[日本語] English
万見
- PDB-1rcj: Crystal structure of E166A mutant of SHV-1 beta-lactamase with th... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rcj
タイトルCrystal structure of E166A mutant of SHV-1 beta-lactamase with the trans-enamine intermediate of tazobactam
要素Beta-lactamase SHV-1
キーワードHYDROLASE / BETA-LACTAMASE / BETA-LACTAM HYDROLASE / PENICILLINASE / DETERGENT BINDING / INHIBITOR DESIGN / COVALENT INTERMEDIATE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / TAZOBACTAM TRANS-ENAMINE INTERMEDIATE / Beta-lactamase SHV-1 / Beta-lactamase SHV-1
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Padayatti, P.S. / Helfand, M.S. / Totir, M.A. / Carey, M.P. / Hujer, A.M. / Carey, P.R. / Bonomo, R.A. / van den Akker, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Tazobactam Forms a Stoichiometric trans-Enamine Intermediate in the E166A Variant of SHV-1 beta-Lactamase: 1.63 A Crystal Structure
著者: Padayatti, P.S. / Helfand, M.S. / Totir, M.A. / Carey, M.P. / Hujer, A.M. / Carey, P.R. / Bonomo, R.A. / Van Den Akker, F.
履歴
登録2003年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase SHV-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1684
ポリマ－28,8491
非ポリマー1,3203
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.848, 55.193, 83.733
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase SHV-1 / PIT-2


分子量: 28848.982 Da / 分子数: 1 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: BLA, SHV1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14557, UniProt: P0AD64*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-MA4 / CYCLOHEXYL-HEXYL-BETA-D-MALTOSIDE / 6-シクロヘキシルヘキシルβ-マルトシド


分子量: 508.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H44O11
#3: 化合物 ChemComp-TBI / TAZOBACTAM TRANS-ENAMINE INTERMEDIATE


分子量: 302.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Crystal was soaked for 20 minutes in mother liquor containing 5mM Tazobactam prior to flash freezing. 30% PEG 6000, 0.1M HEPES, 0.56mM Cymal-6, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15.6 mMCymal-61drop
230 %(w/v)PEG60001drop
30.1 MHEPES1droppH7.0
430 %(w/v)PEG60001reservoir
50.1 MHEPES1reservoirpH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月1日 / 詳細: Yale mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→30 Å / Num. all: 29632 / Num. obs: 28328 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 11.8 Å2 / Rsym value: 0.032 / Net I/σ(I): 40.5
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / Rsym value: 0.08 / % possible all: 87.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.032
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Mean I/σ(I) obs: 12.6

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1G56

1g56
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.63→30 Å / Isotropic thermal model: Overall anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 1372 -random
Rwork0.147 ---
all-29531 --
obs-28279 95.8 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2--1.643 Å20 Å2
3----1.203 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.161 Å0.134 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.039 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2064 0 64 300 2428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0088
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.578
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る