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- PDB-1qz9: The Three Dimensional Structure of Kynureninase from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qz9
タイトルThe Three Dimensional Structure of Kynureninase from Pseudomonas fluorescens
要素KYNURENINASE
キーワードHYDROLASE / kynurenine / tryptophan / PLP / vitamin B6 / pyridoxal-5'-phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


kynureninase / kynureninase activity / L-kynurenine catabolic process / quinolinate biosynthetic process / anthranilate metabolic process / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / tryptophan catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kynureninase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Kynureninase / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Kynureninase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Momany, C. / Levdikov, V. / Blagova, L. / Lima, S. / Phillips, R.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Three-Dimensional Structure of Kynureninase from Pseudomonas fluorescens.
著者: Momany, C. / Levdikov, V. / Blagova, L. / Lima, S. / Phillips, R.S.
履歴
登録2003年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN THE LIGAND P3G IS A POLYETHYLENE GLYCOL POLYMER (POSSIBLY MYRISTIC ACID).
Remark 999SEQUENCE NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. ...SEQUENCE NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THIS PROTEIN AT THE TIME OF PROCESSING. THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN CLONING, SEQUENCE, AND EXPRESSION OF KYNURENINASE FROM PSEUDOMONAS FLUORESCENS. KOUSHIK SV, SUNDARARAJU B, MCGRAW RA, PHILLIPS RS. ARCH BIOCHEM BIOPHYS. 1997, V.344, PGS.301-8.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KYNURENINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4834
ポリマ－45,9501
非ポリマー5333
水7,710428
1
A: KYNURENINASE
ヘテロ分子

A: KYNURENINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9668
ポリマ－91,9002
非ポリマー1,0666
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area9140 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area27460 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.076, 68.076, 137.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological unit is a dimer generated by applying the symmetry operator (X-Y,-Y,2/3-Z) translated by 1 unit along the b axis

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要素

#1: タンパク質 KYNURENINASE


分子量: 45949.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / プラスミド: pTZ18U / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83788, kynureninase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#4: 化合物 ChemComp-P3G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / テトラエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 250.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: lithium chloride, PEG 400, potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Jancarik, J., (1991) J. Appl. Crystallogr., 24, 409.
溶液の組成
*PLUS
濃度: 10 mg/ml / 一般名: protein

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→58.72 Å / Num. obs: 29707 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1465 / % possible all: 92.9
反射
*PLUS
最低解像度: 58.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C0N

1c0n


解像度: 1.85→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.057 / SU ML: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC REFINEMENT WITH TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19154 1576 5 %RANDOM
Rwork0.15277 ---
all0.15475 29707 --
obs0.15475 28131 96.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.478 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20.12 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.127 Å0.142 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3131 0 33 428 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213260
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1861.9554437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82736949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6135403
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2290.23690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.21935
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.240.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4681.52011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.88623239
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51331249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5694.51198
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 98 -
Rwork0.377 2078 -
obs-2078 92.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8057-0.41850.11041.78240.82121.90490.12570.1676-0.0624-0.2583-0.21630.12490.1046-0.04580.09050.2070.0829-0.02620.0858-0.03950.09557.70339.17623.36
20.424-0.0503-0.0111.72071.091.27050.0679-0.0214-0.0580.275-0.0842-0.0030.29750.03340.01630.20760.0033-0.00740.08060.01260.098512.54648.50949.101
31.92580.07580.70286.38653.04534.25560.1064-0.2038-0.08540.88470.2553-0.77780.55780.257-0.36170.21880.0574-0.18980.1338-0.01260.190128.46452.76959.404
40.90540.3630.37643.42181.47912.35940.11150.1386-0.1098-0.25020.2617-1.09010.11820.5838-0.37320.07710.08910.05830.1907-0.08340.422834.6444.50437.54
5-8.838512.587712.681817.9965-36.545578.46340.06110.96311.2282-0.93610.68410.6392-1.8764-1.4734-0.74520.0034-0.0015-0.00220.0057-0.00080.002818.43156.03929.382
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 352 - 35
2X-RAY DIFFRACTION1AA299 - 405299 - 405
3X-RAY DIFFRACTION2AA36 - 9636 - 96
4X-RAY DIFFRACTION2AA205 - 241205 - 241
5X-RAY DIFFRACTION2AA282 - 298282 - 298
6X-RAY DIFFRACTION3AA242 - 281242 - 281
7X-RAY DIFFRACTION4AA97 - 20497 - 204
8X-RAY DIFFRACTION5AD7011
精密化
*PLUS
最低解像度: 58.7 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.192 / Rfactor Rwork: 0.155
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.186
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.9 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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