-cytochrome-c reductase

-
非ポリマー , 7種, 227分子

#12: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#13: 化合物 ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#14: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#15: 化合物 ChemComp-MYX / (2Z,6E)-7-{2'-[(2E,4E)-1,6-DIMETHYLHEPTA-2,4-DIENYL]-2,4'-BI-1,3-THIAZOL-4-YL}-3,5-DIMETHOXY-4-METHYLHEPTA-2,6-DIENAMID E / 7-[2'-(1,6-DIMETHYL-HEPTA-2,4-DIENYL)-[2,4']BITHIAZOLYL-4-YL]-3,5-DIMETHOXY-4-METHYL-HEPTA-2,6-DIENOIC ACID AMIDE / MYXOTHIAZOL


分子量: 487.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H33N3O3S2 / コメント: 阻害剤*YM
#16: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#17: 化合物 ChemComp-PLX / (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL


分子量: 767.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H89NO8P / コメント: リン脂質*YM
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 20mM ammonium acetate, 20% glycerol, 12% PEG4000, 0.5M KCl, 0.1% diheptanoyl-phosphatidylcholine, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITTALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 89603 / Num. obs: 89603 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1QCR

1qcr


解像度: 2.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 18.063 / SU ML: 0.356 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.672 / ESU R Free: 0.384 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31379 2776 3 %RANDOM
Rwork0.26292 ---
obs0.26447 89603 94.06 %-
all-89603 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.083 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.28 Å20 Å20 Å2
2--2.28 Å20 Å2
3----4.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16502 0 557 215 17274
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
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X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9174.56828
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.351 193
Rwork0.293 6643
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82970.050.44531.1702-0.83991.64410.08980.04320.0317-0.12480.04920.61890.0912-0.6389-0.13890.4627-0.10870.02740.54670.00090.774631.660987.19793.854
20.30770.03210.10031.62380.02570.72810.1359-0.11190.16120.2568-0.09720.2835-0.1106-0.3024-0.03860.488-0.13530.14770.2537-0.0110.517748.745493.4154115.792
30.8672-0.42970.06881.6650.19441.74510.12420.03110.1997-0.1314-0.06020.0267-0.2739-0.1347-0.06390.4251-0.09950.02030.02370.00740.365968.7251104.298192.8091
41.0063-0.60340.15222.49670.0291.74380.03740.012-0.0583-0.25490.01510.44470.0958-0.2298-0.05250.4601-0.0663-0.07240.10730.01410.422356.937386.29574.2688
50.7023-0.04320.25070.29570.93431.96010.0899-0.22210.15780.2627-0.11990.0963-0.1311-0.34560.030.8595-0.40120.0960.49280.03080.498762.326569.4108153.4609
6-3.0614-0.43872.1921-0.0356-2.4094-0.42910.0329-0.161-0.03210.7242-0.1093-0.5330.39290.27190.07641.1292-0.462-0.1170.77820.05980.740780.958156.5961173.2329
71.0934-0.0839-0.25550.71950.33772.78320.201-0.3818-0.15460.354-0.0881-0.07720.32080.1392-0.1130.8022-0.40460.04460.40580.12380.578563.973846.9582154.3002
81.044-0.2668-1.07810.23750.18873.96770.0615-0.39270.06050.3209-0.16060.1611-0.0176-0.79730.09910.9178-0.41720.22750.54760.01890.529245.062871.6162159.962
91.65050.46260.21922.06680.78780.3819-0.0734-0.5858-0.14310.70950.12960.01980.1168-0.1317-0.05621.4256-0.37250.23031.17410.06650.581854.311367.6991193.63
100.72910.45621.43520.56880.65594.77980.1607-0.20620.02310.29350.01870.1769-0.1325-0.4185-0.17940.6714-0.27680.25670.583-0.03980.698943.096982.07142.5045
117.391.556-0.63176.68421.13427.59340.2062-0.01760.65670.34340.1192-0.09770.0098-0.1324-0.32541.3362-0.0620.0421.2181-0.21051.191770.9042111.0614190.2906
123.5977-0.6274-1.45591.0511-0.03781.60640.0818-0.1971-0.38430.1622-0.08510.16730.4477-0.23680.00330.6281-0.33920.01980.24660.01520.434858.5446.8953123.2519
13-0.15720.3753-0.78761.3494-1.54892.3230.014-0.3402-0.00160.342-0.087-0.00930.0432-0.19970.0730.8258-0.39590.10470.62480.07560.62247.853654.7278145.6966
142.2717-2.5309-3.6255.55791.84847.3661-0.036-0.4085-0.3791-0.27540.01790.00410.048-0.35970.01810.8393-0.43840.06840.98370.13570.99839.146840.8298194.7205
157.8347-10.3796-5.222821.8017-0.82092.0436-0.5647-0.2151-0.05460.41110.2743-0.13460.1521-0.63370.29040.8837-0.34430.04550.88940.09240.75539.542250.2633188.4544
160.62374.17286.68346.81912.75895.08350.49940.4045-0.10030.0326-0.15710.45880.3866-1.0456-0.34240.6778-0.01980.12520.6255-0.15820.918458.545792.213988.1672
170.5233-0.12840.57491.947-0.52645.1974-0.0334-0.26230.09850.29910.12420.19460.1821-0.8537-0.09080.8876-0.15540.29580.8312-0.08210.738638.347588.9788161.2807
181.25322.0085-3.28184.4616-5.142414.97040.0131-0.52140.21080.24720.01370.07-0.1593-0.3727-0.02680.8206-0.07490.13240.6471-0.19930.72352.1238104.4996148.5439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 23135 - 265
2X-RAY DIFFRACTION2AA232 - 446266 - 480
3X-RAY DIFFRACTION3BB17 - 23531 - 249
4X-RAY DIFFRACTION4BB236 - 439250 - 453
5X-RAY DIFFRACTION5CC2 - 1332 - 133
6X-RAY DIFFRACTION5CC173 - 264173 - 264
7X-RAY DIFFRACTION5CS - T381 - 3821
8X-RAY DIFFRACTION5A - CM - Q447 - 3801
9X-RAY DIFFRACTION5JR631
10X-RAY DIFFRACTION6CC134 - 172134 - 172
11X-RAY DIFFRACTION6CW3831
12X-RAY DIFFRACTION6EV1981
13X-RAY DIFFRACTION7CC265 - 379265 - 379
14X-RAY DIFFRACTION7EL1971
15X-RAY DIFFRACTION8DD173 - 241173 - 241
16X-RAY DIFFRACTION9DD1 - 1721 - 172
17X-RAY DIFFRACTION10EE1 - 711 - 71
18X-RAY DIFFRACTION11EE72 - 19672 - 196
19X-RAY DIFFRACTION12FF6 - 1106 - 110
20X-RAY DIFFRACTION13GG1 - 751 - 75
21X-RAY DIFFRACTION14HH12 - 5212 - 52
22X-RAY DIFFRACTION15HH53 - 7853 - 78
23X-RAY DIFFRACTION16II1 - 321 - 32
24X-RAY DIFFRACTION17JJ1 - 611 - 61
25X-RAY DIFFRACTION18KK1 - 531 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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